- 游戏时间线之前
未来对超自然现象的兴趣很大程度上和她的奶奶有关。在未来小时候，奶奶的身体已经很差了，未来时常去医院看望奶奶，而奶奶也会和她讲起许多超自然的故事。但每当未来想要奶奶再多讲些的时候，奶奶都会告诫她：“未来，不能太沉迷于这些哦”。尽管如此，未来后来还是保持了对超自然事件的兴趣，加入了超自然研究会。在悟一行入学以前，超自然研究会还具有一定的规模，但随着前辈们的毕业，却没有新生再加入，超自然研究会仅剩下未来一人。
奶奶去世前曾表示“像我们这种家庭的成员，在葬礼的时候也必须严格按照流程来进行，否则的话，会被某种东西勾走”，暗示了初芝家与荒御魂间可能存在的联系。
- 序篇
在悟、琉璃和镜花三人入住以前，宿舍中只有担任宿舍长的未来和透子两人。在这种环境下懒散习惯的未来以冲击性的方式（半裸）迎来了新入住的悟一行人。
新学期开学的第二天晚上，未来的好友、同为三年级生的美加来到宿舍。美加本想邀请之前救下了绫的悟陪同二人参加社团活动从后续可知是前往二次开发地区探险，可能正是这次探险导致了美加被附身，但在突然出现的琉璃面前放弃了邀请。经此一面，琉璃预见了美加将在不久后坠亡的未来。
- 正篇
正篇中，悟、琉璃、镜花和透子一起参加了序篇中仅有美加和未来参加的开学第二天晚上的二次开发地区探险活动血统更加合适的悟因此代替了美加被荒御魂附身。探险归来第二天，悟梦见了自己在二次开发地区的鸟居下与“外表是未来学姐的某人”交谈，苏醒后发现自己毫无意识地从房间里走到了宿舍大厅。又过了一天，琉璃预见悟会在不明时间被关在不明地点的地牢中，而其前因后果却无法看清。
一晚，琉璃的预知应验，悟在宿舍里只有自己一人的时候陷入睡梦，醒来就发现自己身处二次开发地区的地牢之中。悟意识到，自己并非是被谁绑架，而是在无意识中自己走到了地牢中。返回宿舍的途中，悟遇见了背景神秘却多次向自己提供情报的莉都，莉都向悟说明了自己的出身以及荒御魂仪式的存在和与西条家的关联，并证实了悟已经被荒御魂选为祭品而被附身，提出要以悟一行人的离开来换取自己出手解决所有问题。与琉璃和镜花商谈后，悟决定拒绝莉都的提议，也向透子和未来说明了荒御魂的存在、自己成为祭品的现状和琉璃的预知能力。于是，几人开始分别进行调查。
悟与透子一同前往西宫家与透子的父母交涉归来，而此时未来正在学校向作为超自然研究会顾问的犬神老师咨询信息，悟决定前往学校和未来学姐汇合。
- 个人线
见到到达学校的悟，未来把犬神老师发表的祭品相关的资料交给了悟，并帮其进行了解读。交谈中，两人提到了与城市和学校的名字（柊市和柊宫学园）有关的、被认为具有辟邪作用的柊木。两人对此产生了好奇心，意识到柊木的枝叶可以用于镇压荒御魂的仪式中，决定寻找城市里的柊木。
悟的寻找并没有立刻收到成果。第二天，悟到学校找到了在休息日处理学生会事务的未来。两人聊起了各自的过去，未来告诉了悟自己对超自然事件产生兴趣的契机。休息过后，未来带着悟找到了城市里自己所知的几处柊木所在。在二次开发地区，两人找到了第三处柊木——一大片的柊木林。归途中，悟发现自己的口袋中不知为何出现了柊木的枝条，回到宿舍后将其做成了护身符。
悟继续与未来一起调查柊木相关的信息，发现柊木可能与绫所提到的在城市中星罗棋布的神社有关——这些神社中供奉的正是柊木。两人在城市中四处寻找神社，然而却发现原本二次开发地区附近的一座神社已不见了踪迹。回到宿舍，两人与其他人交换了情报，但其他人并未收集到与柊木有关的更多信息。
第二天，琉璃、镜花、美加三人在悟和未来面前表现出了欲言又止的奇怪态度。心存疑惑的悟还是继续和未来一起行动，两人愉快地玩了一下午，却发现了跟踪两人的琉璃、镜花和美加三人——原来三人是通过琉璃的能力看到了两人约会的未来。
次日，琉璃告诉悟柊叶仪式的消息似乎有了眉目，但与此同时却看不清未来的发展。在学校，大家得到了犬神老师住院的消息。超出琉璃预知的情况让她意识到可能发生了一些与荒御魂有关的决定性变化。当晚，悟收到来自莉都一方的提醒，注意柊木的使用方式——柊木对不祥之物起到路障的作用，不止能挡住对方，还可能封闭对方。又过了一天，事态发生了进一步的变化，二次开发地区被禁止进入。然而，几人商讨后认为还是有必要继续进入二次开发地区调查。悟和未来又一次来到了二次开发地区的西条家旧宅，就在两人发现祭坛的布置有些奇怪的时候，两人都受到了某种超自然力量的影响——悟感到双脚发沉难以行动，而未来似乎在和奶奶的幽灵争吵。发觉是荒御魂影响的两人试图脱身，悟却又一次被限制了行动。未来逃到了柊木林中，承受着柊叶割伤的疼痛取回了柊叶，驱散了困住悟的不祥之物。
第二天，悟陪着未来上街购物。然而，两人一同行动的过程中，悟感觉到自己渐渐对未来产生了邪念。意识到是荒御魂影响的悟回到宿舍就将自己关进了房间，在抗拒邪念的挣扎中精神濒临崩溃。担心悟的情况的未来来到悟的房间，被无法抑制冲动的悟推倒在地。理解了悟的处境的未来愿以自己的身体让悟平静下来，内心挣扎的悟面临着关键的抉择：
- 接受学姐的温柔，就此发泄欲望
- 宁愿牺牲自己也绝不愿意伤害学姐，从高楼一跃而下自我了结获得steam成就“真男人”
接受了未来的纵容的悟恢复了理智，向未来道了歉。悟走进大厅，透子交给了悟有关柊叶仪式的资料译本，琉璃也表示已经从莉都处得到了协助的保证。一切准备就绪，众人在城市各处展开了封印荒御魂的行动。悟再次深入二次开发地区，到达了西条家旧宅地下的奈落旁。面对想要一步步牵引悟走向奈落的荒御魂，悟坚定地表达了拒绝。最终，两人在奈落周围完成了柊叶的布置，彻底将荒御魂封锁于奈落之中。城市再次归于平静，悟和未来正式互相表达了心意，决心永远一起走下去。
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