名侦探柯南/主线剧情 - 萌娘百科万物皆可萌的百科全书

原版集数	海外版集数	标题	备注
1	1	云霄飞车杀人事件	黑衣组织成员琴酒和伏特加登场
2	2	董事长千金绑架事件	工藤新一变成柯南
3	3	偶像密室杀人事件	柯南获得蝴蝶结变声器
4	4	大都会暗号地图事件	少年侦探团成立
5	5	新干线大爆破事件	漫画中，柯南通过窃听得知了琴酒和伏特加的代号；动画剧情被魔改为事件与黑衣组织无关，详见漫画Vol.4 File.4-6（总File.33-35）。脚力增强鞋在动画中也在该集初次登场。
6	6	情人节杀人事件	柯南获得手表麻醉枪
7	7	每月一件礼物威胁事件	小兰首次怀疑柯南的真实身份
10	10	足球选手恐吓事件	吃醋的女人真的很可怕
11	11-12	钢琴奏鸣曲《月光》杀人事件	TV版首个特别篇，柯南遇到了第一个死在自己面前的犯人，破案心态受到了重大影响
12	13	步美绑架事件	柯南打赌输了拜托阿笠博士为少年侦探团做的徽章在本集首次亮相；柯南首次使用博士给的涡轮引擎滑板
13	14	奇怪的寻亲杀人事件	漫画版宫野明美初登场，首次出现宫野志保的剪影；动画结尾部分被魔改，详见漫画Vol.2 File.7（总File.16）。由于本集结尾宫野明美未死导致宫野志保无法登场，后动画组为弥补由此带来的剧情BUG而原创了TV 128。
22-23	23-24	豪华客轮连续杀人事件
27-28	28-29	小五郎同学会杀人事件
32	33	咖啡厅杀人事件	妃英理初登场
34-35	35-36	山庄绷带怪人杀人事件	据说这集是很多人的童年阴影
42	43	卡拉OK厅杀人事件
43	44	江户川柯南诱拐事件	新一的逗逼父母知道其变小
48-49	49-50	外交官杀人事件	新一的~~黑皮基友~~竞争对手服部平次登场。柯南喝下白干并第一次恢复成新一。
50	51	图书馆杀人事件	又一个童年阴影。柯南意图大量饮用白干变回新一，失败。
52	53-54	雾天狗传说杀人事件	这集片头柯南毫无征兆地得知了琴酒和伏特加的代号
54	56	电玩公司杀人事件	组织成员龙舌兰登场。倒回去看看，你会发现毛利小五郎提到了波本，以及千年大坑——中岛秀明想卖给组织的名单。
57-58	59-60	福尔摩斯迷杀人事件	柯南的真实身份被服部平次知晓
68-70	70-72	暗夜男爵杀人事件	活动的组织者提出要给参加活动的优胜者一种令所有人都束手无策的电脑病毒“暗夜男爵”作为奖励，柯南感到有一双有杀气的眼睛（至今青山都没有说明是谁）盯着自己。破案后才发现组织者不知道手中并没有这种病毒（组织者甚至认为这个病毒是不存在的），只是希望以此为诱饵钓出被害人将其杀害罢了
76	78-79	柯南VS怪盗基德	怪盗基德登场
81-82	84-85	当红艺人绑架事件	官方玩梗
96	99-102	走投无路的名侦探！连续两大杀人事件	小兰第二次怀疑柯南的真实身份
112	118	帝丹小学7大不可思议事件	小林澄子初登场
118	124-125	浪花连续杀人事件	远山和叶登场

原版集数	海外版集数	标题	备注
128	135	黑衣组织十亿元抢劫事件	TV版宫野明美登场
129	136-139	来自黑衣组织的女子大学教授杀人事件	灰原哀登场，注意看A药服用者名单，记住里面的名字，柯南、阿笠、灰原三人在案件结束后获得包含APTX4869资料的软盘，但该软盘上的资料随即被组织的病毒“暗夜男爵”彻底销毁。由于国内代理片源问题，139集ED后的关于软盘资料被销毁的正片被删减。
130	140	竞技场一视同仁胁迫事件（上集）	“工藤君，你大概还不知道吧，你早就已经深深介入我们组织半个世纪前开始的计划中了”（灰原语）
132-134	142-144	魔术爱好者杀人事件	联动剧场版世纪末的魔术师
136-137	146-147	蓝色古堡探索事件	柯南电视动画收视率最高记录保持者。据说这集也是很多人的童年阴影
144-145	154-155	上野出发的北斗星三号
153	163	园子的危险夏日物语（前篇）	京极真初登场
162	172-173	飞天密室工藤新一最初的事件	传说这个事件另有玄机
163-164	174-175	月亮、星星与太阳的秘密	动画组改编失误，但不影响观感，传说这个事件另有玄机
166-168	177-179	鸟取蜘蛛之家的古怪

原版集数	海外版集数	标题	备注
170-171	181-182	黑暗中的死角	新出医生登场
174	185-188	二十年的杀机交响乐号连续杀人事件	伏笔“危命的复活”系列，表示小兰已经开始第三次怀疑柯南的身份
176-178	190-192	与黑暗组织再次重逢	皮斯克登场，发现雪莉变小但来不及报告就被琴酒枪杀；贝尔摩德登场，以克丽丝·温亚德（Chris Vineyard）身份出现
188-193	203-208	生死一瞬间（危命的复活系列）	小兰第三次怀疑柯南的身份，APTX4869解药初次亮相；茱蒂老师首次出现在台词中，但未提及姓名。柯南第二次恢复成新一。
219	235-238	被召集的名侦探！工藤新一VS怪盗基德	CONFIDENTIAL
220-221	239-240	满口谎言的委托人	服部静华出场
222-224	241-243	人鱼失踪记	人鱼岛名册上出现了宫野志保，和疑似琴酒、伏特加的内定姓名黑泽阵、鱼冢三郎出现了“若狭湾”；传说在暗示本篇章的发展和组织的真实目的
226-227	245-246	战斗游戏的陷阱	茱蒂·圣提米利翁登场“我已经掌握到了其中一个目标了…改变了容貌，光明正大地去学校…”（茱蒂语）
230-231	249-250	神秘乘客	灰原的组织雷达正式上线，赤井秀一登场（这集的劫匪抢了一车的怪物）；贝尔摩得三选一正式开始
238-239	257-258	大阪3K事件
242	261	元太的灾难	提到琴酒是左撇子
246-247	265-266	陷入网中的谜团
253-254	272-273	本厅刑事恋爱物语4	如果第一遍没看懂，请在看完TV 345后回来再看一遍
258-259	277-278	来自芝加哥的男人	詹姆斯·布莱克登场“我会让我的恋人因甩了我而后悔的…用血和泪作为代价…”（赤井秀一语）
266-268	288-290	情人节的真相
269-270	291-292	犯罪的纪念品	警视厅内毛利小五郎参与破案的卷宗被盗，之后又被原封不动地送回
271-272	293-294	情急之下的应变之道	贝尔摩得的房间内有柯南和小兰的照片，分别写着“cool guy”和“angel”
274-275	296-297	幽灵鬼屋的真相	动画组改编失误，原作时间线应为紧跟“纽约篇”之后
277-278	299-300	英文老师VS关西名侦探	柯南认为除了茱蒂老师外还有两个人也很可疑
279-280	301-302	疯狂足球迷	比护隆佑登场；提到克丽丝·温亚德出席了莎朗·温亚德的葬礼“A secret makes a woman woman.”（克丽丝·温亚德语）
284-285	306-307	中华街的雨中幻影	紧接“工藤新一的纽约事件”
286-288	308-310	工藤新一的纽约事件（详）	在身份揭晓篇前的最关键篇章。据说最早可以在这集推出三选一的正确答案
289-290	311-312	光彦森林迷失记	沼渊己一郎再度登场，首次提到他是个组织基层成员
301-302	323-324	恶意与圣者的游行
304	326-329	撼动警视厅 1200万人质	提到松田阵平
307-308	332-333	残留下来的无声证言	板仓卓登场
309-311	334-336	接触黑色组织	千年大坑——板仓卓的软件
312-313	337-338	沾染夕阳的女儿节娃娃	提到了灰原的父亲宫野厚司
329-330	354-355	用钱买不到的友情	提到了灰原的母亲宫野艾莲娜
333-334	358-359	相似的两位公主	暴风雨来临之前的最后平静
335-336	360-361	东都现像所的秘密
338-339	363-364	四辆保时捷
340-341	365-366	隐藏在厕所中的秘密	千年大坑——艾莲娜的录音带
343-344	369-370	便利商店的陷阱
345	371-375	与黑衣组织面对面满月之夜的两起神秘事件【揭晓篇】（详）	直到下一篇章前的内容均为余波
346-347	376-377	寻找臀部上的印记
350-351	380-381	被遗忘的移动电话
361-362	392-393	帝丹高中校园灵异事件
371-372	402-403	无言的航线
374-375	405-406	星星与香烟的暗号
385-387	419-421	斯托拉蒂巴利欧斯不协调的和音	Boss邮箱地址的最终揭晓；漫画最后有一段重要详解未被漫改，详见Vol.46 File.6（总File.474）
394	428	诡异宅院大冒险（封印篇）	“…弄清那个邮箱地址，说不定会找出一个令人难以置信的人物…这个邮箱是绝对不可以打开的潘多拉魔盒…”（灰原语）
398-402	432-436	诡谲家族的委托·满腹疑惑的小兰·珠宝强盗现行犯	小兰第四次怀疑柯南的真实身份
421-422	455-456	银杏色的初恋	芙莎绘·坎贝尔·木之下登场

原版集数	海外版集数	标题	备注
425	459-463	黑色冲击！组织之手逼近的瞬间	水无怜奈（基尔）、基安蒂、科恩登场
427-428	465-466	超机密的上学路	柯南错过关键主线信息
429-430	467-468	无法回头的两人	本堂瑛祐登场
435-436	473-474	侦探团特别专访	啊咧咧名场面
446-447	484-485	被封死的窗户
462-465	502-505	黑暗组织之影	本堂瑛祐开始向毛利小五郎打听水无怜奈的事
466	506	打不破的雪人（上集）
472-473	512-513	工藤新一少年冒险	“你只不过是看了小说开头的概要而已……就不打算读完整本书了吗？”（黑羽盗一语）
479	519-522	与服部平次共度的三天
484-485	527-528	黑色照片的下落
491-504	538-551	红与黑的撞击【揭晓+决战篇】（详）	“请相信我，也请相信她…”（赤井秀一语）
507-508	554-555	卡拉OK包厢的死角	“红与黑的碰撞”系列的余波，“红黑篇”的尾声

原版集数	海外版集数	标题	备注
509	556	红白黄色和侦探团	柯南得到波本出动的情报
510-511	557-558	柯南VS双重暗号之谜·推理对决！新一VS冲矢昴	冲矢昴登场
516-517	564-566	风林火山	大和敢助、上原由衣登场
521-523	570-574	杀人犯工藤新一·新一的真实身份与小兰的眼泪·真正想知道的事	传说在暗示本篇章的发展柯南第四次恢复成新一（第三次在剧场版迷宫的十字路口）
524-525	575-576	憎恨的蓝色火花
542-543	593-594	鱼儿消失的一角岩	~~日本人挠头，中国人秒破的暗号~~
557	608	危险的二人组
558-561	609-612	死亡之馆赤壁	诸伏高明登场诸伏高明说出了那句“高情商”发言：“之所以没有说出这些推理，是因为觉得这么简单没必要说吗”。
563-564	614-615	侦探团VS抢匪团	伤疤赤井登场
568-569	619-620	白鸟警官樱花的回忆
571	622	妖怪仓库的寻宝（上集）
578-581	629-632	引发危机的红色前兆·黑色13的暗示·步步逼近的黑色期限·摇曳的红色目标
583-585	634-636	小林老师的恋情·白鸟警官的失恋·跨越时空的樱花之恋
586-587	637-638	消失在黑暗中的麒麟角·基德VS四神侦探团
616-621	667-672	福尔摩斯默示录（详）	据说这集有隐藏主线柯南第六次恢复成新一（第五次为OVA9“十年后的陌生人”。本次与OVA11“来自伦敦的绝密指令”为同一次）
622-623	673-674	紧急事态252
624	675	初恋的录影信
627-628	678-679	柯南基德的龙马宝物攻防战
646-647	697-698	幽灵饭店的推理对决	世良真纯登场
648-650	699-701	侦探事务所挟持事件
651	702-703	柯南VS平次东西侦探推理对决
652-655	704-707	毒和幻的设计
656-657	708-709	博士的影音网站
659-660	711-712	初恋情人的共同调查
661-662	713-714	小五郎先生是一个好人
667-668	719-720	婚礼前夕	安室透登场
671-674	723-726	侦探们的夜想曲
675-676	727-728	一丁点都不原谅
681-683	733-735	以性命为赌注的恋爱转播
684-685	736-737	泡沫热气与烟
690-691	742-743	工藤优作的未解决事件
699-700	751-752	迫近灰原秘密的黑影
701-704	753-756	漆黑的特快列车【第一阶段揭晓篇】（详）
705-706	757-758	密室中的柯南·推理的波本
722-723	774-775	又甜又冰的宅急便
724-725	776-777	怪盗基德与赤面人鱼
727-728	779-780	装满水果的宝箱
731-732	783-784	现场的邻居是前男友	羽田秀吉登场
734	786-787	茱蒂的追忆与赏花的陷阱
739	792	小五郎在酒吧里（下集）
740-741	793-794	小兰也倒在浴室里了	世良提到了自己有个二哥
744-745	797-798	嫌疑犯是京极真吗
746-747	799-800	怪盗基德VS京极真
751	804	招财三毛猫事件（前篇）
754-756	807-809	赤女的惨剧	“领域外的妹妹”登场
759-760	812-813	结局惊人的恋爱小说
763-764	816-817	柯南与平次恋爱的暗号
770-771	823-824	气氛僵硬的茶会
772-773	825-826	工藤新一水族馆事件	万恶之源：那一天，新一弄掉了小兰的手机……
779-783	832-836	“绯色”系列【第二阶段揭晓篇】	千年大坑——贝姐与Boss的关系

原版集数	海外版集数	标题	备注
783	836	绯色的真相	柯南得到朗姆出动的情报
785-786	838-839	太阁之恋名人战	本事件中的解谜暗号、思路等被怀疑是在影射主线剧情
787-788	840-841	盛夏里沉入泳池的谜
792-793	845-846	三名第一发现人（详）	柯南得到关于朗姆的重要情报
808-809	863-864	镰鼬旅馆	柯南不愿将服部平次牵扯进对朗姆的调查，并怀疑大和敢助是朗姆
810-812	865-867	县警的黑暗（详）	黑田兵卫登场
813	868	悄悄靠近安室的黑影	名场面：那个人为什么在早餐时点火腿三明治？
814-815	869-870	博客女明星的密室事件
822-823	877-878	嫌犯是热恋情侣	灰原哀认为黑田兵卫不是朗姆
827-828	882-883	好吃得要死的拉面2
836-837	891-892	关系恶劣的女子乐队	提到诸伏景光
843-844	898-899	侦探团的各执一词
847-848	902-903	千叶的UFO疑难事件	家庭伦理大戏的万恶之源
849-850	904-905	结婚申请表的密码	提到羽田浩司
853-854	908-909	樱花班的回忆
861-862	916-917	与17年前一样的案发现场（详）	提到浅香、阿曼达·休斯，羽田浩司被害案开始浮出水面
863-864	918-919	灵魂侦探凶杀案（详）	“不明真相，必有暗鬼。”（“领域外的妹妹”&琴酒语）
866-867	921-922	背叛的舞台（详）	以上三个剧集均为羽田浩司被害案相关，并且有可能涉及了两名朗姆嫌疑人的登场，建议重点关注
872-874	927-929	柯南与平次的鵺传说	小兰和园子确认了背叛的舞台事件中榎本梓并非本人，平次第二次告白失败，大冈红叶登场
878-879	933-934	试衣间的死角
881-882	936-937	涟漪上的魔法师（详）	“我叫工藤新一，是夏洛克·福尔摩斯的弟子！”（工藤新一语）
885-886	940-941	解谜就在白罗咖啡厅	平次第三次告白失败，伊织无我登场
889-890	944-945	新老师的骸骨事件（详）	若狭留美登场
894-895	949-950	隔壁的江户式推理秀（详）	胁田兼则登场
896-897	951-952	手臂白皙的女人
902	957	妃律师的求救信号（后篇）	小兰第N次怀疑柯南的真实身份
909-910	964-965	燃烧帐篷的怪物（详）
916-917	971-972	恋爱与推理的剑道大赛	传说对主线有提示作用
919-920	974-975	女高中生三人组的秘密咖啡馆
925-926	980-981	饱含心意的手机挂件	风见裕也登场
927-928	982-985	红色的修学旅行（详）	柯南第七次恢复成新一
941-942	998-999	寻找玛丽亚（详）	揭晓Boss身份，想不起Boss是谁的人建议回看TV 219
952-954	1009-1011	充满谜团的鸡尾酒（详）
971-974	1028-1031	目标是警视厅交通部
983-984	1040-1041	基德VS高明被盯上的嘴唇	奇怪的cp增加了
993-995	1050-1052	替身京极真	偷偷告诉你，伦敦篇是主线
997	1054	微笑之乡的阴谋	癫疯之作
1000-1001	1057-1058	钢琴奏鸣曲《月光》杀人事件	经典重制，原版指路TV11
1002	1059	米花商业街的垃圾之谜	M24绯色的子弹前传
1003-1005	1060-1062	36宫格的完美犯罪
1011-1012	1068-1069	挖野菜与四叶草
1018-1020	1075-1077	藏不住的古董盘	揭晓“领域外的妹妹”深层身份，赤井一家都是怪物
1024-1025	1081-1082	大冈红叶的挑战书	提到羽田家的状况
1029	1086	警察学校篇 Wild Police Story CASE.松田阵平	揭露了松田和降谷到警校学习的原因；鬼冢提及毛利小五郎在警校时是射击冠军，20发子弹全部命中靶心
1033-1035	1090-1092	太阁名人的将棋盘
1038	1095	警察学校篇 Wild Police Story CASE.伊达航	伊达航的父亲与萩原千速初登场；伊达航交代了总是叼着牙签的原因，并重新认清了父亲的强大；首次出现伊达航的女友娜塔莉·来间的台词；诸伏景光父母遇害案新线索：凶手是某家摩托车店的常客
1042	1099	警察学校篇 Wild Police Story CASE.萩原研二	萩原和松田加入爆炸物处理班过程；鬼冢教官首次透露与佐藤正义有好友关系；佐藤美和子中学时代的形象首次出现
1045-1046	1102-1103	天罚降临的生日派对	揭晓玛丽变小的真相（奇怪的cp又增加了）
1053-1054	1110-1111	坠落于牧场的火种	风见裕也险些在小林面前暴露安室透的真实身份。若狭留美不慎遗失身上的将棋，被安室透捡到。元太向若狭留美透露安室透捡到将棋一事。安室透认为谁拿着这个将棋，谁就是羽田浩司案的凶手。柯南让小哀小心若狭留美。若狭留美袭击安室透并夺回将棋。小哀注意到若狭留美裤子口袋中的将棋。
1060	1117	冲野洋子与阁楼密室（后篇）	胁田兼则称赞柯南非常聪明，并主动向柯南提及将棋。安室透看着屏幕上若狭留美的照片，若有所思。
1061	1118	警察学校篇 Wild Police Story CASE.诸伏景光	小学郊游时，常与诸伏景光一起玩的女孩有里突发急性阑尾炎，不治身亡。7岁时，父母被杀，诸伏景光患上失语症及轻度失忆。景光被东京亲戚收养，高明被长野亲戚收养。后遇降谷零，情况有所好转。自称进入警校的原因是为了从警察的角度判断当年的情况并抓住犯人。26岁（三年前），诸伏景光卧底身份暴露，在向降谷零致歉后意图自杀，但赤井秀一表明自己的卧底身份试图制止其自杀，最终失败，诸伏景光成功自杀并打穿了存有亲友信息的手机，降谷零认为是赤井秀一逼迫其自杀而怨恨赤井秀一。
1071-1072	1128-1129	工藤优作的推理秀	贝尔摩德假扮基德假扮优作帮助柯南完成推理秀，意在探查优作回国原因；优作反计成功骗过贝尔摩德。万物皆可贝尔摩得.jpg黑羽快斗，你也有今天.jpg
1076.5^{(注)未算入总集数}	1134	警察学校篇 Wild Police Story CASE.降谷零	警察学校篇的总集篇。降谷等五人终于从警察学校毕业了，毕业典礼后，携带着诸多回忆的五个人走向了各自的明天。七年后，在波洛咖啡店打工的安室透依次回忆起警校时代的四人，他背负着好友们的意志独自前行：从景光那里学会了料理，从班长那里学会了正义，从萩原那里学会了飙车，从松田那里学会了拆弹。故事的最后就只剩他一个人了。
1077-1079	1135-1137	黑衣组织的谋略	揭晓朗姆真实身份为胁田兼则。FBI连续失误，损失惨重，主角团各种马后炮- -
1085-1086	1143-1144	不祥的缘分	平次告诉柯南有关变位词的线索。动画组ooc+1
1093-1094	1151-1152	宫野明美的时间胶囊	胁田兼则登场并触发灰原雷达反应。
1098-1099	1156-1157	风之女神·萩原千速	M25预热之萩原研二
1105-1106	1163-1164	基德对决安室王妃的刘海	基德是不是要和每个主角团的人都对决一次
1109-1110	1167-1168	高木与伊达与手账中的约定	M25预热之伊达航
1115-1116	1173-1174	千速与重悟的相亲派对	M25预热之松田阵平
1123-1124	1181-1182	群马与长野县界上的遗体	M25预热之诸伏景光，长野三人组和山村操登场
1135-1136	1193-1194	大冈红叶的甜蜜圈套	结尾登场神秘呼吸罩老人，揭晓伊织无我身份为公安，曾用化名“榊原”

总话数	标题（暂拟）	说明
1094-1096	酒店爆炸预告事件	真纯、玛丽、妃英理齐聚酒店；篇末呼吸罩老人第二次登场，因其言论有网友猜测为羽田康晴。真纯和玛丽住的酒店必出事系列以理服人赤井玛丽
1097-1099	海之家杀人事件	若狭留美、冲矢昴联合带娃；珊瑚头主场。本篇基本石锤若狭留美为浅香，且透露浅香曾在17年前的事件中被赤井务武护在身后；若狭留美从冲矢昴身上看到了赤井务武当时的影子，同时也展现出部分实力以保护柯南等人。直男语录：步美还是小孩子，穿着空空荡荡的
1100-1102	怪盗基德与海妖的水花	篇末出现不明新角色，为长胡子老者形象。日本公安教你如何识别阿梓和基德：阿梓小姐，我喜欢你.jpg
1103-1105	国际象棋大赛杀人事件	朗姆三名嫌疑人全部出场。柯南在若狭和黑田面前公然提及新一，疑似认为二者并非朗姆。柯南黑田联手，准备着手重新调查17年前的事件。胁田兼则准备对若狭动手。
1106-1109	十七年前的回忆	黑田向柯南讲述十七年前羽田浩司案的细节，真相逐步解密。朗姆带人狙击若狭未果反被制。
1110-1112	帝丹小学校园怪谈	片尾朗姆盯着学校里的若狭，因怕误伤师生而没有动手。比起冷血的琴酒，朗姆他真的，我哭死
1113-1115	管家和侦探们	伊织的前公安身份实锤，大冈红叶的身份为前首相的孙女，安室透与某大人物接触（疑似前首相）。
1116-1118	服部平次又一次大失败	深山，寺庙，服部特意支开红叶，准备在美景下向和叶表白，结果……
1119-1122	怪盗基德VS白马探	基德是不是要和每个名侦探都对决一次老贼你终于想起白马探了……
1123-1125	诗织拯救行动	萩原千速主场。片尾柯南发现了安室透在光彦身上安装的窃听设备。
1126-1128	家门口的绑架案	乌龙事件，但最后婴儿车上的婴儿令人澄思渺虑。
1129-1133	连环杀人案和夕阳下的告白	服部平次终于喜提女友一枚。

时间	漫画	动画集数	剧情
半个世纪前	File.189	130 竞技场无差别胁迫事件（上篇）	组织的秘密计划开始实施
File.300	219 被召集的名侦探！工藤新一VS怪盗基德	传闻大富豪乌丸莲耶离奇死亡
40年前	File.302	千间降代的父亲千间恭介和一些学者被乌丸莲耶邀请来到黄昏之馆寻找据说是乌丸母亲留下的宝藏后失踪，据说此时乌丸时日无多，为杀鸡儆猴开始杀害学者们
30年前	File.595	495 红与黑的碰撞昏睡	伊森·本堂加入CIA
File.1025		宫野厚司和宫野艾莲娜加入白鸠制药的研究院
File.423	340 厕所里隐藏的秘密（上篇）	宫野厚司将自己的房子借给朋友出岛胜平开设计事务所
27年前	File.595	495 红与黑的碰撞昏睡	伊森·本堂来到日本结婚并就此潜伏，后开始调查黑衣组织的事（开始时间不详）
25年前	File.1025		白鸠制药因被乌丸集团并购失败而破产，宫野夫妇回老家开了一家宫野诊所
二十几年前	File.286	218 目暮警官尘封的秘密	目暮警官和自己未来的妻子目暮绿因作为引诱歹徒出动的诱饵一事而相识
20年前	File.225	174 二十年的杀意新佛尼号连续杀人事件	四亿元抢案事件主谋影子设计师叶才三疑似被同伙枪杀身亡
File.260	193 危命的复活约会的地点	工藤优作在米花中央大楼的旋转餐厅解决案件后向藤峰有希子求婚
File.302	219 被召集的名侦探！工藤新一VS怪盗基德	千间降代发现千间恭介信中留下的信息，此时乌丸莲耶已死，乌丸家家道中落，黄昏之馆已经变卖他人
File.350	286 工藤新一纽约事件（事件篇）	莎朗•温亚德与藤峰有希子拜魔术师黑羽盗一为师学习易容术，两人结识并成为了朋友
File.379	308 遗留的无声证言（后篇）	板仓卓时为一名默默无闻的游戏工程师，立誓将来要设计出能够打败名人的将棋软件
File.413-416	333-334 相似的两位公主	帝丹高中举办选美比赛，决战双方为藤峰有希子和妃英理，最终结果为平票
File.433	345 与黑衣组织直面对决满月之夜的双重谜案	贝尔摩德刺杀了调查组织的FBI搜查官，茱蒂·斯泰琳的父亲，并放火焚毁了茱蒂家，仅茱蒂一人幸免于难，接受了FBI的证人保护计划朱蒂对贝尔摩德的口头禅“A secret makes a woman woman.”印象深刻贝尔摩得在茱蒂父亲的眼镜上留下了自己的指纹，被FBI保存下来作为证物
File.667	532 初恋的伤痕	“口哨男”案，松本清长的左眼被砍伤
File.670	534 新的伤痕和吹口哨的男人
19年前	File.889	771 气氛僵硬的茶会（后篇）	降谷零经常因打架受伤来到宫野诊所治疗，对宫野艾莲娜心生眷恋之情宫野厚司犹疑着是否加入乌丸集团完成某研究^{[注 2]}，得知艾莲娜怀孕后决定重新考虑
File.1011	953 充满谜团的鸡尾酒（中篇）
File.423	341 厕所里隐藏的秘密（前篇）	宫野夫妇加入了乌丸集团，开始从事药物研究。之后曾在组织监视下和明美回到出岛设计事务所住过一晚
18年前	魔术快斗怪盗淑女之卷	魔术快斗1412 9 怪盗淑女登场魔术快斗1412 10 怪盗淑女与龙马的秘宝	黑羽盗一与黑羽千影在巴黎相遇
File.179	129 来自黑衣组织的女子大学教授杀人事件	宫野志保出生
File.267	205 本厅刑事恋爱物语3（前篇）	“愁思郎”一案，佐藤正义殉职
17-18年前	File.425	341 厕所里隐藏的秘密（后篇）	宫野艾莲娜为志保录制了1岁到20岁的生日录音带
17年前	File.948	861 与17年前相同的案发现场（前篇）	在朗姆的主导下，羽田浩司与阿曼达·休斯在美国同一天同一酒店内被害，死因均不明，并且A药服用者名单上有羽田浩司的名字；羽田浩司在镜子上留下“P T O N”的暗号，并且随身携带的将棋护身符丢失，其遗属认为是落在了凶手手中阿曼达的保镖浅香（Asaka）失踪，被列为最大嫌疑人，而浅香曾带着手镜现身，被怀疑是女性
File.953	864 灵魂侦探被害事件（后篇）
File.1052
File.972-974	881-882 涟漪上的魔法师	赤井务武受朋友羽田康晴委托赴美国调查羽田浩司一案，不久之后疑似被黑衣组织追杀，给赤井玛丽发送“当我从来没有存在过”的邮件不久后失踪。遗体一直没能被找到怀着世良真纯的赤井玛丽、赤井秀一和赤井秀吉遵从赤井务武的嘱托从英国前往日本生活，并隐藏自己的英国人身份
File.1037
File.972-974	881-882 涟漪上的魔法师	赤井秀一留学美国，为了调查父亲的失踪而决心加入FBI
File.872	754 赤女的惨剧（雾气）	赤井秀吉更名世良秀吉
约17年前			宫野夫妇传言死于一场实验室火灾中
宫野明美被迫带着宫野志保加入组织
十几年前^{[注 3]}	File.1030		诸伏景光把自己的朋友降谷零介绍给哥哥诸伏高明
13年前	File.921-924	853-854 樱花班的回忆	新一、小兰在米花幼稚园相识
File.1070		宫野明美在帝丹小学就读六年级，在毕业仪式前埋下时间胶囊
10年前	File.570-573	472-473 工藤新一的少年冒险	小学一年级的新一与小兰在学校中冒险时与黑羽盗一相遇
File.972~974	881~882 涟漪中的魔法师	赤井秀一回到日本度假，赤井一家在海边新一、小兰初次见面，赤井玛丽最终同意赤井秀一加入FBI，新一给世良真纯留下深刻印象
File.812~814	690~691 工藤优作的未解决事件	工藤优作解决“死”字血字案件
File.107	32 咖啡店杀人事件	毛利小五郎辞去警察职务，不久后和妻子英理分居
N/A	M 2 第14个目标
File.225	174 二十年的杀意新佛尼号连续杀人事件
File.872	754 赤女的惨剧（雾气）	世良秀吉高中毕业后过继到羽田家，更名为羽田秀吉，之后往一名将棋棋手方向发展
File.972	881 涟漪上的魔法师（前篇）
File.847	731 现场的邻居是前男友（前篇）	羽田秀吉与宫本由美在电车上相识，不久之后两人开始交往
约10年前	File.596	596 红与黑的碰撞侵入	本堂瑛祐患白血病后接受了手术
File.587	588 红与黑的碰撞血缘	瑛海和瑛祐的母亲过世，之后伊森·本堂带瑛祐来到大阪
File.582-584	484-485 黑色照片的去向	伊森·本堂潜入黑衣组织
File.585	491 红与黑的碰撞开端	本堂瑛海给受伤的瑛祐输血，不久后不告而别
8年前	魔术快斗 1	魔术快斗 1 复活的怪盗魔术快斗1412 1 复活的怪盗	黑羽盗一在魔术表演中失踪，传言已死
7年前	警察学校篇		降谷零、松田阵平、萩原研二、伊达航、诸伏景光五人在警察学校就读
File.369	304 震动的警视厅 1200万人质	萩原研二^{[注 4]}在处理炸弹时殉职
6年前	File.614	516 风林火山迷宫的铠甲武士	巡警甲斐玄人被虎田达荣害死，大和敢助和上原由衣立誓要解开甲斐的死亡真相
File.618	517 风林火山阴与雷霆的对决
5年前	File.599	497 红与黑的碰撞觉醒	赤井秀一化名“诸星大”与宫野明美交往，并通过其妹妹宫野志保进入黑衣组织，并很快崭露头角，获得代号“黑麦威士忌/Rye”
4年前	File.595	495 红与黑的碰撞遗言	本堂瑛海为了帮父亲介绍新的CIA联络人而潜入组织
伊森·本堂为掩护瑛海而自杀，伪装被瑛海杀死，事后瑛海得到赏识，获得代号“基尔/Kir”
File.956~957	866~867 背叛的舞台	卧底身份曝光的日本公安苏格兰威士忌（诸伏景光）准备自杀，赤井秀一上前阻止并表明自己FBI的身份以协助他脱逃但苏格兰威士忌听到同为日本公安的卧底波本（降谷零）上楼的脚步声以为被其他组织成员发现开枪自杀波本检查现场后怀疑是赤井逼迫苏格兰威士忌自杀，因此开始痛恨赤井
3年前	File.369	304 震动的警视厅 1200万人质	松田阵平在处理炸弹时殉职
File.377	307 遗留的无声证言（前篇）	板仓卓的视力开始减退，于是退出了CG行业；不久之后因为视力减退以及为了全人类着想这两个原因，停止了手头上某个软件的开发
File.380	309 与黑衣组织的接触（交涉篇）
File.518-522	490 服部平次VS工藤新一滑雪场的推理对决	服部平次与工藤新一在互不相识、没有正式谋面的情况下进行了初次推理对决
File.1049		贝尔摩德假扮为赤井务武在伦敦出现并让SIS注意到自己，意图把玛丽吸引到英国并清除后以务武的身份卧底SIS
得到SIS传来的消息的赤井玛丽和世良真纯回到英国
2年前	File.377	307 遗留的无声证言（前篇）	龙舌兰找到板仓卓，想要收购他之前正在开发的那个软件，但在得知后者因视力衰退而放弃开发后便离开了。之后，板仓卓开始受到组织成员的长期骚扰
File.599	497 红与黑的碰撞觉醒	赤井秀一向宫野明美坦白自己的FBI身份，不料宫野明美早已发现第二天，在FBI对琴酒的抓捕行动中，赤井秀一的卧底身份因安德雷·卡迈尔暴露，赤井被迫离开组织
File.607	503 红与黑的碰撞决死
1年前	File.204~207	162 飞天密室工藤新一最初的事件	在飞往美国洛杉矶的飞机上，新一首次独立侦破案件
File.350-355	286-288 工藤新一的纽约事件	新一与小兰受有希子之邀前去纽约观看音乐剧“Golden Apple”，结识了美国明星莎朗·温亚德
贝尔摩得杀死了真正的纽约杀人魔并将其伪装成自杀，之后假扮成他去刺杀赤井秀一，不料反被他用枪击中腹部，受了重伤，藏身在一处废弃大楼中
小兰邂逅赤井秀一（两人都早已不记得对方是谁）
假扮成纽约杀人魔的贝尔摩得遇见了小兰与新一，打算开枪灭口却因栏杆损坏险些从楼上跌下去，被新一与小兰救起。贝尔摩得被两人感化
美国警方对外通报了杀人魔自杀的信息，但发现了证明杀人魔并非自杀的疑点，开始追查但没有查出结果
File.380	309 与黑衣组织的接触（交涉篇）	板仓卓因不堪其扰选择向组织妥协，之后与其联络的是贝尔摩得（变声后与其通话），要求他继续之前那个软件的开发并在一年内完成。当板仓卓由于受不了对方的态度质问对方的身份和目的时，贝尔摩得用“We can be both of God and the devil. Since we're trying to raise the deadagainst the stream of time.”回应了他，随后电话那头传来猫叫声，贝尔摩得慌忙挂断了电话^{[注 5]}
File.398	329 金钱买不到的友情（前篇）
File.433	345 与黑衣组织直面对决满月之夜的双重谜案	贝尔摩得对外宣称莎朗·温亚德已去世，从此抛弃了这个身份。她以克莉丝·温亚德的身份出席了莎朗的葬礼，这也是克莉丝首次曝光在媒体面前，并在葬礼上当着记者们的面说出了“A secret makes a woman woman”，引起了FBI的注意。工藤有希子也出席了莎朗的葬礼
File.344	279 疯狂足球迷（前篇）
File.646	521 杀人犯，工藤新一	工藤新一来到东奥穗村，侦破日原村长灭门案
File.804	681 以性命为赌注的恋爱转播（转播开始）	伊达航因车祸而死
约1年前	File.433	345 与黑衣组织直面对决满月之夜的双重谜案	通过眼镜上的指纹对比，FBI确认了克莉丝就是20年前杀害茱蒂一家人的凶手，但由于其年龄不符合条件，又比对了莎朗的指纹，最终发现母女俩竟是同一个人
	魔术快斗漆黑之星篇	219 被召集的名侦探！工藤新一VS怪盗基德魔术快斗1412 6 漆黑之星	怪盗基德与工藤新一的初次对决，但此时两人都不认识对方
半年前	File.617-618	517 风林火山阴与雷霆的对决	大和敢助在追捕逃犯时进入了深山中遭遇雪崩，被送往医院救治后依然左眼失明、左腿受伤
上原由衣以为大和殉职，为了解开甲斐之死的真相而辞去刑警工作嫁入虎田家，更名虎田由衣
约一个月前		Episode"ONE" 变小的名侦探	宫野志保在实验中发现有小白鼠在服用APTX4869后没有死亡而是幼儿化存活
File.179	129 来自黑衣组织的女子大学教授杀人事件
一周前	File.884	773 工藤新一水族馆事件（下集） Episode"ONE" 变小的名侦探	工藤新一答应若毛利兰在空手道都大会上取胜就和她到多罗碧加乐园玩
两天前	File.1	1 云霄飞车杀人事件 2 董事长千金绑架事件 Episode"ONE" 变小的名侦探	工藤新一解决濑羽别墅的杀人案
故事开始	工藤新一与毛利兰来到多罗碧加乐园，新一因目睹黑衣组织交易现场被琴酒敲晕并被灌下APTX4869变小
File.2	工藤新一在阿笠博士的劝说下为了不连累身边的人，化名“江户川柯南”住进以侦探为生的毛利小五郎家
	File.33	52 雾天狗传说杀人事件^{[注 6]}	柯南借由窃听得知琴酒和伏特加的代号
	File.92~96	48~49 外交官杀人事件	借由服部平次给的白干，柯南第一次变回工藤新一
	File.114~116	54 电玩公司杀人事件	柯南偶遇组织成员龙舌兰，但龙舌兰很快被意外炸死，最后只得知组织在网罗世界杰出的程序设计师
	File.121	58 福尔摩斯迷杀人事件（后篇）	服部平次得知了柯南的真实身份并得知了黑衣组织的事情
	File.156-159	76 柯南VS怪盗基德	柯南与怪盗基德进行首次交手
十亿元抢案一周前	File.425	341 厕所里隐藏的秘密（后篇）	宫野明美将母亲艾莲娜生前留给志保的录音带藏在出岛设计事务所的厕所内
十亿元抢案一天前	File.599	497 红与黑的碰撞觉醒	明美向秀一发送邮件
	File.13-16	13 奇怪的寻亲杀人事件 128 黑衣组织10亿元抢劫事件^{[注 7]}	明美为让自己与妹妹脱离组织，化名“广田雅美”完成十亿元银行抢劫案的任务
由于一个同伙试图私吞所有的赃款潜逃，明美委托小五郎等人协助找人，与柯南结识
	File.180	129 黑暗组织来的女子大学教授杀人事件	志保对明美的事情略有所闻，感到非常不安，很担心姐姐，明美则和志保提到了柯南
	Episode"ONE" 变小的名侦探
故事开始约一个月后	File.179	129 来自黑衣组织的女子大学教授杀人事件	雪莉协同一些组织成员第二次来到工藤宅中调查，发现原本还在的新一幼时的衣服消失而怀疑其变小，联想到明美提过的江户川柯南，怀疑新一与柯南为同一人。由于对新一这个实验对象很感兴趣，又怕他被组织灭口，便将APTX4869服用者名单中新一的情况由“不明”改为“死亡”
	Episode"ONE" 变小的名侦探
十亿元抢案约一周后	File.13-16	13 奇怪的寻亲杀人事件 128 黑衣组织10亿元抢劫事件	明美成功找到了那个同伙。之后两名同伙相继被杀害
明美意识到自己被组织欺骗，想反抗但还是被琴酒枪杀
柯南告诉明美自己的真实身份，并从奄奄一息的明美口中得知了组织的事情
	File.176~181	129 来自黑衣组织的女子大学教授杀人事件	雪莉得知宫野明美死讯后对抗组织，被监禁后服用APTX4869变小逃脱变小的宫野志保在工藤家前被阿笠博士收留，化名“灰原哀”转入帝丹小学，并向柯南表明身份柯南从宫野明美的教授处成功获得存有APTX4869资料的软盘，但被电脑病毒“暗夜男爵”全部销毁
	File.234-237	170-171 黑暗中的死角	柯南结识新出智明，并得知新出将在下个月离家前去青森的医院，而他的祖母对此似乎非常不满
新出的父亲被继母所设的机关所杀，而触动机关的人则是对此一无所知的帮佣保本光。柯南建议继母录假口供以保护保本光，新出也听到了这一切
	File.242	178 与黑衣组织的再会（解决篇） Episode"ONE" 变小的名侦探	贝尔摩德（克莉丝·温雅德）为协助皮斯克与调查某些事（工藤新一失踪一事）回到日本
	File.238-242	176-178 与黑衣组织的再会	柯南和灰原偶遇琴酒的保时捷356A。柯南在车上安装了窃听器和发信器，得知皮斯克在杯户城市饭店的暗杀计划
琴酒发现车上灰原的茶色头发，随后发现了窃听器并予以销毁，认为是雪莉安装的，告诉皮斯克雪莉可能会去到现场。贝尔摩得也被琴酒请来以女明星克莉丝·温亚德的身份去往现场协助皮斯克
灰原被皮斯克发现并认出，被其迷晕并锁在了酒窖中。柯南让警方把嫌疑人（包括皮斯克和贝尔摩尔）留下讯问，阻碍了皮斯克通知琴酒。但贝尔摩得利用自己的手帕洗清了皮斯克的嫌疑
灰原将酒窖中的组织电脑内的APTX4869资料存入MO中，之后在柯南指示下喝下白干，暂时恢复成年形态，爬出烟囱来到房顶却遇见了因联络不上皮斯克和贝尔摩得而赶来的琴酒和伏特加，身中数枪
柯南协助灰原重新逃回酒窖，之后设计在皮斯克的枪下保护了灰原并点燃了酒窖。皮斯克因身份暴露，未来得及说出灰原身份就被琴酒灭口。灰原自称MO被落在酒窖中烧毁了
贝尔摩得告诉琴酒和伏特加自己还要在日本留一段时间，调查一些事情
	File.433	345 与黑衣组织直面对决满月之夜的双重谜案	贝尔摩得开始频繁出入新出诊所，FBI怀疑贝尔摩德将会假扮新出
	File.251	188 危命的复活洞窟中的侦探团	灰原拒绝与小兰接触。她的电脑桌面上放着一块MO，上面有疑似火烧的痕迹
	File.254-260	189 危命的复活负伤的名侦探	柯南受到枪击而大量出血，小兰主动提出给柯南输自己的血^{[注 8]}，柯南就此意识到小兰即将看穿自己的真实身份
190 危命的复活第三种选择	在灰原的提议下，柯南服用APTX4869解药试验品以暂时恢复成新一参加学园祭，灰原则假扮成柯南，让新一和柯南同时出现以打消小兰的疑虑
191 危命的复活黑衣骑士
192 危命的复活新一回来了	（初次提到）FBI探员茱蒂·斯泰琳化名茱蒂·圣提米利翁，来到帝丹高中担任英语教师
193 危命的复活约定的场所	新一在米花中央大楼的旋转餐厅约见小兰，想向她表白，但用餐中途发生案件，新一在解决案件之后解药药效也到了，只能作罢
^{[注 9]}	File.433	345 与黑衣组织直面对决满月之夜的双重谜案	FBI制造假车祸让贝尔摩得以为新出一家已死，实际将新出一家暗中送至美国保护起来
贝尔摩得开始假扮新出，中了FBI的圈套。之后茱蒂潜入贝尔摩得的房间中，发现了房间内被飞镖钉住的宫野志保照片以及柯南和小兰的照片，柯南的照片行写有“cool guy”，小兰的照片上写有“angel”
File.500	425 黑色冲击！组织魔爪伸来的瞬间	女主播水无怜奈开始频繁出入新出诊所，引起了FBI对其的关注
	File.267-269	205-206 本厅刑事恋爱物语3	“愁思郎”案的嫌疑人被逮捕归案
	File.270-272	226-227 格斗游戏的陷阱	柯南结识茱蒂，茱蒂格外关注贝尔摩得房间内照片上的这个男孩。茱蒂与柯南等人分别时望着柯南的背影轻声用贝尔摩得的称法称呼他为“cool guy”
茱蒂将贝尔摩得的目标代号定为“Rotten Apple”
	File.276-278	220-221 满口谎言的委托人	柯南结识服部平次的母亲服部静华
	File.281	242 人鱼失踪记（推理篇）	柯南在人鱼岛名册上发现了“宫野志保”的名字
	File.287-289	230-231 神秘的乘客	灰原首次提到自己的“组织雷达”，并正式提到在杯户城市饭店时，现场似乎还有一位组织成员，之后灰原出现强烈的“组织反应”，当时上车的乘客有朱蒂、新出医生和赤井秀一
File.336-337	270 犯罪的遗物（后篇）	同天，为混淆FBI视线、以及伪装新出在法庭上作证，贝尔摩得偷走警视厅内小五郎参与调查的所有案子的案卷
	File.313	247 陷入网中的谜团（后篇）	灰原开始尝试主动接触小兰
	File.325-327	258-259 来自芝加哥的男人	少侦团邂逅了英裔美国人詹姆斯·布莱克。柯南因为秀一的出现而感到不安，并怀疑秀一和灰原有某种关联。詹姆斯在秀一的车上，秀一跟他提到自己要向“恋人（指组织）”复仇
	File.328-330	253-254 本厅刑事恋爱物语4	佐藤美和子警官在母亲的要求下去相亲，相亲对象却是白鸟任三郎警官，小兰、园子、柯南和新出医生也跟随前去现场
秀一出现在了佐藤相亲的酒楼，似乎是得到了“一个茶发女高中生上了新出医生的车”的情报，但发现自己认错了人
新出配合柯南演戏，被柯南察觉到了不对劲
	File.336-337	270 犯罪的遗物（后篇）	贝尔摩得将所有偷来的案卷完整地寄回了警视厅，没有署名
FBI误认为贝尔摩得的目标是毛利小五郎，赤井秀一开始监视毛利侦探事务所
	File.341-343	277-278 英语教师VS关西名侦探	柯南回想杯户城市饭店那次的疑点，怀疑皮斯克作案时有其他组织成员相助，开始怀疑在那之后销声匿迹的克莉丝·温亚德，并拜托阿笠博士到她的粉丝网站收集资料
服部和柯南来到茱蒂家试探，发现她暗中偷拍后设计拿走了胶卷，服部还识破了茱蒂的口音为刻意伪装。茱蒂将从贝尔摩得那儿复制到的照片和自己拍摄的照片藏在了浴室内的镜子后面
柯南初次提到除茱蒂外可疑人物还有两人（指新出智明和赤井秀一）
	File.344-346	279-280 疯狂足球迷	柯南从阿笠博士那儿得到了关于克莉丝及其母莎朗·温亚德的少量情报
灰原开始关注与自己有相似境遇的足球球星比护隆佑
	File.354	288 工藤新一的纽约事件（解决篇）	小兰想起了在纽约当天发生的事，也想起了赤井秀一旁边的人的衣服上印着FBI，认为秀一是FBI搜查官
	File.355	274 幽灵鬼屋的真相（上篇）	新出医生表示自己的家人都已经搬去了青森
	File.358-360	289-290 光彦森林迷失记	少侦团邂逅了沼渊己一郎，灰原提到沼渊曾为组织基层成员，因要被送去做人体实验而从组织脱逃
	File.377-379	307-308 遗留的无声证言	柯南意外发现软件工程师板仓卓曾与龙舌兰接触，便想办法取得了板仓卓的日记
File.380-383	309-311 与黑衣组织的接触	柯南和小兰在街上遇见赤井秀一，小兰告诉了柯南秀一是FBI搜查官。柯南想起了伪装成自杀的纽约杀人魔，怀疑是秀一所为，没有放弃对他的怀疑
柯南阅读板仓卓的日记，得知了板仓卓与组织接触的全程，并得知板仓卓在两个月前再次放弃了软件开发，但不明白软件的内容和用途
柯南与博士赶到板仓卓在群马县的别墅，伪装板仓卓本人与伏特加进行交涉，更改了交易时间，并取得了未完成的软件，但软件被设了密码，无法打开和复制
柯南在贤桥车站埋伏，想要得到组织的线索，不料琴酒出现，柯南躲在置物柜中险些被发现。后由于柜内氧浓度降低而昏睡过去，被灰原用备用的追踪眼镜找到
秀一注意到了人群中的灰原，十分震惊，灰原也察觉到了什么
	File.384	312 夕阳染红的女儿节娃娃（前篇）	灰原向柯南提到了自己的父母，并提到了组织的目的之一是使人死而复生，但又表示这不是自己的研究目的
	File.398	329 金钱买不到的友情（前篇）	博士告诉柯南板仓卓日记的剩余部分和猫叫后女人慌忙挂断电话。柯南告诉了博士灰原父母的事情
	File.410-412	421-422 银杏色的初恋	阿笠博士与自己的初恋芙莎绘·坎贝尔·木之下重逢
	File.417-419	335-336 东都显影所的秘密	赤井秀一怀疑灰原就是宫野志保，并派人跟踪灰原，但被柯南发现并设计甩掉跟踪
	File.420-422	338-339 四辆保时捷	博士求助新出医生来到家中照顾重感冒的灰原，从而使贝尔摩得确认了雪莉的身份与下落
茱蒂确认了灰原就是贝尔摩得的目标，跟随新出来到博士家，假意照顾灰原，实际上借机监视贝尔摩得。秀一开始监听博士家
	File.423-425	340-341 厕所里隐藏的秘密	柯南与灰原在出岛设计事务所的厕所里找到宫野明美藏起来的录音带
贝尔摩德与组织成员卡尔瓦多斯通话，让他来协助自己
	File.426-428	343-344 便利商店的陷阱	茱蒂辞去帝丹高中老师的职务
小兰发现了茱蒂家浴室镜子后边隐藏的照片，怀疑起茱蒂的身份
灰原在标号为“18”的录音带中得知父母当时在制作一种很可怕的药，实验室伙伴们称之为一种很梦幻的药物，而宫野夫妇则称之为“Silver Bullet”（银色子弹），对它寄寓了希望
File.821	702 漆黑的特快列车（隧道）
	File.429-434	345 与黑衣组织直面对决满月之夜的双重谜案	贝尔摩得利用一场幽灵船活动，向工藤宅寄了一封邀请函，并在信中暗示自己已经知晓柯南的真实身份，以便调开柯南、刺杀灰原。小五郎等人也受到了同样的邀请函。灰原竭力阻止柯南前去但被柯南用麻醉针射晕，并把她安顿在了上锁的地下室中
已经对贝尔摩得的身份有了初步猜测的柯南联系服部，并发现有希子悄悄回到了家中，便请两人同阿笠博士一起协助自己，服部打扮成新一去幽灵船活动，有希子一同前去，自己则打扮成灰原，在身上装上连接着心电仪的录音机，留在阿笠博士家中伺机而动。柯南告诉了有希子克莉丝·温亚德和莎朗·温亚德为一人分饰两角的推测
对茱蒂身份产生疑虑的小兰单独去找茱蒂，并藏身在了她的汽车后备箱中
伏特加接受了上级的命令去幽灵船上刺探线索，以探知贝尔摩得的目的，在得知新一还活着时大为惊诧
以新出的身份出现的贝尔摩得以送她去大医院检查为由主动联络“灰原”，不过茱蒂抢先一步来到了阿笠博士家带走了“灰原”。“灰原”发现了新出的车紧随其后，意识到了两人分属不同的阵营
贝尔摩得利用一名参与者借刀杀人解决了幽灵船活动的主办者，虽然留下了“Vermouth”的名称，但没有留下指认的证据。服部利用新一的身份解开案件后卸下了伪装，这让伏特加困惑不已
“灰原”要求茱蒂用新出继母的案件真相来揭穿假新出的伪装，以便取得他的信任。茱蒂按照FBI的计划把贝尔摩得引到码头埋伏区，揭穿了后者的身份，但在两者对峙时茱蒂被事先埋伏的卡尔瓦多斯击伤，原来贝姐早就已经调开了埋伏在此的FBI。不得已之下，柯南改变了原先的计划撕下了自己的伪装，想要用手表麻醉枪和贝尔摩得对峙
由于害怕连累柯南，灰原强行撬开了地下室的锁，并通过事先藏好的备用追踪眼镜找到了码头。贝尔摩得趁柯南分神之际用柯南的手表麻醉枪麻晕了他，之后想要杀死灰原，但听到了枪响的小兰从后备箱中跳出来保护灰原，贝尔摩得阻止同伴对小兰开枪。两人虽然未中枪但都因惊吓陷入了昏迷，灰原把小兰代入了自己的姐姐
贝尔摩得和卡尔瓦多斯被随后赶到的赤井秀一重伤。贝尔摩得劫持了柯南并借用茱蒂的车逃离，卡尔瓦多斯自杀。秀一表示自己现在还不能和灰原见面
贝尔摩得给Boss发邮件时的按键音被柯南听到。柯南以发送邮箱地址威胁贝尔摩得，贝尔摩得承诺放弃追杀灰原后释放了催眠瓦斯，迷晕了柯南后用刀刺伤大腿以保持清醒，之后拆毁了录音设备，弃车离开
阿笠博士找到了昏睡的柯南。贝尔摩得与琴酒通话向其求助，提到了赤井秀一被Boss称为“银色子弹”，当琴酒询问她是否知道工藤新一时，她立刻做出了否定的回答，并默想着认为新一才是那颗“银色子弹”
	File.445~449	383 甲子园的奇迹！绝不能输给看不见的恶魔	《四号三垒》角色长岛茂雄、稻尾一久客串登场
	File.474	387 斯特拉迪瓦里琴的不和谐音（尾奏曲）	柯南询问有绝对音感的羽贺响辅得知那位先生邮箱号码按键音的旋律是《七个孩子》
	File.475	394 奇异屋宇大冒险（封印篇）	柯南推理出那位先生的邮箱号码是#969#6261^{[注 10]}，但被灰原称为“绝对不能开启的潘多拉宝盒”，阻止他进一步调查
故事开始半年内^{[注 11]}	File.483	400 满腹疑惑的小兰	小兰第四次、也是最后一次怀疑柯南的真实身份
	File.499~504	425 黑色冲击！组织魔爪伸来的瞬间	女主播水无怜奈委托小五郎调查事件，柯南通过黏在水无鞋底的窃听器与发信器意外发现水无是组织成员基尔柯南窃听并推理出组织计划暗杀众议员候选人土门康辉，因下雨暗杀中止。柯南想拿回水无鞋底的窃听器但失败组织进行下一步暗杀，FBI准备驱车夹击贝尔摩德却发生车祸，才发现车上的是基尔。FBI把昏迷的基尔带走琴酒发现基尔鞋底的窃听器与发信器，经那位先生同意决定狙杀毛利小五郎，还因为窃听器款式类似怀疑他和雪莉的关系赤井秀一狙击了琴酒和他手中的窃听器，迫使组织撤退，但琴酒仍然怀疑小五郎。FBI将基尔藏在杯户中央医院
	File.550~555	462 黑衣组织的影子年幼的目击者 463 黑衣组织的影子奇妙的照明 464 黑衣组织的影子谜样的高额报酬 465 黑衣组织的影子珍珠流星	柯南察觉到本堂瑛佑的诸多疑点，发现他在试图打探水无怜奈的消息经瑛佑诱导，柯南来到导致并目击水无发生车祸的船本透司的家，得知贝尔摩德已经与他接触并知晓水无被FBI带到医院
	File.559	479 与服部平次共度的3天	柯南在水无怜奈的粉丝网站上发现一张以通天阁为背景、出现相貌酷似水无的女子的照片，请服部在大阪协助调查
File.562~566	侦探甲子园事件
	File.582~584	484~485 黑色照片的去向	服部发现了通天阁附近十年前本堂瑛佑曾出现过的什锦烧店柯南等人由此从店长孙子处找到拍到本堂和他父亲的照片，得知本堂的父亲受雇于COMPANY
	File.585~590	491 红与黑的碰撞开端 492 红与黑的碰撞血缘 493 红与黑的碰撞绝叫 494 红与黑的碰撞冥土	本堂瑛佑在多家医院打听姐姐瑛海的下落，虽然她和水无容貌相同，但水无是AB型血，而瑛海曾给O型的瑛佑输过血^{[注 12]} 之后瑛佑在母亲雇主家找到自己的出生手册，确认自己出生的血型是O型
十亿元抢案数月后	File.595~599	495 红与黑的碰撞昏睡 496 红与黑的碰撞侵入 497 红与黑的碰撞觉醒	瑛佑在水无藏身的杯户中央医院失踪。朱蒂、赤井调查得知本堂的父亲伊森·本堂来自CIA，水无曾杀掉了伊森柯南等人得知组织成员已经潜入杯户中央医院和瑛佑儿时前往大阪前得过白血病。水无醒来后装睡，但被柯南发现柯南、赤井从近期入院的病人中通过是否捡手机判断楠田陆道是黑衣组织成员。楠田败露后逃脱，看到赤井后开枪自杀组织因楠田停止联络得知基尔下落。柯南得知赤井过去后与他商讨计划。瑛佑来到水无病房准备逼她坦白，被其阻止瑛佑得知水无就是瑛海和瑛海是CIA探员后被带走，随后瑛海和柯南、赤井制定了重返组织的计划
File.604	500 红与黑的碰撞遗言
	File.600~604	498 红与黑的碰撞搅乱 499 红与黑的碰撞伪装 500 红与黑的碰撞遗言	FBI计划用三辆车作为掩护运走水无，卡迈尔虽然不赞同但愿意开车组织在杯户同时制造了食物中毒、毒气、火灾事件，使杯户中央医院人满为患，大厅的FBI无法进行例行搜查组织同时寄给FBI大量装有炸弹的物品并在电视上播出水无复出的画面，逼迫FBI赶回水无房间组织通过炸弹上的发信器确定了水无的位置，FBI被迫立即转移水无。运送水无的卡迈尔假装被击晕，按计划将水无送回组织
黑色星期五	File.604-609	501 红与黑的碰撞嫌疑 502 红与黑的碰撞洁白 503 红与黑的碰撞决死 504 红与黑的碰撞殉职	赤井向FBI表示将水无怜奈送回组织是他和柯南一起拟定的战略，琴酒怀疑如此轻松背后有内情柯南提到FBI正在说服瑛祐答应“证人保护计划”，不愿向灰原透露有关赤井的信息茱蒂因卡迈尔涉嫌案件被拖住，水无接到来自Boss“杀死赤井秀一”的任务，约赤井一人到来叶山见面詹姆斯欲叫茱蒂回来讨论对策，却被赤井用左手阻止下来，并向发现手掌异常的詹姆斯透露完整的计划在琴酒的监视下，水无先开枪击中赤井的右胸，又击中其头部，随后引爆炸弹茱蒂通过焦尸的指纹与柯南手机的指纹一致，确信赤井已死。黑衣组织通过贝尔摩德也确认赤井已死
File.898	783 绯色的真相
	File.613-618	516-517 风林火山	小五郎、柯南、小兰、服部、和叶等人在长野县结识了大和敢助和虎田由衣。两人也看出了柯南的过人智慧
	File.622~624 File.638~640	509 红白黄色与侦探团 510 柯南VS双重暗号之谜 511 推理对决！新一VS冲矢昴	水无传回消息，组织成员波本已经出动。自称东都大学工科研究生的冲矢昴首次登场，事件后借住工藤家应新一要求，小兰对冲矢保密与新一有关的事情，假称屋主是金一
	File.646	521 杀人犯，工藤新一	柯南误服APTX4869解药试验品，第三次变回真身
File.652	523 真正想问的事	柯南为避免药效过后被发现真实身份又服了一颗，第四次变回真身
	File.824	704 漆黑的特快列车（终点）	波本为确认赤井的生死，让贝尔摩德协助自己假扮为伤疤赤井，以观察赤井周遭人的反应
	File.677-679	563-564 侦探团vs强盗团	卡迈尔提到赤井喜欢喝波本酒。茱蒂在米花町帝都银行抢劫案中遇上了伤疤赤井。伤疤赤井用右手开枪击伤强盗救了柯南
	File.680-681	557 与危险的二人同行	上原由衣已经复职刑警并改为原姓，与大和敢助一同前去毛利侦探事务所求助小五郎去长野协助他们破案
	File.682-686	558-561 死亡之馆赤壁	柯南了解到了两人实际上的求助对象是自己而非小五郎，并结识了诸伏高明警部。诸伏高明也看出了柯南的过人智慧并给予了他很高的赞誉
	File.699-704	578 引发危机的红色前兆 579 黑色13的暗示 580 步步逼近的黑色期限 581 摇曳的红色目标	少年侦探团向柯南提及银行劫案中的伤疤赤井，柯南大惊失色
白色情人节	File.725~727	608~609 背叛的白色情人节
故事开始半年后^{[注 13]}	File.743~752	616~621 福尔摩斯默示录	柯南因有机会到伦敦又没有护照，服用APTX4869解药试验品，第五次、第六次、第七次变回真身，期间向小兰表白柯南在温网决赛自称是“福尔摩斯的弟子”
File.1047~1050		温网决赛当天，赤井玛丽在沃克斯豪尔桥上与假扮为务武的贝尔摩德对峙，被喂下杀人的胶囊后掉下桥，随后变小变小的玛丽和世良在录播的温网决赛上看到自称“福尔摩斯的弟子”的男孩。玛丽从MI6同事处得知新一入境英国，但半年前消失为确认小男孩和10年前自称“福尔摩斯的弟子”的新一是否为同一个人，两人从伦敦返回日本
File.1025
	File.768~770	646~647 幽灵旅馆的推理对决	自称侦探的世良真纯首次登场，事件后转入帝丹高中
	File.793~795	677~678 婚礼前夕	自称侦探的安室透首次登场，事件后拜毛利小五郎为师
	File.816~817	700 迫近灰原秘密的黑影（下集）	灰原与少年侦探团被困于燃烧的木屋内，为脱困被迫服用APTX4869解药试验品，第二次变回真身光彦拍下了宫野志保的视频，世良、安室、冲矢均看到这段视频并得知她将登上神秘列车
File.818~824	701 漆黑的特快列车（发车） 702 漆黑的特快列车（隧道） 703 漆黑的特快列车（交叉） 704 漆黑的特快列车（终点）	黑衣组织得知雪莉将登上神秘列车，琴酒和伏特加在终点等候，波本计划活捉雪莉，贝尔摩德计划直接炸死世良叫了贝尔摩德假扮的伤疤赤井“秀哥”随后被其击昏，之后由冲矢带回贝尔摩德与工藤有希子对峙，有希子提到了贝尔摩德委托板仓卓制作软件一事柯南让怪盗基德假扮为宫野志保的曝光波本身份的安室透对峙，随后装作被炸死，除贝尔摩德以外的黑衣组织均以为雪莉已死
	File.827	706 推理的波本	安室透发现柯南使用手表型麻醉针。虽然贝尔摩德劝他离开毛利小五郎，但安室拒绝并表示对“沉睡小五郎”产生兴趣
	File.850~852	734 茱蒂的追忆与赏花的陷阱	柯南告诉朱蒂有关伤疤赤井就是波本（安室透）的事，灰原怀疑赤井就是诸星大波本借助贝尔摩德假扮为弁崎桐平与朱蒂接触，自称见过伤疤赤井，并趁机在朱蒂身上安装窃听器虽然被柯南打断，但波本仍窃听到在杯户中央医院里柯南、赤井调查组织成员的事，并称柯南为“可怕的男人”
	File.855	739 小五郎在酒吧（下集）	柯南通过高木警官发现之前遇到的弁崎桐平及其妻子可能为波本和贝尔摩德假扮
	File.888~890	770~771 气氛僵硬的茶会	安室透调查楠田陆道之死，提到自己幼年的外号“零” 安室透与贝尔摩德设计让卡迈尔透露出有关楠田陆道自杀的情报安室透推理出赤井秀一利用楠田陆道诈死的方法，来到工藤家试图揭穿冲矢的假身份（此时的冲矢昴为工藤优作假扮）茱蒂和卡迈尔为调查赤井死亡的真相开车前往来叶山，通过两人的口头禅猜出冲矢是赤井假扮，随后遭到日本公安的追堵赤井在卡迈尔的车上现身，揭穿安室透的身份为日本公安降谷零，并劝告“不要搞错了真正敌人” 表示对他的死很抱歉，并交楠田自杀的手枪交给公安。水无怜奈传回消息，组织成员朗姆已经出动
File.891~898	779 绯色的序章 780 绯色的追寻 781 绯色的交叉 782 绯色的回归 783 绯色的真相
	File.906~908	792~793 三人是第一发现者	灰原提到朗姆的特征为有人说他是个老人、有人说他是个女性化的男人、有人说他的体格相当健壮，其中一只眼睛为义眼
	File.913~917	810~812 县警的黑暗	长野县警搜查一课课长黑田兵卫首次登场，失去了右眼，据说在一场事故后昏迷了近十年长野县警中存在一个名为啄木鸟会的组织，将赃物的手枪卖到黑市
	File.920	815 博客女演员的密室事件（下集）	黑田兵卫来到东京担任警视厅搜查一课管理官
	File.941	844 不明真相的侦探团（下集）	柯南意外发现灰原有着与领域外的妹妹相似的眼神
	File.947	849 结婚申请书的密码（下集）	灰原得知羽田秀吉的义兄是羽田浩司，告知柯南羽田浩司也在APTX4869服用名单上
	File.948~950	861~862 与17年前一样的案发现场	柯南调查羽田浩司案，灰原提到APTX4869原先可能是其父母所研发，后来参考残留资料才得以重现柯南知道羽田浩司案也是赤井加入FBI的动机。借由犯人手法，柯南与赤井得知羽田浩司遗留的死亡讯息“ASACA RUM”
	File.951~952	863~864 灵魂侦探杀害事件	柯南拍到躲起来的领域外的妹妹，并听到世良叫她妈妈。得知浅香为女性。琴酒对沉睡小五郎的再度介入起疑心
	File.966	889 新任教师的骸骨事件（上集）	帝丹小学1年B班新副班主任若狭留美首次登场
	File.975~977	894~895 隔壁的江户前推理秀	惠比寿寿司店厨师胁田兼则首次登场，左眼被眼罩遮盖，事件后拜毛利小五郎为师
	File.988~989	909~910 燃烧帐篷的怪物	灰原与柯南都发现若狭留美的右眼可能看不见。虽然柯南有所怀疑，但灰原却反驳说很喜欢若狭。若狭的裤子后兜里有将棋棋子
	File.990~993	916~917 恋爱与推理的剑道大会	《城市风云儿》角色冲田总司客串登场
	File.1000~1008	927 红色的修学旅行（鲜红篇） 928 红色的修学旅行（恋红篇） 941 寻找玛莉亚！（上集） 942 寻找玛莉亚！（下集）	柯南为参加帝丹高中前往京都的修学旅行，服用了APTX4869解药试验品，第八次、第九次变回真身，期间与小兰正式交往世良确信有能让变小的母亲恢复原状的解药。工藤新一在京都的消息大为流传，后得到工藤夫妇的平息但黑田、胁田、若狭均得知了此事，胁田、若狭还主动探听了有关新一的事情。朗姆要求波本提供工藤新一的情报若狭背上有伤，拥有APTX4869的服药名单和一颗带伤痕的角行。工藤优作与赤井秀一认为羽田浩司遗留暗号其实是“CARASUMA”
	File.1009~1012	952~954 充满谜团的鸡尾酒	朗姆要求波本提供工藤新一的情报。安室透进入工藤家，与赤井秀一、工藤夫妇进行红茶会
	File.1016~1017	973 目标是警视厅交通部（三） 974 目标是警视厅交通部（四）	羽田秀吉知道哥哥秀一未死且二人还有联系黑田兵卫称呼安室透为“波本”
	File.1023~1025	993~995 替身京极真	世良向小兰与园子询问柯南和新一是否没有同时出现过，得到否认后，之后确定了灰原举止成熟
	File.1029~1031	1003~1005 36宫格的完美犯罪	安室透露朗姆的性子非常急。诸伏高明认出安室是弟弟景光曾介绍过的朋友降谷零，但在接过黑田的电话后并未相认
	File.1033	1011~1012 挖野菜与四叶草	若狭留美回想羽田浩司生前与死后的场景，柯南再次确认若狭的右眼有问题
	File.1035~1038	1018~1020 藏不住的古董盘	世良监视阿笠博士家，屡次试探灰原希望拿到APTX4869的解药，冲矢解围并从世良的话语中确认两人的母亲还活着但可能变小柯南认为领域外的妹妹可能是MI6成员
	File.1046	1035 太阁名人的将棋盘	羽田秀吉与母亲有联系，但不知道她变小，并向她隐瞒秀一还活着的消息
	File.1050	1046 天罚降临的生日派对	世良试图偷柯南的APTX4869解药，最终只偷到没有解药的药盒
	File.1051~1054	1053~1054 坠落于牧场的火种	若狭弄丢了棋子，被安室捡到。安室认为这是羽田浩司的棋子并回忆起警校讲解案件时提到浩司的家人认为拿走棋子的人是凶手柯南提醒灰原要注意若狭。若狭在黑暗的地下室里击晕安室拿回了棋子
	File.1057	1060 冲野洋子与阁楼密室（后篇）	胁田兼则提到本该在那里的将棋的棋子不见了令人在意。安室透暗地里看若狭留美的照片
	File.1058-1060	1071~1072 工藤优作的推理秀	贝尔摩德假扮基德假扮优作帮助柯南完成推理秀，意在探查优作回国原因；优作反计成功骗过贝尔摩德。
	File.1061-1066	1077~1079 黑衣组织的谋略	大量FBI驻日本人员遭到黑衣组织枪击死亡，随后FBI总部召回绝大部分驻日人员。揭晓朗姆真实身份为胁田兼则。
	File.1067-1069		平次告诉柯南有关变位词的线索。
	File.1070-1072		寻找宫野明美的时间胶囊，胁田兼则登场并触发灰原雷达反应。
	File.1088-1090		结尾疑似乌丸莲耶的黑影出现，揭晓伊织无我身份为公安。
	File.1094-1096		朱蒂、真纯、玛丽、黑田兵卫齐聚酒店；篇末出现看向玛丽等人、戴氧气面罩的未知黑衣人，疑似组织人士（boss）。
	File.1097-1099		基本石锤若狭留美为浅香，且透露浅香曾在17年前的事件中被赤井务武护在身后；若狭留美从冲矢昴身上看到了赤井务武当时的影子。
	File.1100-1102		篇末出现不明新角色，为长胡子老者形象。
	File.1103-1105		朗姆三名嫌疑人全部出场。柯南黑田联手，准备着手重新调查17年前的事件。胁田兼则准备对若狭动手。
现在的时间点
三年后^{[注 14]}	File.78~80	18 六月新娘杀人事件	松本小百合结婚

目录

补番专区

篇章1：变小的名侦探篇

篇章2：雪莉篇

篇章3：贝尔摩德篇（满月篇）

篇章4：基尔篇（红黑篇）

篇章5：波本篇

篇章6：朗姆篇

时间线

剧情详解

第一阶段：变小的名侦探！搜寻黑衣组织的历程

第二阶段：两个黑衣组织的女子！满月之夜的推理对决

第三阶段：魔鬼之音！银色子弹的镇魂曲

第四阶段：双面间谍！赤井 or 波本？

第五阶段：十七年前的杀意！逐渐逼近的朗姆

第六阶段：赌上性命的决战！毛利兰的复仇

参考资料