关于续作漫画《BORUTO》的剧情，详见条目“BORUTO/剧情”。
| “ | 只要有树叶飞舞的地方，就会有火在燃烧。火的影子照耀着村子，并且让新的树叶发芽。 | ” |
本条目的内容，按照《火影忍者》的时间先后顺序叙述，可以根据想看的部分在目录进行跳转。
- 【上古时期】到【同期毕业生】为原作正篇开始前发生的故事。（该部分涉及到的剧透内容较多，请谨慎选择是否观看）
- 【第七班结成】到【佐助夺还篇】为原作第一部分的故事，【三年间的事件】则是补充第一部时间点至第二部时间点之间发生的事件。
- 【鸣人归乡】到【鸣人与佐助】，以及【结局】为原作第二部分的故事，直至原作完结。
- 【最后的物语】和【新中忍考试】分别为剧场版10和剧场版11的剧情，与原作故事线有联系。
- 【七代目火影与绯色的花月】为原作漫画追加的10话外传漫画，讲述的原作结局和【新中忍考试】之间发生的故事。
目录
上古时期
一切的开始
大筒木一族会在其他星球上种植神树，日后再来采收果实，目的不明。
在地球，虽然人类从来没有停止过战争，但从来不敢把战火波及到「神树」，因为它被作为神柱受到人们的崇拜。直到有一天，神树上结出了一颗果实。
大筒木辉夜降临
大筒木辉夜从远方来到地球取神树果实所有查克拉的根源。她吃下「查克拉之果」得到神之力，开出第三只眼「轮回写轮眼」仅凭一人就平定了战乱。她支配着整个世界，被世人称为「卯之女神」。
大筒木辉夜平息乱世之后，用个人之力管束着世界。辉夜因为受到「大家的祝福」生下一对天生就有查克拉辉夜分的查克拉，辉夜堪称是火影世界的创世之神的双胞胎：长子大筒木羽衣和次子大筒木羽村。
- 大筒木羽衣：继承了辉夜的仙人体和「轮回眼」。
- 大筒木羽村：继承了辉夜的「白眼」。
堕落女神
羽衣和羽村认为「查克拉集中于一人，并加以放大」是绝对不可以的，所以把查克拉分给世人；但辉夜认为查克拉不仅代表着力量也代表着权力，只能为自己所有。
于是发动「无限月读」，不仅将世人带入幻术之中，还直接把人类的肉体与神树的根相连，利用活人的力量。因为人类的查克拉源于神树，所以神树差点结出新的果实。这些人类逐渐变化成为辉夜的士兵「白绝」。
辉夜遭到羽衣和羽村的反对，想要推翻母亲的统治，但功力又不敌辉夜。这时居住在妙木山的「大蛤蟆仙人」出现，教会了羽衣仙术。
辉夜的魔爪伸到自己的两个孩子，为了夺回全部的查克拉，辉夜与神树融为一体，化身成「十尾」与自己的孩子战斗。羽衣和羽村发动「六道·地爆天星」制造出月亮并将十尾的本体躯壳「外道魔像」和辉夜封印在其中。但在被封印之前，辉夜用意志创造了「黑绝」，计划透过黑绝让自己复活。
羽衣将十尾的查克拉封印在自己体内，让自己成为十尾「人柱力」。
六道仙人
羽衣和羽村平定乱事之后。羽村带着大筒木一族去月球，看守「外道魔像」。羽衣则留在地球创立了忍宗，被世人尊称为「忍者之神」「忍者始祖」「六道仙人」。
羽衣阳寿将尽，所以他打算将忍宗的力量和意志托付给长子因陀罗和次子阿修罗。
- 因陀罗：继承强大的查克拉基因，出生以来就有强大的瞳力（写轮眼）和战斗力。不管多么艰难的事情他都可以靠自己来完成，认为只有力量才能将一切的事物化为可能认为实现和平需要力量。第一个利用查克拉来战斗的人类。
- 阿修罗：没有继承强大的查克拉基因，但是有强大的生命力和身体能量的仙人体（可以使用仙术）。他一个人什么事都做不好，只有在自己的努力与他人的帮助下逐渐变强，才拥有与因陀罗匹敌的实力。认为想要和平离不开爱。
忍宗首领之争
临终前把体内的十尾抽出，因为十尾的查克拉过于庞大，所以羽衣用阴阳遁术将十尾的查克拉分成九只被赋予名字的尾兽，分散到各地。
人柱力大都会被全村人歧视，没什么人缘。因为一般人认为人柱力是怪物，而且情绪不稳定。人柱力只要受到刺激就有可能化身成为尾兽，再度让村子陷入危机。
- 一尾：守鹤
- 二尾：又旅
- 三尾：矶抚
- 四尾：孙悟空
- 五尾：穆王
- 六尾：犀犬
- 七尾：重明
- 八尾：牛鬼
- 九尾：九喇嘛（认为尾兽的实力是按尾巴数量排名的，所以守鹤和九喇嘛的关系最不合）
羽衣还在一块石碑上（就是后来在木叶南贺神社的地下室的石碑），记载生前的历史，内容必须按照「写轮眼 - 万花筒写轮眼 - 轮回眼」的顺叙阅读。后来黑绝把一些内容修改成：神树因被夺取查克拉而暴走。
羽衣还留下了六道忍具：幌金绳、七星剑、红葫芦、芭蕉扇、琥珀净瓶。
抽出尾兽处于濒死状态的羽衣在阿修罗的生存方式上面，看到了和平的可能性。羽衣认为与同伴间的相互信任与协助，才是真正的力量之源。因此，羽衣钦定阿修罗为忍宗的继承者，让他引领世人，并且希望因陀罗能够辅佐弟弟。
但是因陀罗拒绝这样的安排，在黑绝的挑唆下与弟弟阿修罗进行了漫长的决战。因陀罗宣誓自己的灵魂永远都不会消灭，一直都不会承认阿修罗，导致自己的后裔宇智波一族与千手一族的持续战乱。
因陀罗和阿修罗死亡，身体都被摧毁了，但他们的查克拉并没有消失，而是成为没有前世记忆的转世者灵魂是独立的，只是有其查克拉。
羽衣和羽村
家族战争
- 宇智波一族：因陀罗的后裔。拥有瞳术「写轮眼」。
- 千手一族：阿修罗的后裔。拥有强大的生命力和身体能量。
- 漩涡一族：阿修罗的后裔，千手一族的远房血亲。擅长使用封印术，生命力顽强和超庞大的查克拉量。
- 金银兄弟的家族：据说是羽衣的后裔，可以轻松使用原本需要庞大查克拉才能使用的六道仙人宝具。云隐曾经一度想要捕捉九尾，结果金银兄弟被九尾吞噬。受困期间他们吃下九尾的查克拉肉，拥有了九尾查克拉，甚至有九尾化的能力。后来云隐有人仿效他们吃下八尾的触角，结果非但没有成为人柱力，反而直接死了。
- 从地球移居到月球的大筒木一族：羽村的后裔，继承「转生眼」。羽村死后，他的子孙因为对先祖的遗言解释不同，而分为两派。分家为获取转生眼灭亡了宗家。大筒木舍人就是分家最后的后代。
- 日向一族：羽村的后裔，继承「白眼」。它们分宗家和分家，宗家世世代代继承着血继限界白眼，为了能很好的维持住白眼，分家需舍命维护宗家，并且分家从小头上就要被施以咒印。
- 辉夜一族（又译：竹取一族）：拥有操纵骨头能力血继限界的能力「尸骨脉」。原作没有明说是谁的后裔，但根据其造型和忍术特点，以及公式书《阵之书》的内容（《阵之书》中【残留在各地，大筒木辉夜片鳞半爪】的专栏中，提到了君麻吕的外貌特征和使用骨头战斗，暗示了辉夜一族与辉夜的关系），一般被认为是大筒木辉夜后裔的一支。
各个忍者族群仅仅受雇于人，没有固定的组织、国家。当时的忍者为了存活，甚至连姓氏都不能随便透露。忍者和平民的平均寿命只有30岁左右，因为连小孩子也要上战场拼命。
千手一族与宇智波一族打了上百年，直到族中出现因陀罗和阿修罗的转世者。
共同的理想
宇智波斑与千手柱间偶然相遇。两个并未透露出自己姓氏的少年，通过一次简单的对话，了解到双方都有同样的理想：和平。但是双方对「和平」有不同的理解，他们经常站在河的对岸，通过打水漂的方式交换着自己的想法。
- 宇智波斑认为要有实力才能达成「和平」：需要坚持自己的意志和足够的力量，否则一切都行不通。因此，两人开始每日互相切磋技艺。
- 千手柱间认为用博爱来引导世界，达成「和平」：用签署协议和设立同盟的方法来结束战争。因此，提出要建立一个村落来保护孩子们，并建立一个学校让孩子们训练、完成任务、设定等级，从而让孩子们远离战争，斑觉得这样可以更好的保护自己的弟弟。
他们的羁绊随着时间的流逝不断加深。这一情况终究被双方的父亲发现，要求他们从对方身上获取族群的情报；但两人都不愿意执行这样的任务，各自在石头刻上字，隔着河互打水漂暗示撤离。
但是埋伏在一旁的宇智波田岛、千手佛间、宇智波泉奈、千手扉间不肯罢手，在几乎同一时间向对手发起了进攻。
斑与柱间不得不走向对立面，斑也因为斩断和柱间的羁绊，双眼开启了单勾玉写轮眼。
从那以后，两人日复一日年复一年不停地在战斗，后来都成为各自族群的首领。泉奈和扉间也各自辅佐着自己的哥哥。
在一次战斗中，扉间用飞雷神斩重伤了泉奈。随后泉奈把双眼献给了哥哥，让斑继承自己的力量守护宇智波，不久之后便不治身亡，而斑也因此意外地开启了永恒的万花筒写轮眼。
建立木叶与世界和平
后来，宇智波一族不敌千手一族，千手柱间提出两大族群就此停手，共同建立隐村（又译“忍者村”）以换取和平的想法，但身负仇恨的斑却始终不肯停战。宇智波斑要求要么千手柱间自杀，要么杀死千手扉间，才能相信他们。
千手柱间毅然选择自杀，并告诫其弟要以维护和平为大任。斑被柱间感动，阻止了柱间。
两大族群终于签订了协议，一起创立「木叶隐村」，隶属于「火之国」。千手柱间因受到广泛的支持，担任了木叶隐村的初代火影。
这一联手形成的忍族联合体系受到了世人的高度评价，各国的忍者族群纷纷效仿这种一国一村的平等模式，组建各自的忍者组织，随之战争也逐渐平息，忍界一度恢复了和平。斑和柱间终于完成了曾经的梦想。
五国共治忍界
五大隐村
忍者和隐村（又译“忍者村”）是一个国家军事力量的象征。隐村是忍者聚集的地方，有忍术学院和类似部队编制的忍者，接受各种委托任务，类似雇佣兵的性质。
隐村在国家中有很高的地位，甚至和政府对等。而五个最有力量的隐村：木叶隐村、雾隐村、云隐村、砂隐村、岩隐村分属的国家被称为「忍者五大国」。他们的头领可以被称为「影」，是众多忍者中的最高等级。
涡之国公主漩涡水户嫁予千手柱间为妻。
为解决讨论尾兽分配问题，柱间邀请各国四影参与史上前所未有的「第一次五影大会」，期间由弟弟扉间担任柱间的护卫。柱间眼见和平有望因激动在会谈上姿态放得太低，甚至提出免费分配尾兽；但后来还是听从弟弟扉间以金钱换尾兽的提议，将九个尾兽平均分配给五大国。
因此，使五影缔结了忍界第一份和平协议，在这片土地上第一次实现了全面和平。
被篡改的六道仙人箴言
斑认为千手柱间死后，其弟千手扉间一定定会继承火影大位，宇智波一族迟早是兔死狗烹的下场。
有一天，宇智波斑在南贺神社密室里，用永恒万花筒写轮眼的瞳力解读出宇智波石碑上六道仙人留下的箴言，其内容令斑为之震惊：只有「无限月读」才是拯救宇智波一族的真正出路。
长久的战争，使宇智波族人对战争产生了厌恶，对力量产生了畏惧。因此，崇尚力量的斑没有得到木叶的人认同，甚至不被自己守护的宇智波族人信任和支持。
虽然千手柱间对宇智波斑百般挽留，决定让宇智波斑做二代火影，但斑坚持离开木叶独自修行，寻求出路。
土之国岩隐村曾派遣无（后成为二代土影）和大野木（后成为三代土影）前去与木叶商议同盟一事，但却遭到了斑的阻拦，无和大野木也被斑打伤。
某日，作为泷隐村中精英的角都，接受了高层派下来的任务，任务内容是暗杀初代火影。角都到了木叶后便跟初代火影战斗，没想到却败于初代火影千手柱间的木遁秘术之下，曾遭到丧命危机，但最终总算返回村子，回去之后等待他的却是任务失败的罪名和重罚。于是角都便怀着非常强烈的仇恨逃狱，并拿走了被村子视为珍宝的秘术，取走村子当中所有高层人士的心脏，那个禁术就是角都所用的地怨虞。
宿命之战
若干年后，斑突然回来企图摧毁自己曾经与柱间一起建立的村子，柱间为了保护村子挺身而出与斑展开激烈的对战。斑利用写轮眼操纵九尾与千手柱间决斗，而千手柱间则以仙人模式下的木遁忍术与之应战。
这场惊天动地的战斗后来被刻印在世人的记忆中，夜以继日的战斗改变了战场的地形。最后柱间终于将斑击败，并杀死曾经的朋友，暂时守护木叶的和平，这个大峡谷在后来都被世人称为终结之谷。
木叶为了纪念此次大战为二人建造了耸立在终结之谷两岸的雕像。
柱间得到了控制的力量。漩涡水户为了更好的帮助他，把九尾封印在自己的体内，成第一任九尾人柱力。
斑的阴谋
终结之战后，宇智波斑并不是世人所想的那样死去，而是存活了下来。他在死前将瞳术「伊邪那岐」封印入自己的右眼，由于万花筒写轮眼的特性，这一瞳术在经过了若干时间之后才自动启动，改写了斑被柱间所杀的现实，斑也因此死里逃生。
他在之前与柱间一战时咬下了柱间的一块肉，后来他将肉吐了出来，并移植于伤口处，从而顺利获得了柱间的细胞。
时间流逝，直到将死的时候才意外开启了轮回眼。目睹了宇智波一族的石碑记录的最后内容，于是一场针对整个世界的阴谋就这样拉开了帷幕。
在备战期，斑通灵出「外道魔像」和白绝。利用白绝收集情报。
第一次忍界大战
兄长柱间逝去不久，其弟扉间继而成为新任火影。为解决外忧内患，设立直属火影的「暗部」巩固领导核心的权威。因为宇智波一族逐渐显露出对于千手独霸木叶的不满，企图瓦解千手一族独霸木叶的局面。扉间为了避免祸起萧墙、同时又不能对宇智波赶尽杀绝，便成立「木叶警务部队」，主要职务均由宇智波族人担任（既是表达对宇智波的信任，同时也可以观测宇智波的一举一动）。自此之后，宇智波族在木叶的名望、权力达到顶峰。为了保障意志的传承，扉间还建立了「木叶隐学校」。扉间的以上做法也被其他各国各村争相效仿，对忍界产生了深远的影响。
在雷影与火影的结盟仪式上，有着六道忍具的力量和九尾查克拉的金角银角突然掀起政变，集结部队谋杀雷影和火影。扉间带领部下猿飞日斩、水户门炎、转寝小春、志村团藏、秋道取风、宇智波镜突出重围，金角银角乘胜追击，队员们商量需要让其中一个人担当诱饵来引诱敌军，以保证其他队友能够有时间顺利逃脱。扉间为选择正确的继承人而暗中考验着部下。团藏虽然抱持着想要自告奋勇担当诱饵的心念，但在关键时刻却因胆怯而没有说出。此时日斩挺身而出，提出让自己担当诱饵，但二代火影为了木叶隐村的未来而决定亲自担当诱饵，临行前对日斩的行为表示赞许，并授命日斩成为下一代的火影团藏肠子都悔青了。金银兄弟从此因弑杀雷影与火影的罪名而成为忍界的重罪犯。
时期相近，二代土影无与二代水影鬼灯幻月也在一场战争中同归于尽。无死后，其弟子大野木继承了土影的名号。
在二代风影时代开始，沙门致力于尾兽军事化的研究，他将自古封印在砂隐村寺院里的一尾封印到刚出生的分福身体里当做兵器使用。从那以后，因为人柱力的身份，分福就一直被监禁着，直到老去。作为守鹤的人柱力，他是第一个得到了守鹤认可的人类，告诉守鹤迟早会有人能打开他的心。
休战时期
水户门炎、转寝小春成为木叶的高层顾问，宇智波镜25岁时英年早逝，原因不明（后代为宇智波止水）。
猿飞日斩提出的方案大多纳入忍术学校的课程中，并努力扩建忍者学校及完善教育体制。
团藏以暗部培训部的名义成立属于自己的独立组织「根」，并以首领的身份在暗处活跃着。暗中进行着各种无法摆上台面的行动，以这种姿态支持着木叶的发展，身为鹰派代表人物的他一直有争夺火影之位的想法。曾将有才能的孤儿兜用为间谍派往各国，之后又认为兜知道太多秘密，而策划他与孤儿院的院长野乃宇自相残杀。
在山椒鱼半藏出生的村子，有一只剧毒的黑山椒鱼，山椒鱼死后，毒囊就被植入了幼年的半藏体内，因此半藏对毒也有了抗性。每当他呼吸时，周围的人就会吸入毒气，因此，周围的人都对幼年的半藏心存畏惧。为了不影响他人，半藏被迫戴上了面罩，并改用嘴呼吸。
武士之国·铁之国的大将三船为了掩护同伴撤离而与雨隐村的首领半藏交手，被半藏的锁链镰刀二段攻击击败，三船的刀被击破，头上也留下了伤痕。可是在与半藏交谈的过程中半藏却了解了三船的「信念」，半藏说：「人结束的时候并不是要死的时候，而是信念丧失殆尽的时候。」而三船正有这个信念，所以半藏认可了没有选择逃走而留下奋战的三船，并给了三船解毒药。之后三船开始卧薪尝胆，贯彻自己的信念修行。
三忍登场
- 自来也：自幼拜三代火影为师。冲动无谋，天资平平，所以有时三代对他也十分头痛。绑在木柱上对三代说自己会「透遁」，没有女人会发现自己在偷看，并邀请三代一起（三代同意了）但自来也另辟蹊径，在阴差阳错地穿越到妙木山后，自来也拜见了大蛤蟆仙人，从此开始在妙木山修行，通过自己坚持不懈的努力，自来也学会了一系列极强的忍术，其中包括仙术。
- 大蛇丸：自幼父母双亡，六岁毕业于忍者学校后，成为猿飞日斩班的成员。他被猿飞日斩评为「才华洋溢的少年，数十年才出现一个的天才」。因为看到了父母及同伴一个个的死亡，本身善良的大蛇丸感觉受到了生命的脆弱，感觉到人生的短暂，而大蛇丸本身热爱研究忍术，所以便开始研究不老不死之术以及复活亡者的术。
- 纲手：初代火影千手柱间的孙女。在老师猿飞日斩安排的生存测试中，跟大蛇丸一起取得了老师手中的两个铃铛。她有一个疼爱的弟弟绳树，绳树的志愿是当上火影。纲手为了鼓励他，特别在他生日之时，把家传的属于初代火影的项链送给绳树。
第二次忍界大战
战后约20年，国家间的经济差距加大，以加大公平的特权为由，各国的武斗派势力抬头。推行以武力来扩大领土，第二次忍界大战开始。雨隐村沦为五大国主战场，战乱不断。
自来也和大蛇丸、纲手共同执行任务，形成了深厚的友谊。
在日后去雨隐村之前自来也和纲手说尽了心中事，他临行前本欲向纲手表白死亡flag：「在我回来之后……」但是他还是把这话咽回了肚子里，并哈哈大笑，说自己是在开玩笑。
斑为了实现自己的计划，将轮回眼移植于拥有仙人之体的漩涡一族后裔年幼的长门身上，希望能有朝一日能以「轮回天生之术」将自己复活。
战争孤儿
在作为主战场的雨隐村，两名木叶忍者闯入长门家里。误以为长门的父母为敌方的忍者遂将其父母杀死。受惊的长门无意识地使用轮回眼将入侵者击毙。失去了双亲的长门从此过着流浪的日子，后来晕倒在路上被经过的小南救起，并把长门带到了一个基地里结识了弥彦，同为战争孤儿的三人决定相依为命。
一天三人走在路上险些被天上落下绑有引爆符的苦无击中，随后三人发现在不远处雨隐村的首领半藏正与三位年轻的木叶忍者（后来的木叶三忍）交战。虽然自来也、大蛇丸和纲手战败但仍坚持到最后，半藏非常赏识他们，称他们为「木叶三忍」。
回去之后，长门、弥彦和小南为了得到力量使自己变强，能改变这个常期战乱不断的国家，决定跟之前与半藏交战的三位木叶忍者学习忍术。于是三人一起开始踏上了寻找木叶三忍的旅途。
三人终于邂逅了木叶三忍，后来自来也决定留下照顾战后孤儿，权当作对这个饱受战火的国家的补偿，在某日发现长门拥有传说中的瞳术“轮回眼”后，决定教导三人忍术，并引导长门控制这股力量，在了解长门保护同伴的心愿后，自来也认为长门就是能为世界带来和平的救世主“预言之子”。三年后，自来也看到三个孩子可以独立了，把和平的重任托付给了长门就离开了他们。
其他事件
纲手的弟弟绳树误入陷阱被起爆符炸死，尸体被发现时内脏被掏空。
千代以卓越的医疗忍术、傀儡术、体术让其他国忍者震撼，但制的毒都被纲手破解。后来蝎的父母被木叶白牙旗木朔茂所杀，千代为了转移孙子蝎失去双亲的痛苦和悲伤，将傀儡术传授给了蝎。幼小的蝎曾做出和父母般傀儡来拥抱自己，而「父」与「母」的傀儡就是他所做的第一对傀儡，后来蝎成为了砂隐村赫赫有名的天才傀儡造型师，并在这个过程中逐渐意识到傀儡的极限，为今后制作人傀儡、改造身体埋下伏笔。
在某次上忍会议上，纲手建议在任务小队中编入医疗忍者，并提出建立医疗忍者的培养机制。这一提案虽然没有当场通过，却得到了加藤断的支持。她认识了自己的初恋加藤断。
上前线的前一天，断告诉纲手自己的愿望是成为在火影，纲手将祖传的项链送给断。不料战争中断身受重伤，即使是三忍之一的纲手也无力回天，最终身亡。纲手因此患上了恐血症，偏激地认为只有笨蛋才会想去当火影。他的侄女静音后来成为纲手的弟子。
在执行某个极密任务中，作为队长潜入敌方阵地的旗木朔茂，被迫做出进退两难的决定：执行任务还是救同伴。根据规定，严禁放弃任务，而他却为了救同伴的命而终止了任务，村里的同伴因村子遭受损失而怪罪于他，甚至连他救出的同伴都开始中伤他。旗木朔茂身心每况愈下，最终不得不自我了结。因为他的死亡令年幼的卡卡西变得严守规则，以任务优先。
玖辛奈不幸目睹了涡之国的灭亡，可以说玖辛奈也是一名战争孤儿，所以她很清楚失去国家与家庭的痛苦，并渴望和平、安定的生活。
三忍的选择
第二次忍界大战结束的若干年后[1]，纲手没有再留在木叶，而是带着断的侄女静音四处漂泊，也把一身的医疗忍术传授给静音。她不断以赌博打发时间，除非有不如意之事发生而使她胜出，否则她每次都会大输一场，被赌界视为「传说中的大肥羊」。
大蛇丸则留在木叶，并与团藏达成了合作关系，暗地里进行着各种禁忌实验。自来也则会时不时的外出游历，寻找传说中的“预言之子”。
初始的“晓”组织
六道佩恩
波风水门与玖辛奈
自来也在木叶培养了自己的学生波风水门。后来大蛇丸背叛并离开村落，自来也曾阻止而未成功；但他一直期盼大蛇丸能回头是岸，所以离开木叶隐村，进行了长年对大蛇丸的追踪。
自来也以自己的书作《亲热天堂》系列搜材作借口而四处偷窥。但他写书及年轻时四处游历的原因，是因为在妙木山修行时大蛤蟆仙人的预言，要他了解世界万象及成为智者。
在水户天命将至时，木叶方面发现玖辛奈拥有能压制尾兽的查克拉，所以被带到木叶成为第二任九尾人柱力。
玖辛奈明明不愿意，却又不得不接受这个残酷的现实。在玖辛奈最无助的时候，水户微笑地开导她，最终她们被带来此地，成为九尾的容器。因为人柱力的更替只有木叶的领导层知晓（三忍都不知道），所以玖辛奈在木叶没有遭到村民的集体歧视与排斥。
当玖辛奈初到忍者学校与同学们见面的时候，她遇到了水门。在她看来，他是一个既无法让人信赖，又很女性的人。当同学们问起玖辛奈将来的梦想时，她不想被人看扁，并想给同学们留下深刻印象，便吼出「我要成为第一位女火影！」宣言。而水门发言时，则希望村子所有人能够认同他，并成为一个伟大的火影。
于是男生们纷纷开始捉弄玖辛奈，本来玖辛奈自己也忍了，但男生们依然不依不饶，气得她有一次尾随这些男生然后把他们一个个都揍成了西红柿，得到「血红辣椒」的称号。
雷之国云隐村觊觎玖辛奈的查克拉，所以从忍者学校毕业后便将她绑架。她一路上趁押送的云忍不注意，不时偷偷拔下自己的头发扔在路上做标记。木叶方面立即派出了追兵寻找，但一无所获。在当临近国境线，她开始绝望的时候，只有水门一人发现了标记并顺着标记追来。
水门抱着玖辛奈，微笑地看着她，夸奖她的头发很漂亮。原来水门一开始就很喜欢玖辛奈的红头发，所以对其印象非常深刻，也正因为如此他才能顺利地找到玖辛奈。玖辛奈原本最讨厌的红头发最后成为了她命运中的因缘红线，带领她找到了自己的灵魂伴侣，并将二人牢牢地绑在了一起。从此玖辛奈开始喜欢上自己的红头发，更重要的是她爱上了水门。
某次木叶与岩隐村的交战中，自来也与水门所在的小队遭遇了岩隐村的两位人柱力——老紫和汉的袭击，面对强大的尾兽之力自来也不得不下令撤退，也给水门留下了深刻的印象。他以尾兽们使用的尾兽玉为灵感，开始与自来也一起开发能与之对抗的新忍术，也是为了让身为九尾人柱力的玖辛奈能够掌握这种术来利用自身的查克拉进行战斗。由于战争年代，人柱力不知何时可能就会被派上战场，所以水门希望自己的新忍术能够保护玖辛奈，后来玖辛奈为这个忍术起名为“螺旋丸”。
鬼人诞生
时间为第四次忍界大战22年前，雾隐村有个让其他村子感到恐怖的恶习，那就是忍者学校的毕业考试，内容是让所有考生互相残杀，考试结束活下来的人即可成为忍者（五代水影照美冥也经历过这个考试），但直到有一年，因为一个学生将参加考试的所有学生全部杀死了，这个制度才做出变更，那个人正是后来被称为雾隐“鬼人”的桃地再不斩。
第三次忍界大战
十多年前，忍者五大国的统治开始动摇。各国国境附近的小国与忍者村卷入的纷争持续不断。
人物事件
- 迈特·戴：迈特·凯的父亲，不会使用忍术和幻术，被称为万年下忍，但靠着不懈努力掌握了禁术“八门遁甲之阵”并授予迈特·凯。在一次任务中，年少的迈特·凯、不知火弦间、惠比寿被当时的忍刀七人众所包围，迈特·戴前来救援，开启死门壮烈牺牲。
- 艾与奇拉比：当时还未成为雷影的艾与八尾人柱力奇拉比组成的AB组合，在第三次忍界大战中曾与木叶上忍波风水门交战，在战斗中水门对奇拉比的实力大加赞赏，并且看穿了比所拥有的“珍贵之物”，以此对艾进行开导，但艾并没有理解水门所说之话的含义，战斗以双方平手结束。
- 三代雷影：在战争中为了让同伴脱身，以一己之力对抗岩隐村的万名忍者，奋战三天三夜，最终力竭而亡。
神无毗桥之战 少年们的战场
第三次忍界大战期间，就在各国的国境发生冲突的时候，岩隐村的大军突破草隐村，抵达火之国的国境附近，木叶村也派出精锐部队迎击，但还是遭到有人数优势的岩隐村猛攻。而为了阻挡岩隐村的攻势，木叶高层派遣波风水门所在的班级去破坏岩隐村重要的补给路线「神无毗桥」。
在波风水门领导的小队水门班中，宇智波带土、旗木卡卡西、野原琳是队员，带土暗恋着琳，而琳对卡卡西有仰慕之情。旗木卡卡西被誉为天才忍者，出身名门的带土却资质平平，因性格使然，冷静理智的卡卡西和热血冲动的带土经常斗嘴。但内心中，两人却有着割不断的羁绊与深厚的友情。
- 波风水门：精通时空间忍术的天才上忍，在忍界有着“黄色闪光”的称号，实力强大，在第三次忍界大战中岩隐村的上级曾如此告诫过部下们：“如果遇到木叶的黄色闪光就要赶快逃走”。
- 旗木卡卡西：年少有为的天才忍者，年纪轻轻就已经是上忍。人称“木叶白牙”的旗木朔茂的儿子，亲眼目睹为了其父含恨而终，而也是从此后，卡卡西变得冷漠，并且坚持认为，身为忍者要遵守规则，不能被感情所牵绊，有时候为了完成任务，同伴的牺牲也无法避免。
- 宇智波带土：被称为宇智波一族的吊车尾。总是戴着护目镜，平常喜欢帮助村里的老人所以经常会因此迟到，虽然比较胆小和鲁莽，但个性热血、开朗、善良、重感情，对同伴很重视。
- 野原琳：性格温和、细心、善良的女忍者，小队里的医疗忍者。出身普通，带土的暗恋对象，虽然如同龄的小女生一般仰慕着帅气优秀的卡卡西，同时也非常重视吊车尾的带土，也是团队里的润滑剂。
然而在初战卡卡西和带土就闹的相当不快，水门向众人强调团队合作的重要性。当晚带土找到水门谈心，并从水门那里了解到了关于卡卡西的父亲旗木朔茂的事情，他认为当年中断任务毅然决然拯救伙伴的旗木朔茂做了正确的选择，只有重视伙伴才是真正的忍者。
任务过程中水门由于要去支援其他战场而与卡卡西等人分开，之后琳被岩忍火光万恶之源和大石掳去，带土要求卡卡西一同放弃任务，先救伙伴。卡卡西毅然决定先执行任务，后解救琳，并且还说感情这种东西只是执行任务的绊脚石。而波风水门及时赶到了正面战场，协助陷入劣势的木叶方，以一己之力扭转了战局。
面对卡卡西的这种冷漠，带土非常气愤但又无可奈何，决定违背命令和卡卡西分道扬镳，临走前他对卡卡西说：「我认为木叶白牙才是真正的英雄！」、「违反忍者规定的人，我们称之为废物。可是，不懂得重视同伴的人，连废物都不如！」，带土的一席话使得卡卡西回想起自己的父亲，也顿悟了同伴的重要。
而带土在前往敌阵时一时疏忽发出了声响被敌方发现，大石前来向带土发起攻击，关键时刻卡卡西返回支援带土，并为救带土而伤到左眼，带土因此开启了写轮眼将大石击杀。随后两人联手击败了火光，在他们成功救回琳返回的过程中带土为了救卡卡西而被火光的土遁引起的洞穴坍塌的巨石砸中，受到濒死重伤，众人无力推开巨石。临终前带土让小琳用医疗术将自己的左边完好的写轮眼，连眼轴一起移植到卡卡西受伤的左眼处，作为送给卡卡西晋升上忍的“礼物”，并对卡卡西说：他希望自己能成为卡卡西的左眼，帮助他看清未来。
随后带土被坍塌的巨石掩埋，获得了写轮眼的卡卡西奋力与火光和赶来的岩忍交战，琳也从卡卡西口中得知了带土对自己的感情。后来波风水门赶来，救下了卡卡西和琳，但带土却下落不明。卡卡西每每迟到几个小时的理由也是因为去慰灵碑前看望带土
身处于地狱
而被压在石头下的带土并未死亡，因为带土正好处于宇智波斑挖的隧道附近，所以被斑用柱间细胞为他填补了被压毁的右半边身体。斑在救治带土的同时，在带土心脏内留下了符咒。接下来的一段时间，带土一直进行艰苦的康复训练，终于将新身体运用自如。虽然无法离开地下，但带土从来没有放弃回到木叶的愿望。
一日，带土从白绝处得知琳和卡卡西遭遇雾忍袭击，有生命危险，便决定前去救援，在一只漩涡脸白绝的帮助下终于得以离开，斑并未阻拦，并认为带土一定会回到这里来。抵达目的地时，带土却亲眼目睹了卡卡西用雷切了贯穿琳的胸膛。在震惊和悲伤之下，二人的写轮眼同时开启万花筒写轮眼，随后卡卡西昏迷过去。悲愤中的带土随即大开杀戒，并领悟木遁，将在场雾隐暗部屠杀殆尽。
但其实一切都是斑安排的。琳被斑在心脏上设下符咒而无法自我了断，又被做成用于袭击木叶的三尾人柱力，因此为了不让三尾回到木叶暴走而自己冲向卡卡西的雷切。斑的目的是让带土亲眼看见同伴互相残杀从而走向黑暗为其利用。
带土回到斑身边，认可了斑的思想。斑也将「月之眼计划」告知带土：利用十尾的查克拉对整个世界发动巨型幻术无限月读，控制全人类，创造一个没有战争、永远和平的理想社会，琳也会因此复活。
斑将阴阳遁、六道之术等传授给带土，还将自己的意志注入白绝形成「黑绝」来辅助带土但黑绝并非斑的意志产物，而是大筒木辉夜的意志产物，并让带土继承斑之名号，随即脱离外道魔像，衰竭而死，而带土也戴上了用作伪装的面具（后文部分内容以“面具男”代称），开始以“阿飞”和“宇智波斑”这两个虚假身份开始在忍界行动。
第三次忍界大战的战后影响
- 宇智波带土下落不明，被木叶方面认定为战死，其名字被雕刻在祭奠牺牲忍者的慰灵碑上。获得带土写轮眼的卡卡西则以“写轮眼卡卡西”之名威震忍界，屡建奇功。
- 宇智波一族现任族长宇智波富岳的长子——时年4岁的宇智波鼬在战场上见识到战争的惨烈，为今后的精神成长埋下伏笔。
- 三代雷影战死后，艾成为四代雷影，为了保护奇拉比而对其下达禁足令，不允许比离开村子。
- 波风水门在第三次忍界大战中为木叶立下显赫功劳，是其日后当选四代火影的契机。
迷失自我的孤儿
药师兜是一名父母、出身不明的战乱孤儿，被前“根”组织成员，在第三次忍界大战后，被就任木叶孤儿院院长的药师野乃宇收养。药师野乃宇为兜起了名字，并将自己的眼镜送给了兜，对于兜来说，药师野乃宇就像是自己的母亲一样重要的存在。之后学会了医疗忍术的兜在为木叶忍者疗伤时其才能被大蛇丸和团藏看中，团藏向药师野乃宇要挟，需要一名孩童来执行侦察岩隐忍者的长期任务，兜为了孤儿院，挺身而出被团藏纳入麾下，作为木叶的间谍长年游历各国伪装成他国忍者搜集情报。与此同时，团藏通过虚假的照片让通过照片确认兜的安危的野乃宇对兜的容貌认知产生了错误，而团藏也为了除掉掌握了大量情报和兜和野乃宇，若干年后告知野乃宇潜入岩隐杀死某个人就答应解放兜，那个目标正是真正的兜，兜在遭到攻击后反击重伤了野乃宇，发现偷袭自己的人是野乃宇后赶紧为她治疗，但野乃宇却认不出兜了，最后因伤重而亡。在大蛇丸告知了兜一切真相后，兜对于自己是谁这点再次陷入迷茫，为了了解自己究竟是谁，兜加入了大蛇丸麾下，成为了大蛇丸的心腹，继续以间谍的身份游走忍界收集情报。
幸存的实验体
为了有控制住九尾的手段，木叶方面曾经开展过对于柱间细胞的研究，而参与的移植者却均无法承受柱间细胞而死，猿飞日斩不得不中止这项实验。而团藏和大蛇丸却暗中继续着实验，从火之国抓来许多幼儿作为实验体，但其中有一名孤儿幸存了下来并掌握了木遁之力，年少的他心中被黑暗笼罩，成为了团藏所建立的“根”组织的一员，代号为“甲”，在遇到卡卡西后他逐渐摆脱了心中的黑暗，脱离了“根”，第三代火影为他赋予了“大和”这个名字。[2]
三代风影之死
赤砂之蝎为了制作最强的人傀儡而暗杀了被誉为历代风影里最强的三代风影，成为叛忍，砂隐村内部无人知晓三代风影的行踪。
晓组织
长大后的弥彦、小南和长门三人以弥彦为首创立了组织「晓」，立志不靠极端武力来创造世界和平。之后有许多人加入了这个组织，组织逐渐壮大并声名鹊起。面具男以“宇智波斑”的身份现身，试图劝服并拉拢长门，被长门拒绝。
雨隐村的首领半藏受到志村团藏的蛊惑，害怕「晓」的扩大会威胁到自己的统治地位。因此，半藏以「和平提案」骗「晓」进入他们圈套。
半藏以事先擒获的小南的性命作要挟让长门杀了弥彦，弥彦为了救小南让长门杀了自己。在不知如何抉择之时，弥彦主动撞到了长门的苦无上，倒在了长门身旁。就当半藏要将他们全部歼灭的时候，长门挡住了半藏的手下的所有攻击，然后救下小南，双腿中了半藏的火遁。眼见遭受欺骗，挚友又死于眼前，在极度愤怒之下使用轮回眼召唤出外道魔像，震惊了全场所有人。木叶的暗部和半藏的手下都被外道魔像抽取灵魂，半藏、团藏发现他居然拥有传说中的轮回眼后落荒而逃。
弥彦死后，失去了重要之人的长门认为自己之前找到的“和平”的答案根本不值一提，他决定采取更加极端的做法，与面具男达成合作关系，计划收集尾兽制造尾兽兵器，以力量达成“和平”，成为了晓的明面首领，并使用轮回眼制出了尸体傀儡佩恩六道，弥彦的遗体被长门制作成为佩恩六道之中的「天道」佩恩，用来统率晓组织。在佩恩房内还有五具「晓」成员的身躯。自此晓组织变成了叛忍组织。
多年后，半藏被长门操纵下的佩恩六道所杀，从此长门支配了雨隐村。
晓组织的目的定为，收集9只尾兽，制造尾兽兵器。
- 第一步：聚集大量金钱，为日后做准备。
- 第二步：建立一个不属于任何国家的雇佣兵组织，挑起一些小战争，先以低廉的价格垄断小国的战争委托，加大战争规模，接着打破大国忍者体系（摧毁经济），垄断所有战争。
- 第三步：征服世界。
日斩将火影的座位交给其徒孙四代火影（此为大蛇丸叛逃木叶的原因之一）。之后的某日，大蛇丸因研究禁术，抓走村里的忍者和平民进行人体实验的事情败露而叛逃木叶，自来也曾想追回大蛇丸，但却没能如愿。后来大蛇丸加入了晓组织。
九尾之乱
九尾人柱力漩涡玖辛奈即将进入分娩期，木叶高层相当重视。因为女性人柱力在怀孕期间，封印抑制尾兽的能量都去用来孕育胎儿，会导致封印成比例地减弱，之前水户分娩的时候封印就差点解开。日斩提议将产房设置在村外，并由严密的结界和众多直属火影管辖的暗部高手保护。
面具男瞄准这个封印减弱的机会潜入木叶。
日斩之妻猿飞琵琶湖与另一位暗部女忍田路担任接生婆，同时水门也会在旁边陪同保护玖辛奈并保住封印不被解开。一切准备就绪后，玖辛奈与琵琶湖开始前往村外，途中遇到好友宇智波美琴，与其聊天，得知美琴怀中所抱的婴儿正是已出生两个多月的宇智波佐助。玖辛奈希望将来鸣人能和佐助成为好朋友。
在产房中，九尾数次想要冲破封印，但都没成功。最后玖辛奈有惊无险地生下了一个健康的男婴——漩涡鸣人，水门为此高兴地流下了眼泪。
在产房外，众多暗部忍者却被面具男悄无声息地秒杀。随后面具男用时空间忍术穿透岩壁进入产房，瞬间杀害了两位接生婆后夺走了鸣人，用卑鄙的手段强迫水门带着救下来的鸣人用飞雷神之术离开了玖辛奈的身边，而玖辛奈的封印尚未修复完成。面具男再度用时空间忍术将玖辛奈带到室外某地，告诉玖辛奈此事他早就蓄谋已久，要用九尾来毁灭木叶。打开封印，将九尾通灵到木叶，以瞳力操纵，对木叶实施毁灭性打击，包括海野伊鲁卡的双亲在内的众多忍者均在这场灾难中牺牲。
尾兽被抽出，但玖辛奈因为得益于漩涡一族的强大生命力而并未立即死亡，这令面具男都感到惊讶。水门将极度虚弱的玖辛奈救下，带回家安顿好，玖辛奈抱着睡着的鸣人哭泣，水门换好衣服便急赴木叶。
日斩组织人马奋起抵抗，赶赴到现场的水门用时空间结界术转移走了九尾的尾兽玉。在暂时化解了村子的危机后，水门与面具男进行了对决，水门使用飞雷神二段与螺旋丸击伤面具男，并在此战留对面具男的身体留下了永远不会消失的飞雷神印记，解除了面具男对九尾的控制，面具男留下忠告并离开村子。
父母双亡
玖辛奈用查克拉锁链勉强将九尾捆住并制造出结界，但却因身体已经达到了极限而吐血。水门心中无比愧疚，怪责自己受到玖辛奈那么多的帮助，但他到最后却没能够很好地保护母子俩。而玖辛奈并不埋怨，更没有悲伤，而是表示很开心很幸福，不仅理解和鼓励水门，还对水门说出了让他感动得再度流泪的爱的告白，并表示她唯一的遗憾，就是无法看到长大后的鸣人了。
最终水门做出了自己的选择：为了夫妇二人可以在鸣人长大之后与其见上一面，为了能让爱人不留遗憾，为了能让鸣人拥有彻底打败面具男的力量，同时也为了木叶、火之国，乃至忍界的和平与安定，毅然决定牺牲自己的生命，由自己来封印九尾，并将九尾的一半查克拉以及自己和玖辛奈最后的查克拉一并封印在鸣人身上，让夫妻俩都能够在鸣人体内陪伴着鸣人成长，并设定封印程序使他们能在最关键最危急的两个关头给予鸣人最大的帮助。
玖辛奈强烈反对水门的做法，认为其不应该就这样牺牲自己并且还让鸣人从小就背负如此沉重的负担，而是应当活下去抚养和教导鸣人成长。水门则坚持己见，阐述自己的想法，并说隐村灭亡的孩子不会幸福，玖辛奈自己就能够了解，最后终于说服了玖辛奈。之后水门先用尸鬼封尽封印了九尾的阴性查克拉，然后开始用八卦封印准备封印九尾的阳性查克拉。九尾发觉了水门的企图，趁玖辛奈虚弱之际要杀死鸣人，但被水门与玖辛奈夫妇拼死挡下。
最后，九尾被封印，水门和玖辛奈双双牺牲。
猿飞日斩因火影之位悬空（有担任火影实力的自来也和纲手皆长年在村外游历，无意担任火影）而复位。日斩个性慈祥、宽厚、重视村民的性命，故不认同团藏和顾问一贯对待宇智波一族的监视和高压政策，但为团藏和木叶高层顾问所不认同。
宇智波政变
宇智波的天才
- 宇智波鼬：木叶九尾之乱中，一个人在家保护还是婴儿的弟弟佐助。在第三次忍界大战中，睹了太多的死亡，所以他厌恶战乱，热爱和平。7岁毕业，8岁开写轮眼，10岁升中忍，11岁加入暗部，13岁成为暗部分队长。过于优秀的他在家族和村子都受到重用，在宇智波政变事件中作为木叶和宇智波的双重间谍而往来于两者之间。
- 宇智波止水：外号「瞬身止水」，当时宇智波一族的最强忍者，与鼬是亲如兄弟、师徒的挚友关系。拥有最强幻术「别天神」，能够永久改变人的思想洗脑。其能力巨大，每次使用都需要十几年的冷却时间，除非有千手柱间的查克拉才能在短时间内再次使用此术。
- 宇智波佐助：在哥哥宇智波鼬的天才光环下长大，所以父亲富岳更关心鼬，而有些忽视佐助。佐助则以鼬为榜样，在忍者学校取得第一名，在生活中喜欢与鼬一起修炼和玩乐，但一方面也对优秀的哥哥感到嫉妒。
- 宇智波富岳：宇智波一族的族长，鼬与佐助的父亲，在一族中有着很高的名望，非常器重大儿子鼬，对小儿子佐助则稍欠关心。宇智波政变的主谋，他让鼬作为间谍潜入村子中枢。
鼬是宇智波一族与宇智波止水齐名的少年天才，两人也是挚友。
「九尾之乱」后，由于宇智波一族的血继限界“写轮眼”具备可以驯服并控制九尾的瞳力，木叶高层怀疑宇智波族人是这次的幕后使者，所以志村团藏建议对宇智波地区进行24小时监控。
宇智波一族虽被木叶委以重任，但全族却越来越远离权力中心。本就对因为二代火影以建立木叶警务部队为由，将宇智波一族隔离的木叶基本政策而不满的宇智波族人终于爆发。作为族长的宇智波富岳计划政变，篡夺火影之位，并让升为暗部的鼬成为间谍窃取木叶的情报，但鼬同时也向木叶方透露宇智波一族的动向，成为了双面间谍往来于两方。
在危机爆发前宇智波止水面见三代火影，打算在宇智波一族的集会上观察宇智波富岳的态度，如果政变无法阻止，就使用最强幻术-别天神改变他的想法从而阻止叛乱。但是志村团藏并不相信他，同时也是早就觊觎他的万花筒写轮眼，所以偷袭夺取了止水的右眼。
在失去右眼之后止水为了不让左眼再落入其手、维护宇智波之名，将左眼送给鼬，并嘱咐鼬要为了和平使用它、全力阻止宇智波政变，并且让鼬对他的事情保密，最终投南贺河自尽。宇智波鼬亲眼目睹止水自杀，并因痛苦开启万花筒写轮眼，宇智波鼬使用万花筒写轮眼阅读了神社内六道仙人留下的只有万花筒写轮眼才能阅读的文字。
止水自杀使得宇智波族人元气大伤，士气低落，但是族人仍然决意叛变。因为止水自杀的那天，宇智波鼬没有参加宇智波的集会，没有不在场证明，所以宇智波族人怀疑是宇智波鼬杀死了止水。
灭族之夜
宇智波富岳命令暗部分队长宇智波鼬深入木叶高层，打探机密。鼬不忍村内忍者互相残杀，担心因此引发战争，将宇智波政变计划透露给木叶高层。三代火影猿飞日斩希望通过谈判和宇智波达成和解，而志村团藏却准备一举歼灭宇智波一族，团藏以佐助的性命相要挟，让鼬做出选择。
为了保护村子防止其他国家因政变引发的内乱乘虚而入，也是为了止水的意愿和弟弟的性命，鼬利用自己搜集的情报得知了面具男的下落，与其达成交易，决定配合面具男[3]在夜晚歼灭全族。
鼬在来到父母的房间后，含泪与父母道别。父母将佐助托付给了鼬。
鼬对佐助说：「你不值得我杀。唤醒万花筒写轮眼就是杀死最亲近的人，有朝一日你拥有了同样的眼睛，再来找我。」，告诉佐助提升力量的途径并让佐助立下向自己复仇的目标。
佐助看到父母被鼬杀害，受到巨大刺激，开启单勾玉写轮眼，而后昏迷。
最终，鼬成为了灭杀家族的罪人，背负了所有罪孽和仇恨，维护了宇智波的名声，并留下了佐助的性命。
鼬逃离木叶后根据面具男的建议加入了他的组织「晓」。鼬以间谍身份加入晓组织，以叛忍的身份搜集对木叶不利的组织情报，并牵制晓的行动，临走前托付猿飞日斩保护佐助的安全同时隐瞒真相，并警告团藏如果敢对佐助下手，就把村子的所有情报泄露给非同盟国。
在灭族过程中，志村团藏和面具男分别收集了大量写轮眼。团藏与大蛇丸暗中勾结，团藏因为大蛇丸的研究获得了移植有柱间细胞和大量写轮眼的手臂。
同期毕业生
被封印九尾妖狐的孩子
尽管水门和玖辛奈临终前留下遗言，希望木叶隐村的村民把鸣人视为村子的英雄，但除了猿飞日斩和少部分了解内情的村民外，鸣人的身世并未对外公布，就连鸣人本人也不知道。村子里的大部分九尾之乱的亲历者都将鸣人视为九尾的化身，纷纷对他冷眼相待。
木叶有一个规定：绝对不在漩涡鸣人面前，提他是九尾妖狐。
白与再不斩
白出生在水之国中总是下雪的小村庄里，村里的人们都因战乱害怕并仇恨血继限界。白的母亲就拥有冰遁的血继限界，并把这个秘密隐藏了很久。白的父亲发现了这个秘密，带领一队村民，先杀死白的母亲，正要对白下毒手时，惊恐中的白使用了血继限界，用冰锥杀死了在场的所有人。一夜之间变成孤儿的白，在水之国的大街小巷乞讨，最后遇上了再不斩。再不斩收留了白，并教会了白所有的战斗技巧，而白也将再不斩视为重要的人，有着能为他牺牲生命的觉悟。
辉夜一族的覆灭
水之国的辉夜一族是天生好战的一族，拥有血继限界“尸骨脉”。君麻吕身为一族中天赋异禀的战斗天才却遭到囚禁，被当作兵器使用。在某次辉夜一族全员进攻雾隐村的行动中辉夜一族被灭族，而因病在身没有出战的君麻吕是辉夜一族唯一的幸存者[4]。大蛇丸将君麻吕收为部下并加以培养，希望他能成为自己转生的容器，而十分崇拜大蛇丸的君麻吕也心甘情愿成为大蛇丸的容器。与大蛇丸的实验体、咒印的源头——重吾是挚友，君麻吕在世时只有君麻吕能够在不伤人的情况下阻止重吾的暴走。
人形兵器我爱罗
砂隐村经费短缺，为了有能保护村庄的强大武器，千代协助四代风影将一尾守鹤封印在我爱罗体内，牺牲我爱罗的母亲。由他的舅父夜叉丸养大。
因为我爱罗具备守鹤的可怕力量，所以村子的人憎恨和惧怕他。夜叉丸是唯一关照他的人，也只有夜叉丸了解我爱罗的心里其实并不想伤害任何人。
罗砂为了观察我爱罗能不能抑制自己的情感控制守鹤，派夜叉丸刺杀我爱罗，如果不从就亲自动手抹杀我爱罗。
夜叉丸骗我爱罗说夜叉丸从来没有爱过你，这样做只是希望能替姐姐报仇，最后夜叉丸用起爆符自爆身亡。
当我爱罗发现来杀他的竟然是夜叉丸时感到异常震惊悲伤，使守鹤失去控制，但被罗砂用砂金压制。罗砂认为我爱罗是个失败品，所以不断派杀手暗杀我爱罗，使我爱罗变得更加孤独、嗜血、厌世。
因为夜叉丸的谎言和父亲企图置他于死地的想法，我爱罗逐渐地转变成一个没有感情的人，发誓只为自己而活，从杀人中寻找乐趣，并用沙子在额头上刻了爱字。
日向家的天才
木叶名门日向一族了保护“白眼”这一血继不被外人夺取，发明了宗家与分家的制度，日向一族的后代子孙将家族分为宗家与分家。分家则作为保护宗家的一方，宗家则是真正继承血统的一方，年幼的日向宁次由于是分家，被刻上了笼中鸟的咒印，这种咒印会导致白眼能力受到限制，只有死后才能解除，且白眼的能力会被笼中鸟封印。分家也无法学习宗家的秘术，一旦对宗家有敌意就会因为咒印而受到足以破坏脑神经的痛苦，宁次曾经看到父亲日差因为笼中鸟发作而痛苦不已，这使得宁次对宗家怀有很大的怨恨。
某次想要了解白眼秘密的某雷之国头目拐走了日向雏田，身为族长的日向日足杀死了该忍者，但却遭到雷之国的否认，而且还拿忍者头目被杀为借口提出了无理的要求-要求见到日向一族头领的尸首，否则扬言对木叶隐村及日向一族发动攻击。日向日差为了拯救日向家族及木叶隐村的人民，甘愿代哥哥（日向日足）去死。不知父亲意图的宁次进一步加深对宗家的怨恨。
鸣人与佐助的羁绊
在宇智波灭族后，佐助也陷入孤身一人的境遇，遇到了同样孤身一人的鸣人，尽管表面上两人合不来，却也因为相同的处境开始默默关注起了彼此。
雏田与鸣人的邂逅
日向雏田是世家日向家族宗家的长女，因为实力不如比她小五岁的日向花火，所以父亲对她非常失望。雏田某日伤心跑出家里，并被三个男孩欺负。这时漩涡鸣人出现救她，但却被三人揍打。随后雏田的家族的人带走雏田并希望她离鸣人远点，但雏田却开始关注、并喜欢上了鸣人。
晓组织相关
面具男还用写轮眼控制了四代水影同时也是完美人柱力的矢仓，使雾隐村变得天昏地暗，导致原本专门为历代水影执行高难度任务的忍刀七人众也因不满村子的暴政而纷纷逃走，“血雾之村”的封闭式暴政导致了雾隐出现了许多叛忍，这其中就有雾隐村的暗杀术高手——“鬼人”桃地再不斩。
干柿鬼鲛杀死了通敌的前大刀鲛肌主人西瓜山河豚鬼，并遇到了用写轮眼幕后操纵四代水影矢仓的面具男，面具自称“宇智波斑”，向鬼鲛提出了“月之眼计划”，鬼鲛认同了“斑”的理想。后来鬼鲛因被怀疑杀害大名、进行国家破坏工作而被水之国通缉成为叛忍，并加入了晓，与宇智波鼬搭档。
后来矢仓的可疑举止被雾隐高层所注意，雾隐上忍青为矢仓解除了幻术，若干年后矢仓去世，雾隐村没有挑选下一位人柱力，三尾处于野生状态。
赤砂之蝎加入晓组织。大蛇丸在叛逃木叶后的某个时间段派遣药师兜作为卧底去调查晓组织，兜则成为蝎的部下，兜假装自己中了蝎的忍术的控制，表面上帮助蝎收集大蛇丸的情报，实际上是刺探晓组织的情报，大蛇丸也在这期间加入了晓组织。
某日[5]，当时还是晓组织成员的大蛇丸由于觊觎鼬的写轮眼而对鼬出手，但却反而被鼬使用幻术轻易制服，被鼬斩断了一只手臂，自知不敌的大蛇丸设法逃脱[6]，后因此脱离了组织，遭到晓组织的追杀。
晓组织首领长门看中了岩隐村忍者迪达拉的能力，派遣鼬、鬼鲛和蝎三人前往土之国的一处寺庙找到了隶属岩隐爆破部队的迪达拉，准备拉拢为蝎的搭档。鼬与迪达拉交战并轻易取胜，迪达拉答应加入晓，但同时也对于态度高傲的鼬以及写轮眼的能力感到无法认同，一直处心积虑想要打倒鼬。
第七班结成
伊鲁卡的认同
木叶的大部分村民都把漩涡鸣人当作九尾狐的化身，对他冷眼相待。孤单的鸣人为了引起人们的注意，不断在村里搞恶作剧，例如：涂鸦火影石像木叶内的大佬无视他这种行为。鸣人的老师伊鲁卡把他抓到课堂上复习准备毕业考。
在变身的考核上，【万年吊车尾】鸣人使用自创的「色诱之术」变出个裸女，伊鲁卡流着鼻血评价道：「不要创造出这么无聊的忍术！」多次触发剧情杀的忍术
下午，伊鲁卡监督鸣人擦完早上的涂鸦后，看鸣人没有家人很孤单，所以请他去吃拉面。鸣人在一乐拉面馆跟伊鲁卡说：「我不仅会成为火影，还会超越以往历代火影，让村民认同我的实力！」
隔天鸣人毕业考的题目是他最不擅长的「分身术」，所以不及格。中忍水木老师趁鸣人伤心之际，骗他去偷封印之书称偷到就能毕业。书中全是【初代火影】千手柱间认为危险程度过高，不允许普通忍者学习的禁忌之术。
鸣人和伊鲁卡被水木偷袭，水木嘴炮了鸣人，鸣人精神面临崩溃。伊鲁卡用身体挡住手里剑，跟鸣人说了自己的过去和向鸣人致歉并表示理解。在伊鲁卡将死之际，鸣人偷袭了水木，并使用刚学的「多重影分身之术」揍晕水木。鸣人得到伊鲁卡老师的认同而顺利毕业。
木叶丸与刚毕业的漩涡鸣人相遇，并请求鸣人教他能够打倒他爷爷猿飞日斩的「色诱之术」。在木叶丸的家庭教师惠比寿面前使用「后宫之术」，秒杀惠比寿。随后木叶丸便以打倒鸣人为目标。
鸣人他们从忍者学校毕业以后，伊鲁卡成为了木叶丸、乌冬、萌黄等人的老师，教导他们在忍者学校学习。
分班
在教室内，鸣人很不爽春野樱眼里只有佐助，所以站在桌子上面对面盯着佐助；然后鸣人被前面的人不小心撞到，鸣人和佐助就接吻了。伊鲁卡以「三人、均衡」原则分配小组，因为佐助成绩最高，鸣人成绩最差，所以「鸣人、佐助、春野樱」组成「第七班」，指导老师是旗木卡卡西。
卡卡西给「第七班」的考验是：能否无视规则而帮助同伴因为他们再怎么合作也抢不了铃铛的。期间出现经典奥义体术「千年杀」。
因为漩涡鸣人偷吃，所以卡卡西不准给他们吃饭，要是其他人打破规则了，就判他们所有人不合格。
但佐助和春野樱还是打破卡卡西的规则，喂鸣人吃饭，卡卡西最终判定他们合格，使得他们学习到了团队合作的重要性。
波之国任务
「第七班」收到「保护造桥专家达兹纳回到波之国」的C级任务，（但实际上，达兹纳由于无法支付B级任务的报酬，故而隐瞒了实情。由于有忍者介入，实际任务等级达到了B级（中忍级别）以上[7]）。在任务途中，他们遭到波之国的黑帮商人卡多雇佣的雾隐村叛忍鬼兄弟以及桃地再不斩的攻击。
当卡卡西被再不斩以水牢术所困时，鸣人灵机一动与佐助配合，用「风魔手里剑·影风车」将伪装成手里剑的鸣人掷出，鸣人在手里剑绕背后解除变身对再不斩投掷苦无，解开了再不斩对卡卡西的束缚，后来卡卡西打败了再不斩，但是被一名疑似雾隐暗部的少年使用千本“射杀”并将其“尸体”带走。
卡卡西击败再不斩后，便指导鸣人、佐助和小樱如何控制查克拉。鸣人和佐助互相竞争，最后均能达到树顶。卡卡西虽击败再不斩，但也因为写轮眼的副作用而倒下休养了一段时间。
鸣人等人寄宿在波之国伊那里一家中,同时他亦认识了一名神秘少年「白」，白告诉了鸣人，如果人为了守护自己重要的事物，就会变得很强，鸣人将这句话记在了心上。而实际上白便是之前带走再不斩的人，他攻击了能够使人假死的穴位骗过了卡卡西。
不久，诈死的桃地再不斩再度出现，向第七班复仇。而白同时出现，拥有血继限界的他跟佐助交手。白使出秘术「魔镜冰晶」，把佐助困在其中。此时，鸣人打败卡多派来绑架伊那利一家的两名手下后，匆忙赶到却鲁莽地冲进了白的陷阱。
佐助在一边保护鸣人一边战斗的同时，使用了写轮眼，白为了击败佐助，攻击鸣人以迫使佐助露出破绽。佐助明知是计，却用自己的身体掩护了鸣人，身受重伤倒下。鸣人误认为佐助被杀（实际上是白攻击了会致使人假死的部位），愤怒之下使出了九尾的力量，击败了白。白的面具脱落，鸣人才知道他原来是先前所认识的那位少年，白因为失败认为自己对再不斩失去了价值，请求鸣人杀死自己，而鸣人也为了替“死去”的佐助报仇，决定动手。
而此时再不斩被卡卡西使用追牙术捕获，白感到再不斩处于危险中，阻止了鸣人攻击后向鸣人致歉并离去。卡卡西准备以雷切终结再不斩时却被瞬身而来的白以肉身挡下，随后死亡，再不斩看似无情的继续向卡卡西发起攻击，但却产生了很大的动摇，被卡卡西轻易废掉双手的行动力。当鸣人得知白的死讯后，向看似冷漠的再不斩讲述了白对他的忠诚和情谊，让再不斩这个铁血之人落泪不已。
再不斩因为白的死亡而动摇，加上卡多的背叛，中止了与第七班的战斗，并反过来杀死了卡多，在卡多雇佣的手下准备暴乱时，鸣人和卡卡西一起使出影分身之术加上赶来的波之国人民吓退了那些人，但再不斩自己也因为被卡多的手下攻击身受重伤时日无多，再不斩临终时托付卡卡西将自己与白葬在一起，而卡卡西也确实遵从了再不斩的遗愿，将两人葬在一起。
达兹纳先生为感谢鸣人相助，把新筑的桥梁命名为「鸣人大桥」。
木叶摧毁之战
中忍考试
因大蛇丸的进攻，这届中忍考试无效。
「第七班」完成任务回到村子，卡卡西推荐他们参加即将举办的中忍考试。
在中忍考试的推荐会上，伊鲁卡强烈反对他们推荐自己曾经的学生参加中忍考试，认为孩子们还小，需要更多的经验才行，但是卡卡西却驳回了伊鲁卡的请求。三代火影考虑到伊鲁卡所提到的原因，特地为这一届的新人下忍准备了一场中忍考试前的预备考试。
中忍考试之前，李洛克要挑战身为天才的佐助，尽管佐助展现了二勾玉写轮眼却仍不及小李的体术，以佐助战败和迈特·凯的终止挑战结束，但佐助也第一次使用了写轮眼的拷贝能力复制了小李的体术。
进入考试教室，他们遇上了药师兜，兜声称已经接受了很多次的中忍考试，可惜一直都未能通过，但他扬言自己收集了大量的考生资料。看了兜的资料后，鸣人他们都明白到，来考试的下忍们都是拥有极强实力的人，他们都是背负着各村子声誉的精英份子。
笔试
主考官是暗部所属审讯部长，森乃伊比喜。考试内容是9道非常难的比赛题以及“考试的最后15分钟才会公布的第十题”，以拙劣的方式作弊5次被抓到就会出局（连同队友一起出局）。
佐助发现自己一题也不会，但很快意识到考试的重点在于考验如何在不被发现的情况下抄袭，即忍者的观察能力（找到有答案的人）以及在无人发现的情况下快速的获取情报信息的能力（抄袭答案），而不是靠自己答题。然而最后考验的是大家有没有“为完成任务而义无反顾、绝不放弃的心理”
- 有两个知道答案的中忍（还有药师兜）在写正确答案，作用就是为大家提供可以抄袭的对象；
- 日向雏田和春野樱自己做的学霸；
- 佐助用写轮眼拷贝一名考生的动作写出一致的内容；
- 犬冢牙用小狗赤丸偷看别人的卷子；
- 我爱罗用沙子凝聚的眼球直接看别人的卷子；
- 油女志乃用小虫子偷看别人的卷子；
- 勘九郎用傀儡模拟考官带他去厕所慢慢抄，回来的时候给了手鞠一份答案实际上伊比喜知道那个“考官”是傀儡，只是装作没发现，等勘九郎从厕所回来时还调侃了一下；
- 山中井野使用心转身之术进入春野樱的身体看答案，打算用同样的方法给奈良鹿丸和秋道丁次写答案枪手代写？；
- 日向宁次用白眼透过身体看别人的卷子；
- 音忍通过听他人写字的声音判断别人写的什么；
- 天天用笔杆操控天花板上的镜子从反射别人的卷子并同时给小李看。
最后一题，伊比喜以答错终身无法参加中忍考试和放弃这两种选择来考验考生的心理，就在春野樱为了鸣人的梦想即将选择放弃时，鸣人举手并表示决不放弃！因此，没走的都过关了。
伊比喜收卷的时候，看到鸣人交的是白卷，认为鸣人相当有意思。
死亡森林
主考官是御手洗红豆。在死亡森林内，考生争夺用来晋级的「天之卷轴」和「地之卷轴」。有13个天卷轴和有13个地卷轴，被随机分给26组，每个组拿到一对天地卷轴在5天之内通过死亡森林到达目的地则通过。
考试开始后第七班暂时分开行动，草隐村的下忍香燐在考试中遭到巨熊袭击，被佐助所救，发现香燐所持有的卷轴和自己相同后与香燐道别，这是香燐与佐助的初次见面。
会和后的佐助和小樱途中遇上伪装成草忍考生、已叛离木叶的大蛇丸。在大蛇丸的恐怖实力之下，佐助内心非常恐惧，浑身发抖以至于基本没有还手之力。
监考官神月出云和钢子铁在死亡森林外部发现一群被杀死的草忍，他们的面孔被禁术完全融化，红豆当即判断这是自己过去的老师大蛇丸的术，于是立即吩咐神月出云和钢子铁通知暗部，自己只身前往死亡森林。
就在佐助为了保住性命，要将卷轴交给大蛇丸的时候，鸣人出现和大蛇丸战斗，在鸣人遭遇危险时，九尾的力量突然外泄，此时佐助惊奇地发现鸣人身手敏捷，完全不是吊车尾的形象，惊慌失措的自己甚至在危机关头被鸣人救下，后来在小樱的话语下激发了佐助的斗志。鸣人中了大蛇丸的五行封印，九尾力量被封印起来并昏过去，而佐助开始使尽浑身解数与大蛇丸奋起反抗。
就在佐助以为已经打败大蛇丸的时候，但这一举动却正中大蛇丸的目的。出于对佐助天赋的欣赏，大蛇丸在佐助的脖子上留下天之咒印。佐助痛极昏过去。大蛇丸离开前告诉小樱，佐助迟早会来找他获取力量。
红豆在抓住大蛇丸之后斩钉截铁的将自己的左手和大蛇丸的右手用苦无固定，用自己的右手和大蛇丸的左手结了双蛇相杀的印，却发现抓住的是大蛇丸的分身，差点自杀。
期间我爱罗小队遭遇了雨隐村的小队，不敢轻举妄动的犬冢牙、日向雏田和油女志乃躲藏起来观察局势，见识到了我爱罗那强的可怕的实力，并险些被杀红眼的我爱罗杀死，在勘九郎和手鞠劝阻后我爱罗才罢手。
发现大蛇丸潜入村子后木叶方面开始警惕，在回到第二场考试考场的监控室里，红豆和其他忍者发现了一个非常奇怪的现象，那就是连中忍都无法做到毫发无损的死亡森林，有一组人竟然97分钟的最快纪录通过考试，且领头的人毫发无伤，身上连灰尘都没有，这便是我爱罗、手鞠、勘九郎的小队，随后达到的是犬冢牙小队。
大蛇丸为了激发佐助的能力，派遣了萨克·镫、托斯·砧和金·土三人，定下杀死佐助的命令，由于鸣人、佐助陷入昏迷，春野樱的要只身一人要保护鸣人和佐助，危机关头小李出现，帮小樱对抗三人，但在使用表莲华后被对方利用波动松软土质减少了伤害，小李则因莲华的副作用和对手的音波招式陷入苦战而被打倒，小樱又开始独自应战，但被打的遍体鳞伤，见到此情的猪鹿蝶三人组前来援助，分别展现了各自所掌握的秘术暂时限制住了对手，但仍旧不敌，萨克甚至心狠手辣的对和井野替换了意识的金发起了攻击，就在这时宁次和天天又赶来，本准备插手收拾三人，但宁次看到了觉醒咒印力量的佐助，认为自己不必出手。
咒印化的佐助轻松击败了萨克，并致使其双手脱臼，咒印解除后，托斯为了活命而投降，将自己的卷轴交给了佐助，并带着受伤的同伴撤离。
之后鸣人等人与落单的药师兜结成队伍行动了一段时间，并击败了来袭的雨忍众人，成功通过考试。
中忍考试第二场
进入第二场考试，形式为1对1的胜负，药师兜本身就是作为间谍，没有参战必要便弃权离开。
第一场比赛是佐助对赤铜铠，由于佐助因为咒印的副作用身体状况不佳，加上刻意抑制咒印不想使用，而遭到了赤铜铠的压制，但最后佐助依靠精神力抑制了咒印，使用从小李那里复制的体术加以改造，使出「狮子连弹」致胜。考试结束后卡卡西将佐助带离考场，为其施展封邪法印对咒印加上一层封印，期间大蛇丸前来挑衅，但随后又离去。
第二场是萨克对油女志乃，志乃使用寄坏虫堵住了萨克的排气管，废掉其双手致胜。
第三场是剑美澄对勘九郎，对手被勘九郎使用傀儡打成重伤。
第四场是春野樱对山中井野，井野本想利用心转身之术附身小樱，利用小樱的身体做出弃权致胜，但小樱凭借精神力挣脱束缚，两人在体术的对打中同时失去意识，判定为平局，无胜出者。
第五场天天对手鞠，手鞠以压倒性的优势获得胜利，天天的忍具没有一发命中手鞠。
第六场鹿丸对金，鹿丸识破了金的声音幻术，利用影子模仿术的原理并用计分散其注意力，使其头部撞到墙壁而失去意识。
第七场鸣人对牙，尽管此时实力上牙更胜一筹，但牙由于曾经对鸣人吊车尾的印象而小瞧了鸣人，被鸣人数次用计策逆转局势，连赤丸都被击败，最后牙冷静下来突袭鸣人背后时，鸣人偶然放了一个屁，使得嗅觉被强化的牙感到异常痛苦，鸣人趁机使用「漩涡鸣人连弹」战胜了牙。
第八场雏田对宁次，由于性格懦弱加上宁次的言语刺激，一开始雏田有弃权的意图，但却被鸣人的声援鼓励，鼓起勇气与被称为“天才”的宁次交战，尽管期间一度占据上风，但皆是宁次刻意为之，宁次封住了雏田的数处穴道，想逼迫其弃权，但雏田仍不愿意放弃，愤怒的宁次由于对宗家的憎恨，在战斗中起了杀心将雏田重伤，最后被上忍们阻止，雏田战败被送去抢救，鸣人无法认同宁次，约定与宁次再战。
第九场小李对我爱罗，小李依靠速度突破了我爱罗的绝对防御，击中我爱罗数次，并准备使用表莲华完成最终的攻击，但在攻击过程中因疼痛出现了一瞬间的破绽，被我爱罗替换了真身，躲过了表莲华，因为莲华的副作用小李对上我爱罗马上陷入劣势，为了战胜我爱罗，小李使出了禁术“八门遁甲”，八门遁甲状态下小李的力量和速度使我爱罗和众人都惊讶不已，开启了第五门的小李使用了里莲华完成最终一击，但却被我爱罗用沙子减少了一些威力，小李因副作用行动困难，被我爱罗以砂缚柩重创。
第十场丁次对托斯，被托斯利用声波攻击轻易击败。至此第二场考试结束。
各自的时间
大蛇丸联合药师兜、君麻吕等音忍杀害了四代风影，并伪装成四代风影指挥砂忍，和音忍联合进行摧毁木叶的计划，在马基和药师兜夜晚商量计划时被特别上忍月光疾风听到，为了灭口，马基杀害了疾风。同时托斯被兜下令挑衅我爱罗，托斯也为了能够打败佐助想要杀掉我爱罗获得和佐助对战的机会，却反而被我爱罗杀死。
考试结束后鸣人意识到自己需要变强而找卡卡西想要其教导，卡卡西则让特别上忍惠比寿指导鸣人学会水上行走，在学会水上行走后遇到了三忍之一的自来也，鸣人便缠着自来也让其帮助修行，之后鸣人便和自来也一起修行，期间被自来也解除了大蛇丸施加的五行封印，鸣人在艰苦的修行下掌握了通灵之术，成功召唤出了蛤蟆文太，对九尾查克拉的使用也更加熟练。
后来鸣人因过度疲惫被蛤蟆文太送到木叶病院，醒来后被鹿丸探望，期间发现了想要杀掉病房中的小李的我爱罗，和鹿丸一同控制住了我爱罗，后来凯也赶到，我爱罗最终罢手离去。药师兜想要刺杀被木叶暗部保护的住在病院的佐助，与卡卡西短暂交手而逃脱。
佐助醒来后找到卡卡西要求修行，卡卡西教会了他自己独创的A级雷遁忍术“千鸟”，并在卡卡西的指导下模仿了一部分小李的体术，加强了速度上的锻炼。
第三场考试
第三场考试在各国观众的围观下进行，三代火影和伪装成风影的大蛇丸也共同观战，药师兜则假扮暗部混入会场，勘九郎为了保留体力以便接下来木叶摧毁计划的作战而弃权考试。
第一场是鸣人对宁次，一番苦战下鸣人虽然靠着战术差点成功，但实力上显然不敌宁次，期间宁次向鸣人诉说了自己的悲惨经历和日向家的制度。在接连中了“回天”和“八卦六十四掌”后查克拉被封住，最后激发出了九尾的查克拉与宁次战的不相上下，在两败俱伤后，宁次没有维持白眼状态，鸣人便以分身作为伪装，自己则遁地突袭了已经很虚弱的宁次，战胜了宁次。战败后，日向日足向宁次袒露了当年的真相，宁次对宗家的仇恨得已化解。
第二场考试原本是佐助对我爱罗，却因为佐助迟迟不来而临时换成了手鞠对鹿丸的比赛，原本鹿丸懒得比所以想弃权，但是被鸣人一掌拍进了考场，无奈开始战斗，鹿丸利用重重计谋，使用影子模仿术控制住了手鞠，但在即将胜利之时他选择了弃权，虽然在结果上判定为失败，却也展现了出色的判断力和战术头脑得到了村内其他忍者们的认可，成为了之后当上中忍的关键原因。也与手鞠结下了不解之缘
第三场考试佐助对我爱罗，佐助突飞猛进的实力让我爱罗陷入苦战，提前想要进行尾兽化，佐助使出了千鸟重伤了我爱罗，使其尾兽化失败，计划被打乱的砂忍和音忍里应外合，发起了木叶摧毁计划。
各自的战场
由于计划发动，音忍和砂忍发动袭击，会场和村子陷入危机，木叶的忍者们纷纷开始抵御外敌，而大蛇丸也显露真面目，欲与三代火影开战，并派遣手下的音忍四人众施展了紫炎结界制造战场，展开激战。
由于药师兜发动了幻术使会场的普通人和部分下忍昏睡，作为计划核心的我爱罗被手鞠和勘九郎暂时带离，佐助先独自去追赶我爱罗等人，卡卡西则让鸣人、小樱和鹿丸以及自己召唤的忍犬帕克前去支援，而卡卡西、凯等人继续在会场与大量的音忍交战。在一批音忍部队快要追赶上鸣人等人时，鹿丸主动提出作为诱饵，通过计策使大部分音忍被自己的影子模仿术束缚，但有一人没有被束缚，自己也体力不支解除了忍术，此时阿斯玛前往增援，击败了所有音忍救下了鹿丸。
佐助追赶上了我爱罗等人，勘九郎决定留下来与佐助交战，但此时油女志乃也赶来支援，并与勘九郎交战，佐助得以继续追赶我爱罗，在战斗中，志乃使用寄坏虫吞食了勘九郎的查克拉，志乃中了傀儡的毒，双方两败俱伤无法动弹。佐助不久后追上了我爱罗，与不完全尾兽化的我爱罗交战，使出千鸟断掉我爱罗一只砂化的手臂，但却没能阻止我爱罗的进一步变化，危机之下使出了突破极限的第三次千鸟并咒印化，再次断掉我爱罗的一只砂化手臂，但也因咒印的副作用和查克拉消耗过度而无法动弹，危急关头被赶来的鸣人等人所救，鸣人也与我爱罗展开了战斗。
交战中鸣人不敌我爱罗，小樱因为保护佐助受到了我爱罗的攻击危在旦夕，为了打败我爱罗，鸣人通过计策成功使用苦无加起爆符的千年杀，攻击爆菊了我爱罗防御薄弱的尾部，造成了一定伤害使我爱罗暂时无法恢复身体，之后为了保护伙伴而爆发强大查克拉的鸣人使用多重影分身和漩涡鸣人两千连弹重创我爱罗逼迫使其进入了完全的尾兽化，而鸣人也在命悬一线之际召唤了蛤蟆文太，与使用假寐之术进入守鹤意识的我爱罗对决，一番苦战后鸣人攻击了我爱罗的本体解除了假寐之术，精疲力尽进行了最后的对决，并战胜了我爱罗，双方两败俱伤，我爱罗也因鸣人的话语和其他人不顾一切的保护同伴的举动，明白了夜叉丸过去的话语，重新审视了自己，并向被自己曾经冷酷以待的手鞠和勘九郎道歉。
另一边，三代火影与大蛇丸交战，大蛇丸召唤出了秽土转生的初代和二代火影（但由于大蛇丸这次的秽土转生精度不高，秽土的两位火影实力较生前有明显下降），双方展开了一场激战，最终三代以自己的生命为代价使出了禁术尸鬼封尽，封印了初代和二代火影的灵魂，在封印大蛇丸时被大蛇丸用草薙剑重创，三代火影精力不支只得封印其双手从而剥夺了大蛇丸使用忍术的能力，最后牺牲。
我爱罗的战败和大蛇丸的撤离，木叶毁灭计划算是落下帷幕，三代火影过世后，木叶举办了葬礼。高层开始讨论新的火影的就任问题，自来也拒绝了继任火影，并推举了同样作为三忍的纲手。
五代火影
朝雾归乡
在三代去世、木叶重建的时间段，来自晓的二人组，宇智波鼬和干柿鬼鲛潜入了木叶。
鼬和鬼鲛在村子食用茶点时被卡卡西、阿斯玛和红察觉异常，阿斯玛和红来到郊外阻截二人，遂与二人开战，陷入劣势之际卡卡西前来支援，鼬下令让鬼鲛停手，并独自与卡卡西开战，一番简单的忍术连锁交锋后，卡卡西等人陷入劣势，鼬则使用了万花筒写轮眼的瞳术“月读”使卡卡西失去了作战能力，在卡卡西说出从自来也那里得知的有关晓的情报后，鼬派鬼鲛捉拿卡卡西并解决其他人，但遭到了前来支援的迈特·凯阻止，鼬对凯的实力有所了解，让鬼鲛不能小看此人，为了避免节外生枝，说出了自己的目的是四代火影的遗产—鸣人，然后离去。实际目的只是回村威慑团藏，并观察佐助。
自来也为了找纲手同时锻炼鸣人，带上了鸣人一同前去，期间在一间旅馆住宿，自来也被鼬使计和鸣人分开，自己独自找到了鸣人，意外知道了鼬回到木叶的佐助也追赶到了旅馆，愤怒的对着鼬发起攻击，但实力差距过大被鼬轻易击败，鼬再次使用月读刺激佐助，以激发佐助的复仇心，赶回救场的自来也为了捉拿二人召唤了炎宿大蛤蟆的食道，但被鼬使用“天照”突破而逃离，后来凯也赶到，但此时战斗已经结束，于是凯将重伤的佐助带回木叶，鸣人和自来也踏上旅途。
三忍之战
在自来也寻找纲手的过程中，大蛇丸为了治疗双手也将目标放在了纲手身上。与此同时，自来也一边收集情报，一边也开始对鸣人展开了波风水门的自创忍术“螺旋丸”的修行。
大蛇丸和自来也先后在短珊街遇到纲手，大蛇丸以复活其弟弟和恋人为筹码与纲手进行交易，纲手一时间犹豫不决，而她对于成为火影一事也没有兴趣，并出言侮辱火影引得鸣人的愤怒，两人发生冲突展开交战，虽然鸣人理所当然的不敌纲手，但纲手却在对成为火影的梦想坚持不懈的鸣人身上看到了逝去的弟弟和恋人的影子，内心开始动摇，并与鸣人约定如果能一周学会螺旋丸，就把自己的所佩戴的，由初代火影遗留下的项链赠予鸣人。
最终做出决定的纲手放倒了静音，用药迷晕了自来也独自会面大蛇丸，企图将大蛇丸杀死却被兜察觉阻止，交涉决裂后，纲手便与二人交战，由于长久没有实战加上兜才智过人，一时间落了下风，更是被对方利用恐血症的弱点，而丧失了行动能力。
随后被药抑制了查克拉的自来也、静音和鸣人赶到，双方展开交战，静音被兜战胜，鸣人为了保护纲手也开始向兜发起攻击，但实力的差距让鸣人根本无法匹敌，最后鸣人用手接住了兜的苦无攻击，狠狠抓住了兜让其无法脱离，第一次使用了完成版的螺旋丸重创了兜，但自己却因被兜切断心肌而濒死，在纲手的治疗和鸣人坚强的意志下得以活下来。纲手认可了鸣人，并将项链送给了他，而大蛇丸发现了鸣人的潜力和威胁性，为了以绝后患决定杀死鸣人，纲手为了保护鸣人而大蛇丸交战，克服了恐血症，三忍召唤了各自的通灵兽后展开了激烈的战斗，最后以大蛇丸和兜的战败告终，二人因此撤退，纲手也回村，担任第五代火影。
佐助夺还篇
音的诱惑
鹿丸由于在中忍考试的出色表现得到了木叶上层的认可，成为本次中忍考试唯一晋升为中忍的人。
佐助在纲手的治疗下清醒后，回想起自己和哥哥过于悬殊的实力，以及鸣人突飞猛进的成长而感到焦虑，与鸣人在医院天台进行了一场对决，在互相使出杀招时被卡卡西阻止，在看到了鸣人的螺旋丸造成的破坏再次意识到鸣人的成长迅速。此时恰逢大蛇丸派遣的音忍四人众前来刺激佐助，并对佐助发出了邀请，为了获得能够复仇的力量，佐助决定离开村子投奔大蛇丸，小樱试图阻拦但也无果。
由于木叶正值复兴时期，村子里的许多精锐忍者正在出村执行任务，于是纲手派遣鹿丸作为队长，组成一支由木叶的杰出下忍组成的小队，成员为鸣人、丁次、牙和宁次，在出发前鸣人与小樱定下约定要带回佐助。（至于这次任务为什么没带上志乃，因为志乃正好去执行其他任务了）
音忍五人众
为了激发佐助咒印的能力，四人众让佐助服下了醒心丸，并使用四黑雾阵使佐助陷入假死封印在桶中以适应咒印，期间与执行任务回村时的木叶的特别上忍小队进行过战斗，使出全力将其击败。
鹿丸等人在追踪过程中被鬼童丸发现，一时间陷入劣势，并被次郎坊使用土牢堂无关了起来，其他三人则继续带着佐助赶路，后来丁次打破了僵局，为伙伴们断后独自留下对抗次郎坊，面对状态二的次郎坊，丁次服用了有着严重副作用的辣椒丸击杀了次郎坊，但自己也力竭倒下生命垂危。
在左近、多由也和鬼童丸继续赶路途中，鹿丸等人企图使计拿走封印佐助的桶并偷袭但却被识破，面对鬼童丸棘手的蜘蛛丝，宁次发现自己的柔拳是在场唯一能应对的方法，于是宁次留下与鬼童丸交战，精于算计的鬼童丸很快在对战中发现了宁次白眼的缺陷，并使出了针对其缺陷的战术，使宁次陷入劣势，但宁次也孤注一掷，反过来利用了蜘蛛丝让鬼童丸收到柔拳的重伤，并对鬼童丸发起了足以致命的攻击将其击杀，但自己也伤重倒下。
之后牙也与左近展开了战斗，鹿丸和鸣人使计对抗多由也一度将佐助夺回，但这时，原本的音忍五人众最强的成员——辉夜一族的君麻吕赶到支援再次夺回佐助，最后留下鹿丸对战多由也，鸣人则去追赶君麻吕。面对君麻吕强劲的实力，即使是九尾查克拉状态的鸣人也无法抗衡，而佐助从沉睡中清醒后独自开始向火之国外逃离，这时手术刚刚成功的小李前来支援鸣人，鸣人便前去继续追赶佐助。
然而与其余三人的战斗，牙、鹿丸和小李尽管拼尽全力，却仍陷入劣势，即将落败之际，由纲手请来的砂隐村的援军，我爱罗、手鞠、勘九郎三人组赶到，手鞠和勘九郎纷纷轻松的将对手击杀，而我爱罗面对状态二的君麻吕却也难分胜负，在最后君麻吕即将胜利之际，绝症夺走了君麻吕的生命，这才使我爱罗和小李得以生还，至此，音忍五人众全员阵亡。
终结之谷
经历了长久的追逐后，鸣人与佐助在终结之谷停下，佐助表达了自己复仇的决心，鸣人表达了自己就算打断佐助手脚也要将其带回去的觉悟，两人展开交锋，适应了咒印的佐助实力大增，一度将鸣人打至濒死，却反而激发了鸣人的九尾查克拉，形势再次被逆转，在激战中佐助开启了三勾玉写轮眼，得以再次战胜鸣人，而鸣人则爆发出更强的尾兽衣形态，就连三勾玉写轮眼的佐助也毫无还手之力，佐助只得使出状态二，由于两人的形态均不擅久战，于是两人各自使出千鸟和螺旋丸进行最后的攻击，最终佐助略胜一筹击败了鸣人，独自前往了大蛇丸的居所，而卡卡西后来赶到，连同木叶的医务人员将执行任务的五人小队全部带回木叶。
鸣人从自来也处得知了大蛇丸的转生忍术需要3年才能发动一次，目前已经因为肉体濒临崩溃而使用了一次。为了应对未来的“晓”的袭击以及夺回佐助，鸣人决定跟随自来也出村修行，小樱为了变的更强也拜了纲手为师。
三年间的事件
- 晓组织开始收集尾兽，捕获了五尾、六尾和七尾的人柱力（汉、芙、羽高）。[8]
- 鸣人在修行中首次变成第四条尾巴，将自来也打至濒死，这是当时的自来也人生唯二离死亡最近的时候。
- 除鸣人、叛逃的佐助和已经升为中忍的鹿丸以外的同期下忍参与中忍考试并顺利晋升，宁次、砂隐村的勘九郎和手鞠成为上忍，木叶丸、萌黄和乌冬从忍者学校毕业成为下忍。
- 卡卡西掌握了万花筒写轮眼的使用方法。
- 大蛇丸抓获了草隐村的拥有漩涡一族血统的忍者香燐作为实验体。
- 重吾因为君麻吕的离世将自己关进大蛇丸据点的北秘所，以防止自己因暴走的冲动杀人。
- 我爱罗就任五代风影。
- 猿飞阿斯玛与夕日红成为恋人，红怀上阿斯玛的孩子，后取名猿飞未来（后来在第四次忍界大战时已经出生）。
- 佐助在大蛇丸手下修炼期间也私下展开了对蛇的研究，以便日后反抗大蛇丸。
鸣人归乡
修行归来
时间来到3年后，鸣人回到村子，得知了同期的忍者除了出村修行的鸣人皆晋升为中忍，宁次、手鞠、勘九郎成为了上忍，我爱罗则成为了五代风影。
回村后的鸣人和小樱与卡卡西来到曾经的演习场进行抢铃铛的试炼，检验了二人三年来的成长，小樱在纲手的培养下掌握了精湛的医疗忍术以及怪力。
风影夺还
- 迪达拉：土之国岩隐村的叛忍。三代土影大野木的徒弟，原岩隐爆破部队成员。个性纯粹、狠辣、狡猾，使用通过起爆黏土生成各种爆炸物的忍术，崇尚瞬时之美的艺术观念。
- 蝎：风之国砂隐村的叛忍。砂隐村顾问千代的孙子，原砂隐村的天才傀儡造型师。个性冷酷、谨慎、缺乏耐心，使用将活人改造成傀儡保留其生前能力的人傀儡技术，崇尚永恒之美的艺术观念。
晓组织开始了捕捉人柱力的行动，派遣了迪达拉和蝎前往砂隐村，由于在砂隐村有蝎的部下，两人得已顺利潜入。迪达拉设法进行隐秘行动却被我爱罗发现，两人展开战斗，尽管我爱罗依靠地利优势占据了主动，但在交战中迪达拉用计牺牲了一条手臂，将炸弹藏进我爱罗用于绝对防御的沙子中，成功击败了我爱罗将其捕获，勘九郎不久后追赶上企图夺回我爱罗，但却被身为天才傀儡师的蝎轻松击败（因为勘九郎所使用的傀儡全是蝎当年在砂隐村开发的，对结构机关了如指掌），濒死的勘九郎仍然从蝎的身上削下了一块留有其气味的布，蝎念在其求生意识，以及对自己所下剧毒毒性的自信，没有给予最后一击。
在接到我爱罗被晓组织抓获的消息后，砂隐村向作为同盟国的木叶发起支援请求，纲手派遣了鸣人、小樱和卡卡西的三人小队与手鞠一起前往砂隐村，对中毒的勘九郎进行医治并追踪我爱罗。后又派遣了阿凯、小李、宁次和天天的队伍支援鸣人等人。
与此同时隐居多年的砂隐顾问姐弟，千代和海老藏也因为得知晓的其中一员是蝎而出山。在卡卡西小队赶来后，小樱使用为勘九郎成功解毒，并破解了蝎使用的毒，制造出了解毒剂。在成功医治勘九郎后，卡卡西小队与千代婆婆结成队伍一起追赶迪达拉和蝎。另一方面晓展开了对我爱罗体内的一尾的抽取，由于需要很长时间进行施术，首领佩恩派遣了作为象转分身的鼬和鬼鲛，分别拖延卡卡西和阿凯小队，由于象转分身仅有本体三成的查克拉，最终还是败下阵来，鼬见到鸣人的成长，若有所思的笑了。但也成功起到拖延时间的目的，一尾被成功剥离出去。
两位傀儡师
阿凯小队虽然协助卡卡西等人破解了五封结界，但也触发机关，不得不与和自己实力相当的分身交战而无法抽身支援卡卡西等人。另一边，迪达拉为了引诱身为九尾人柱力的鸣人而带着我爱罗的尸体离开了洞穴，卡卡西为了保护鸣人也跟了上去，留下了千代婆婆和小樱与蝎进行交战。
蝎是曾经砂隐村的天才傀儡师，也是千代婆婆的孙子，暗杀了第三代风影将其制作成了人傀儡，然后背叛了砂隐村。蝎依次以人傀儡绯流琥、三代风影与千代和小樱对抗，即使是使出能够用磁遁操纵砂铁的三代风影，但却也被事先准备好了解毒剂的小樱和精通傀儡的千代的联手而破解，最终不得以本体进行战斗的蝎以操纵百机傀儡的赤秘技“百机操演”与千代的白秘技“近松十人众”进行对抗，期间小樱趁蝎操纵大量傀儡时高度集中露出的破绽，将千代给予的封印球将蝎封印，但蝎依旧通过替换身体的方式偷袭击中了小樱，最后被千代用“父”与“母”的傀儡击中要害，临死前作为奖励将自己与派遣在大蛇丸身边的卧底的情报告诉了小樱，然后死去。蝎在此战的尾声有放水嫌疑，据千代所言，蝎最后一击时明明看破了千代的招式，却还是留下些许破绽被千代击中。
另一边卡卡西使用万花筒写轮眼的瞳术“神威”扭断了迪达拉的另一只手臂，并配合鸣人成功夺回我爱罗，迪达拉也使计从卡卡西小队和阿凯小队的追击中逃脱。在众人因我爱罗的死亡而悲伤时，受到鸣人的言行打动的千代婆婆使用了自创的转生忍术复活了我爱罗，但千代婆婆因此去世。
在蝎死后，晓组织的“候补成员”面具男阿飞拿到了蝎的戒指，成为正式成员加入晓组织进行行动，和迪达拉搭档。
在阿飞加入后的某个时间段，汤隐村叛忍飞段也加入了晓，其加入原因是看见了晓组织中同样具备不死能力的角都，将其视作自己的前辈和理想的同伴[9]。
久违重逢
天地桥的战斗
时间已经3年，距离大蛇丸可以发动转生忍术的时间越来越接近，小樱从蝎那里得到的情报有与大蛇丸直接接触的机会，木叶方面决定组成小队去与大蛇丸会面。
除了鸣人和小樱，还加入了两名新成员，一名是卡卡西在暗部时期的后辈，现任火影直属暗部，能够使用木遁的大和（原代号为天藏），另一名是由团藏作为首领的木叶暗部“根”组织的少年精英，代号“佐井”，其中佐井被赋予了潜入大蛇丸根据地，暗杀佐助的任务。由于佐井接受了“根”的感情抹杀训练，不懂人情世故的言行数次激怒鸣人与小樱，小队成员间的关系有些不合。（但后面佐井在与鸣人、小樱相处后，以及了解了鸣人想要带回佐助的决心，逐渐找回了感情，并开始想要学习人情世故）
大和等人来到草隐村的天地桥，假扮成蝎与蝎的间谍会面，而那名间谍便是药师兜，且兜早已被大蛇丸解除了蝎设下的忍术，临阵倒戈，大和自知不敌，这时鸣人等人出现与大蛇丸和兜进行对抗，盛怒之下的鸣人被激发出尾兽外衣的力量，轻易秒杀了兜，并逐渐进入了失去理智的第四条尾巴，挥手的风压便毁掉森林，草薙剑也无法伤及分毫，三重罗生门无法招架，实力之强连大蛇丸也难以应对，然而暴走的鸣人不分敌我，甚至误伤了小樱，于是大和使用了“廓庵入鄽垂手”阻止了鸣人的暴走，使鸣人的尾兽衣消去，这时佐井也为了执行团藏所下达的机密任务来到了大蛇丸身边，和大蛇丸一起行动并来到了大蛇丸的根据地。
三年后的相遇
大和由于在之前住宿时，曾在佐井的料理和衣物中设置了木遁的发信器，得以找到了大蛇丸的根据地，并潜入抓回了佐井，药师兜发现后救下佐井企图与大和等人开战，但却被受到鸣人打动而倒戈的佐井制服，被大和使用木遁束缚住。鸣人和佐井、大和和小樱则分成两队开始寻找佐助，期间佐井找到了佐助，并想要为了鸣人将佐助带回去，但却遭到了佐助的抵抗，一瞬间破坏了根据地，而鸣人和小樱因此见到了3年后的佐助，佐助并没有因为佐井的话语被打动，表达了自己即使出卖灵魂也要复仇的决心，与鸣人等人开战，短暂的交手下，3年间进步神速的佐助轻易了战胜了鸣人、佐井和大和，并与大蛇丸、兜一同离去。
回到木叶后，鸣人等人向卡卡西告知了这次任务的情况，为了弥补鸣人与佐助的差距，卡卡西和大和决定帮助鸣人修行研发新术，期间阿斯玛指导了鸣人关于风遁性质变化的学习。而佐井在学习人情世故的过程并不顺利，在一次第七班和第十班的聚餐中，喜欢帅哥的井野对佐井有些好感，佐井之前由于生搬硬套书本上的内容给小樱起外号“丑女”而导致小樱暴怒后，为了表达对井野的友好，佐井反其道而行之称呼井野为“美女”，这使得井野加深了对佐井的好感，但也使得小樱更加暴怒。
不死的破坏者
阿斯玛之死
- 飞段：汤隐村的叛忍。性格好战、嗜杀，极度崇拜“邪神教”，以杀人作为兴趣。拥有不死之身和让敌我双方共享伤害的“咒术”。
- 角都：泷隐村的叛忍。曾暗杀初代火影千手柱间失败，被村子惩罚而被逼叛逃。在晓组织负责敛财，认为能够相信的只有金钱，在捕获尾兽之外的兴趣就是挑在黑市有着高悬赏金的对象进行捕杀，并带到换金所领取高额悬赏金。掌握着泷隐村秘术“地怨虞”，能够通过更换心脏延续寿命，最多拥有五颗心脏。
天地桥任务结束后，晓组织的飞段和角都二人组也开始行动，初登场便潜入了雷之国云隐村擒获了二尾人柱力由木人，随后又前往火之国的火之寺，杀死了身为守护忍十二士的僧侣地陆，并带到黑市的地下换金所换取悬赏金。
木叶在接到一名侥幸逃脱的僧侣的通信后，派遣阿斯玛、鹿丸和子铁、出云的四人小队前往换金所附近捉拿飞段和角都，在交战中飞段展现了令人匪夷所思的不死能力，并使用特有的咒术使阿斯玛受到与自己相同的伤害，尽管鹿丸看破了飞段的能力，但在角都的支援下飞段还是得已成功发动了咒术，对阿斯玛造成了足以致死的伤害，随后木叶派出了包含丁次和井野的小队前来支援，而飞段和角都也接到组织要封印二尾的紧急命令而撤退，阿斯玛留下遗言后，最终还是因伤重而亡。
鹿丸的复仇
在举办了阿斯玛的葬礼后，鹿丸并未参加葬礼，而是一直谋划着干掉飞段和角都为阿斯玛复仇的计划，在准备完成后鹿丸和丁次、井野二人组成队伍，即将离村时被纲手阻拦，并要求至少组成多人的小队时，卡卡西赶来自告奋勇的成为了第十班的代理队长，鹿丸临时调整计划后开始展开行动。
在火之国的某片荒野中，埋伏的鹿丸和飞段角都展开战斗，尽管一度用影子模仿术占据优势，但却被角都匪夷所思的秘术【地怨虞】破解，卡卡西看准时机以雷切击杀了角都，却也只是破坏了他一颗心脏，角都的秘术让他拥有5次生命，得破坏5次心脏才能杀死他，一方面卡卡西、丁次、井野迎战角都（但丁次井野基本派不上用场），而鹿丸用计将飞段带到了奈良一族的森林中，并解除了影子模仿术，假装被飞段的攻击取走血液被杀死，却反而利用飞段的禁术破坏了角都的一颗心脏（卡卡西偷袭时成功获取了角都的血液，用以施展鹿丸的诈死计划），随后鹿丸发起偷袭，并以影子聚集术将大量起爆符附在飞段身上，爆炸将飞段炸的四分五裂，掉进了鹿丸事先设置好的洞穴中，并将其掩埋，飞段彻底失去行动能力（根据岸本公式书访谈的回答，飞段还活着，但如果长时间没有营养供给还是会死，现在应该差不多发臭了）。
而修炼归来的鸣人、大和、小樱和佐井前来支援卡卡西，鸣人使用了还未开发完成的新术“风遁·螺旋手里剑”成功击败了角都使其丧失行动力，最后被卡卡西以雷切完成最后一击，将角都击杀。
得已帮恩师复仇的鹿丸来到阿斯玛坟前祭拜，并和红说阿斯玛的孩子出生了就当她的老师。
三尾出现
在蝎死后，迪达拉与新加入的面具男“阿飞”组成了队伍，被命令前去捕捉三尾。而三尾由于没有人柱力，以野生的状态在湖底生存，被迪达拉和阿飞轻易捕获。
追捕宇智波鼬
蛇小队结成
佐助在跟随大蛇丸的三年间实力有了突飞猛进的成长，这时候的佐助感觉到自己已经无法从大蛇丸那里学到什么，三年间一直在研究如何对抗大蛇丸。大蛇丸的不尸转生的使用期限已到，目前的肉体濒临崩溃，而佐助趁着大蛇丸虚弱之际向大蛇丸发起了攻击，但大蛇丸也早有打算，现出本体白磷大蛇准备利用不尸转生夺取佐助的身体，正在转生术成功发动时，佐助使用写轮眼逆转了形势，反而将大蛇丸的力量吞噬。药师兜在见到大蛇丸被佐助吞噬后的场面后，开始使用了自己和大蛇丸多年来的研究情报，将大蛇丸的力量注入体内。
而佐助则为了展开对鼬的复仇准备结成小队进行行动，他找到了被称为“鬼人再世”且拥有水化能力的水月、拥有强大治愈能力和感知能力的漩涡一族的后人香燐，以及咒印的源头重吾，组成了蛇小队。
另一方面大蛇丸的死讯在水月的计划下迅速传遍了忍界，木叶和晓方面也很快得知了情报，蛇小队和木叶方同时将目的锁定为晓组织的成员宇智波鼬身上，卡卡西班与红班组成了追捕队伍，蛇小队也开始行动。
期间鼬和鬼鲛捕获了四尾人柱力老紫。
佐助VS迪达拉
在追捕鼬的过程中，独自行动的佐助遭遇了迪达拉和阿飞的阻拦，为了获取鼬的情报，佐助决定击败二人，在激战中佐助利用写轮眼的洞察能力看破并分析出了迪达拉忍术的弱点，C1、C2和C4都被佐助擅长的雷遁忍术克制，以近乎于自残的战术和迪达拉战了个两败俱伤，伤重且查克拉几乎耗尽的佐助一心关注鼬的情报，无法维持写轮眼，但在迪达拉看来这是对他的“爆炸艺术”的漠视与不屑，回想起曾经被鼬打败的屈辱和不甘，迪达拉使用了半径10公里的自爆，完成了史无前例的最强爆炸，临死前对波及到阿飞感到抱歉。但佐助使用了通灵术和逆向通灵逃过一劫，导致了被用来抵挡自爆的万蛇死亡，佐助因伤重和其他成员在旅馆休整。阿飞也使用时空间忍术逃离。
而大蛇丸死后，兜移植了大蛇丸的力量出现在鸣人等人面前，将一份晓组织的情报送给鸣人，希望利用木叶对付晓组织，并表示等自己掌握了大蛇丸的力量后，会与佐助和鸣人一战，然后离去。
由于佐助吞噬了大蛇丸，恢复能力剧增，很快就再次开始了行动，而香燐利用了佐助破损的衣物，将其撕碎以动物分散开来，以干扰木叶最擅长的气味追踪，木叶方的追踪进展遭到了限制。佐助不久后在山洞遇见了鼬的分身，将分身击败后告知佐助自己的所在。
鼬在与佐助决战前，独自找寻落单的鸣人，在幻术中了解到了鸣人带回佐助的决心后，将一只乌鸦塞入鸣人体内，并声称希望不要有用到这力量的那一天。实际上是将自己装有止水写轮眼的乌鸦寄托于鸣人，鼬预料到如果佐助想要获得更强的力量很有可能移植自己的眼睛，所以对乌鸦设置了只要看到“鼬的写轮眼”就会发动幻术，以防止佐助复仇成功后受人蛊惑危害木叶，届时就能以别天神修改佐助的意志，使其守护木叶。
师父的预言与复仇
自来也为了收集晓组织的情报独自潜入雨隐村，并因此得知了自己当年的徒弟长门和小南分别成为了晓的首领和成员，在轮回眼未知的力量前，自来也召唤了深作、志麻两位仙人，并不得不使用了仙人模式与畜生道、饿鬼道和人间道进行交战，战胜了三体佩恩后却被修罗道偷袭失去一臂。
面对集齐的六道佩恩，自来也也无力对抗，但在交战中自来也却发现六个佩恩中包含自己死去的徒弟弥彦，全都是自己以前见过的人，自来也这才察觉到六道佩恩都不是“佩恩”的实体，在佩恩的围剿下，濒死的自来也在回忆中想到了自己的徒弟鸣人永不放弃的毅力而振作，坚信着鸣人就是能拯救世界的预言之子（长门也是预言之子）的自来也耗尽最后一口气将佩恩的情报以暗号的形式刻在了深作仙人的背上，并将被击败的畜生道也送回了木叶，自己则因为佩恩的攻击沉入大海，英勇牺牲。
兄弟对决
佐助来到宇智波的根据地见到了鼬，先与鼬进行了一轮幻术交锋，佐助在交锋中询问鼬关于当天灭族的真相以及帮凶，鼬称协助自己灭族的人是“宇智波斑”，并为佐助讲述了关于斑和其弟弟泉奈的故事，提到万花筒写轮眼终究会失去光明，而要开启永恒的万花筒写轮眼则需要移植兄弟的眼睛，鼬佯装出要夺走佐助眼睛的凶相，与佐助展开了对决。
与此同时，鸣人等人在追踪过程中遭遇了阿飞的阻拦，行动暂缓。
此时的鼬由于重病和万花筒写轮眼的副作用导致视力模糊，战斗时已经力不从心，但即使如此鼬也接连使用的“月读”和“天照”将佐助逼入绝境，佐助也不甘示弱，查克拉几乎耗尽的佐助使出了自己独创的S级雷遁忍术“麒麟”将鼬重创，但鼬却使用了万花筒写轮眼的第三种力量——须佐能乎，抵挡了麒麟的部分攻击，佐助由于查克拉见底无法压制住体内大蛇丸的力量，大蛇丸从佐助身体中出现，以禁术八岐之术的姿态想与鼬一较高下，鼬早已料到大蛇丸会出现，大蛇丸还没来得及出手就被鼬使用十拳剑封印，鼬同时也将佐助身上的咒印一并封印，眼看着拥有绝对优势的鼬即将胜利，但鼬的身体状况急剧恶化，而佐助也已经无力战斗，只能眼看着鼬将自己逼入绝境，但鼬在戳了一下自己的额头（同时在佐助的写轮眼中设置了用来对付阿飞的天照），说了一句“对不起佐助，这是最后一次了”之后，须佐能乎消散，鼬的生命走到尽头，佐助也随之失去意识。
在对决分出胜负后，一直在观战的绝来到阿飞身边告知了战果，阿飞临走前向鸣人等人展示了自己的写轮眼随后离去，失去意识的佐助，以及鼬的尸体被阿飞和绝回收，鸣人等人赶来后天空下起大雨影响了气味无法进行追踪，任务以失败告终。
鼬的真相
醒来的佐助遇到了自称是“宇智波斑”的面具男阿飞，为了表露身份而显露出写轮眼的他被鼬事先设置的天照所伤，并告知佐助这是鼬为了保护佐助所设，面具男将宇智波一族与木叶的恩怨以及鼬灭族的真相（有部分篡改）告知了佐助，起初佐助表示怀疑，但回忆中鼬的许多令人起疑的细节却也与这些真相吻合，满怀悲伤和愤怒的佐助开启了万花筒写轮眼，将蛇小队更名为鹰小队，新的复仇对象便是木叶的高层。
有关鼬的真相的剧情详见火影忍者/剧情#宇智波政变。
捕捉八尾行动
佐助的鹰小队与晓组织达成了暂时的合作，作为条件，佐助等人被指派前去云隐村的云雷峡捕捉八尾的人柱力奇拉比。
在云雷峡，即使是整个鹰小队联手出击，也不敌实力强大的完美人柱力奇拉比，佐助更是被重伤两次一度濒死，一步步展现力量的奇拉比很快便将鹰小队全员逼入绝境，眼看着就要被全灭，佐助看着伙伴们为了拯救自己拼上性命的情景，回想起了曾经的第七班，百感交集之下，佐助首次了使出了“天照”重创了奇拉比，期间香燐不慎被天照所伤，佐助又为了救香燐，掌握了控制黑炎的瞳术“加具土命”将黑炎消除，奇拉比则趁机将自己与一节断尾做出的分身替换成功逃脱，而佐助的这次行动惊动了奇拉比的兄长四代雷影，雷影以为奇拉比落入了晓的手中，但奇拉比实际上偷偷溜出了云雷峡玩乐。
佩恩入侵
自来也的暗号
深作仙人回到了木叶传达了自来也的死讯，纲手和鸣人也因此十分感伤，但鸣人在伊鲁卡和鹿丸的鼓励下再度振作，并与鹿丸、卡卡西连同暗号班一起思考自来也留下的暗号，最终暗号的内容被确认为“没有实体”，自来也留下的畜生道的尸体在静音的研究后，发现其身上的黑棒为查克拉接收器，这为后面鸣人对战佩恩提供了重要帮助。
让世界感受痛楚
为了应对强大的外敌，鸣人与深作仙人来到了妙木山进行仙术的修行。与此同时，佩恩六道和小南入侵了木叶，目标是九尾人柱力漩涡鸣人，在木叶里大开杀戒，而卡卡西等人更是佩恩天道展开交战，通过试探得知了天道的部分能力，卡卡西为了保护丁次将佩恩情报传递给纲手，透支查克拉使用的神威而牺牲，得知鸣人不在村里后，佩恩使用了超大规模的神罗天征将木叶夷为平地，却也因为消耗过度，天道暂时无法使用忍术。而修炼归来的鸣人也和妙木山的蛤蟆们一起回到木叶，共同对抗强大的佩恩六道。
鸣人与各位妙木山蛤蟆的努力下，依靠仙人模式的力量终于解决了除了天道以外的所有佩恩，但却不敌恢复力量后的强大的天道，深作仙人被天道杀死，鸣人被天道用黑棒插在地上，不忍心看到鸣人被抓走的日向雏田冲上前来，向鸣人表白了自己的心意，为了保护鸣人与天道战斗，但被天道轻易打败并补刀，鸣人以为雏田被佩恩杀死（实际上雏田并未死亡，后来被回村的凯班发现，得到了赶来的小樱的救治保住性命），情绪完全失控使九尾查克拉完全暴走，进入了第六条尾巴的尾兽衣状态。
九尾暴走
暴走的鸣人展现出极其强大的力量，即使是天道佩恩对付起来也十分勉强，为了制服鸣人，长门不得不消耗大量查克拉，使出了天道的最强忍术“地爆天星”，将鸣人封锁在一颗巨大的陨石中，但九尾的暴走还在继续，变成八条尾巴的鸣人几乎挣脱了地爆天星，在即将变成第九条尾巴时，波风水门留在鸣人体内的查克拉出现，阻止了进一步的暴走，鸣人也在与水门的交谈中知晓了自己的身世，水门耗尽了最后的查克拉为鸣人的封印重新上锁，鸣人也从暴走中恢复，变化为仙人模式与天道再次展开交战，最终在鸣人的战术下，成功击败了天道，鸣人通过天道身上的查克拉传导器感知到了长门的所在地。
两位救世主
鸣人来到了长门的所在地，鸣人与长门两位预言之子首次见面，鸣人压抑住向长门复仇的冲动，想要知道长门的过去，并想从长门的经历找出和平的答案，而长门也向鸣人讲述了自己父母被杀、与弥彦和小南相遇、遇到自来也、被半藏算计堕入黑暗的经历，在了解到长门的痛苦，以及经历了恩师死亡痛苦的鸣人，拿出了自来也的第一本小说《坚强毅力忍传》，小说中的主角是一名无论如何不会轻言放弃的忍者，而这个主人公的创作灵感，正是长门，回想起自己最初的理想，长门决定将实现和平的理想托付给鸣人，并以生命为代价发动了禁术“轮回天生之术”，复活了包括卡卡西在内的这次战斗中所有被杀死的木叶村民以及深作仙人，小南则带走长门和弥彦的尸体向鸣人道别，脱离了晓组织。成功拯救了木叶的鸣人得到了全村村民的认同，成为了大家眼中的英雄。
五影会谈
大会前夕
由于纲手在佩恩入侵时消耗了大量查克拉治疗村子的伤患，陷入了昏迷之中，于是在此期间需要选择出代理火影职务的人，奈落鹿久推举旗木卡卡西，但木叶大名和高层还是在团藏的煽动下选择了团藏就任火影代理，并将佐助列入叛忍名单下令追杀。
而四代雷影艾由于（他自己以为）弟弟奇拉比被和晓组织联手的佐助抓走，以为奇拉比已死，为了替奇拉比报仇解决晓组织不断收集尾兽的现状情报，邀请其他各国的四影前往中立阵营的武士之国铁之国参与五影大会，团藏也以火影的身份受邀出席，鸣人不希望佐助被追杀，想当面见到佐助阻止其继续坠入黑暗，与卡卡西、大和悄悄的离开了木叶，在途中找到了四代雷影，鸣人下跪祈求雷影能够对佐助网开一面，但却遭到雷影的怒斥。
而原本想要进攻木叶的佐助从面具男那里得知了木叶已经被摧毁的消息，于是将目标改为五影会谈，杀死现任火影代理志村团藏，在绝的带领下，鹰小队来到铁之国五影大会会场。
一方面小樱从佐井那里得知了鸣人对他的感情，百感交集，由于佐助已经成为木叶的敌人，小樱对一直依赖鸣人这件事情有负罪感，她与佐井、小李和牙一起出动，希望找到鸣人劝他放弃继续找佐助，而自己则做好了独自一人刺杀佐助的觉悟。
五影大会
- 艾：时任四代雷影，三代雷影之子，八尾人柱力奇拉比的义兄。性格火爆，拥有极高的力量与速度。
- 大野木：时任三代土影，接受过初代土影和二代土影无的教导，资历上几乎无人能及。能够使用血继淘汰“尘遁”。
- 照美冥：时任五代水影，结束了雾隐在四代水影执政以来“血雾之村”的恐怖时期，实行和平开放的政策，因而使雾隐村复兴。能够使用“溶遁”和“沸遁”两种血继限界
来自忍者五大国的五位影们纷纷到达铁之国，分别为代理火影志村团藏，五代风影我爱罗，五代水影照美冥，三代土影大野木和四代雷影艾，由铁之国的大将三船作为主持，召开五影大会。
在会谈中，起初雷影追究起各国的责任和疏忽，并要求制裁佐助。而团藏使用了自己右眼移植的宇智波止水的写轮眼，对三船施以幻术“别天神”对其精神操控，提出成立忍者联军对抗晓组织，并以风影资历浅，水影所在的雾隐村曾被晓所控制可能会有晓的间谍，土影曾利用过晓，雷影性情太粗暴容易感情用事为由将指挥权交给团藏，但拥有一只白眼的水影护卫青则察觉到了异常，通过白眼的洞察，他发现了三船受制于宇智波止水的瞳力的控制（青曾与止水交手，所以他知道宇智波止水的查克拉颜色），识破了团藏的阴谋实际上团藏就算不用幻术，三船本来也准备推举他的，但是团藏生性多疑，觉得使用别天神更加保险。
在鹰小队潜入会场期间，绝则突然出现在会议中心，出卖了佐助等人，而佐助索性也不再隐藏，乱入五影会谈一反往常不滥杀的原则，对铁之国的武士们下手毫不留情，而对佐助怀有仇恨的雷影在护卫希的帮助下马上找到了佐助，香燐隐藏起查克拉躲了起来，佐助、水月和重吾对抗雷影、达鲁伊和希。
而鸣人等人在旅馆留宿时，面具男找了过来，面具男告知了鸣人等人有关当年的宇智波灭门真相，并告诉鸣人现在的佐助已经完全被对木叶的仇恨所支配。
于是团藏在计划败露后向其他三影说出自己有意效仿初代火影统一各个族落那样来统一整个忍者世界，并且会不惜一切代价来完成这个目的，这样忍者世界才能步入真正“和平”的道路，但他的想法遭到其他三影的反对，向来风评不佳的他因为阴谋被揭穿已经彻底失去了信任。
在与雷影等人的交锋中，重吾和水月相继被击倒，面对雷影超强的力量和速度，佐助使用天照的黑炎进行防御，但雷影却不顾黑炎的向佐助发起攻击，在佐助使出加具土命与雷影对峙时，我爱罗出手阻止了两人的交锋，雷影因为黑炎的缘故失去一臂，而我爱罗希望能够说服佐助走向光明，但却不被佐助接受，并接着与我爱罗、手鞠、勘九郎和达鲁伊等人交战，佐助则使出了须佐能乎斩断会场的柱子，趁着混乱之际带着香燐继续寻找团藏所在，佐助乱入会议后，团藏趁着佐助与三船短兵相接的瞬间逃走，准备追上去的佐助则遭到了水影照美冥和长十郎的阻拦，在与照美冥的交战中，由于沸遁的血继限界、须佐能乎的副作用以及和雷影战斗时累积的伤害，佐助险些落败，关键时刻白绝发动孢子之术困住了会场的所有人，并为佐助恢复了一些查克拉，但即使如此佐助仍旧无法对付接下来出现的土影，在佐助即将被尘遁消灭之际，面具男赶来救下了佐助，并将佐助和香燐带到时空间里让香燐为佐助恢复体力。
面对四影的面具男，提出了“月之眼计划”，集结九只尾兽的力量施展对全人类施展的大型幻术无限月读，完成统一实现和平，但却遭到了四影的一致反对，雷影也得知了奇拉比未死的消息，双方意见对立之下，面具男向四影宣战，第四次忍界大战，开始。
为了对抗晓组织，四影们继续以忍者联军的形式与敌方交战，我爱罗提议由卡卡西代表火之国作为忍者联军的领袖，并提出以保护八尾和九尾的名义限制鸣人和奇拉比的活动，雷影被推举成为联军的总领袖。
而鸣人在听到面具男的话后决定单独与佐助见面，这时候小樱等人赶到，小樱以向鸣人告白为由希望鸣人放弃继续找佐助，但谎言被鸣人看穿，遭到拒绝的小樱等人决定直接去找到佐助那边。
无尾尾兽
与此同时，奇拉比在森林里和阿三进行说唱练习，这时干柿鬼鲛为了捕捉奇拉比而来，双方展开交战，由于鬼鲛使用大刀鲛肌吸收查克拉的能力，加上要保护他人，这使得拥有庞大查克拉的奇拉比陷入苦战，鬼鲛甚至与鲛肌融合，在巨大的水牢中与奇拉比战斗，奇拉比还未进入完全的尾兽化就因查克拉耗尽败下阵来，正当鬼鲛准备砍下奇拉比的脚阻止他行动时，鲛肌“叛变”了鬼鲛，将查克拉输入到奇拉比身体内，而恢复了些许查克拉的奇拉比投掷雷遁铅笔向鬼鲛反击，但也被对方躲过，这时雷影等人也赶来阻止了鬼鲛，雷影和奇拉比使出了组合攻击“绝牛雷犂热刀”将其击杀（但实际上被杀死的只是白绝变化的鬼鲛替身，真正的鬼鲛潜入鲛肌中跟随奇拉比返回了云隐村）。
而混迹在武士中的水月和重吾由于身份暴露被关押在铁之国的监狱里，佐井偷偷留下一个分身，告知了鸣人关于小樱的真相以及同期忍者决定刺杀佐助的事情，而我爱罗不久后也赶来，告知了鸣人关于佐助在五影会谈的所作所为，以及第四次忍者大战的事。
佐助VS团藏
面具男出现在企图逃离铁之国的团藏面前阻拦了去路，并将恢复完全的佐助从时空间中解放出来，充满杀意的佐助与团藏展开了激战，战斗中佐助质问团藏关于当年的真相，而团藏的话语进一步激发了佐助的愤怒，使用须佐能乎捏碎了团藏的身体，但这时真正的团藏却出现在佐助身后，佐助接连使用天照、须佐能乎不断的“杀死”团藏，但团藏却每次都能够复活，在战斗中佐助的瞳力也随着憎恨不断增强，而面具男也在一旁说出了团藏不死的秘密，即是宇智波一族的禁术“伊邪那岐”，以牺牲一只写轮眼的光明为代价改写现实，让局势对自己变得有利，即使受到致命伤害也能起死回生，但团藏是通过右臂移植的10只写轮眼来发动伊邪那岐，1只眼睛发动的伊邪那岐只能持续1分钟，而且当伊邪那岐的效力结束时，那只眼睛就会失明闭上，团藏在战斗中通过不断观察手臂眼睛的状态以确认自己伊邪那岐的剩余次数，而佐助观察到了这一点后则反过来利用这一特性，在不断的使用杀招消耗了团藏的伊邪那岐后，使用幻术让团藏误判了伊邪那岐的剩余次数，成功击中了团藏的本体。
不甘落败的团藏挟持香燐作为人质，而被仇恨完全蒙蔽双眼的佐助全然不顾香燐的安危，用千鸟锐枪贯穿了两人，濒死的团藏在最后一刻使用了里四象封印，企图封印佐助和面具男，但未能成功，不过也销毁了止水的眼睛，没有让其落入面具男之手。
第七班再度集结
团藏死后，面具男带着团藏的尸体离开，佐助正要对奄奄一息的香燐痛下杀手之际，小樱赶来声称自己要加入佐助，而佐助让小樱杀死香燐以表决心，小樱在犹豫之际佐助使用千鸟准备杀死小樱，卡卡西此刻及时赶到，阻止了佐助，在了解到佐助因仇恨而变得疯狂，此时已经什么都听不进去时，抱着杀心与佐助展开交战，须佐能乎的攻击逼得卡卡西使用了万花筒写轮眼来抵挡，佐助由于毫无顾忌的连续使用万花筒写轮眼，导致双眼几乎失去视力，无法维持须佐能乎了，而小樱趁机来到佐助身后企图杀死佐助，但最终还是无法下手，反而被佐助抓住想要杀死，卡卡西因为万花筒副作用的缘故行动迟缓，来不及阻止，危机关头，鸣人救下了小樱。
原第七班成员此时全部集结，但佐助仍然被仇恨所蒙蔽，对鸣人的话也熟视无睹，两人再次以螺旋丸和千鸟进行对决，双方不相上下，鸣人对佐助表示他不再阻止他复仇，但前提是由他来当佐助的第一个目标。佐助说了句“那么就先从你开始杀吧”，和面具男一起用时空间忍术离去，为了战胜鸣人，否定鸣人所说的话，原本不希望移植鼬的眼睛的佐助改变了主意。事后鸣人等人也带着重伤的香燐回到木叶。
第四次忍界大战前篇 联军VS秽土转生
龟岛试炼
在经过了五大国大名们的许可下，忍者联军正式成立，昏迷的纲手也苏醒过来，恢复了火影职位。而大蛤蟆仙人将鸣人召唤到妙木山，告知鸣人将会遇到章鱼（奇拉比和八尾），以及会和一个用眼睛的人战斗（佐助），并将波风水门留下的解放鸣人身体封印术的钥匙交给鸣人，以让鸣人日后能完全掌握九尾的力量。
而已经掌握了大蛇丸力量的兜也开始行动，找到了面具男，以秽土转生的五位晓组织成员和神秘的第六人为面具男提供战力，但条件是宇智波佐助，面具男便答应了兜的要求，两人达成合作关系。
在忍者联军大会上，雷影提出以修行为由，将鸣人和奇拉比带到云隐村的龟岛上限制其活动，并派遣阿凯、大和等人跟随，鸣人找到奇拉比想要学习掌握尾兽力量的方法，但并没有直接接受鸣人的请求，后来奇拉比的好友摩托伊带鸣人与大和前往龟岛上的真实瀑布，与内心的黑暗面进行斗争，但不分上下，在听到了奇拉比的过去后，鸣人有所感悟，终于感化了内心的黑暗面，并与比达成共识，开始了掌握尾兽力量的修炼。
在比的指导下，鸣人进入了自己的内心深处，解开了对九尾的拘束与九尾展开战斗，目的是从九尾体内抢走查克拉，在八尾的协助下，鸣人得以压制住九尾，但在夺取查克拉的过程中，受到九尾的憎恨所影响，在即将被吞噬之时，鸣人的母亲漩涡玖辛奈出现在鸣人心中，抑制住了九尾的行动，在玖辛奈的帮助下，鸣人得以战胜九尾，成功的控制住九尾的查克拉。之后玖辛奈也告知了鸣人自己是上一代九尾人柱力，以及关于16年前九尾之乱，自己和水门所经历的事情。鸣人谢过母亲并承诺成为超越父母的忍者，母子在精神世界道别后，返回了现实世界。
鬼鲛&小南之死
而鸣人掌握了九尾的查克拉模式后，获得了能感知恶意的能力，发现了藏在鲛肌中的鬼鲛，行迹败露的鬼鲛企图逃离将情报传递给面具男，但却遇到了刚好赶来的阿凯，两人展开交战，鬼鲛使出了水遁·千食鲛将情报卷轴藏在了一只鲨鱼体内，阿凯为了将数千只鲨鱼全部消灭开启了八门遁甲第七门惊门，使出绝招昼虎将所有鲨鱼连同鬼鲛一同击溃，被擒获的鬼鲛回想起自己认可面具男“月之眼计划”的事情，为了不透露组织的情报拼死挣扎，用通灵术召唤鲨鱼将自己的身体啃食殆尽，并在情报卷轴上设置了水牢术和通灵术，成功将情报送出。
为了拿到轮回眼，面具男前往了雨隐村找到已经背叛组织的小南，要求小南交出长门的轮回眼，交涉决裂后两人开战，由于小南在晓组织的这些年来也在研究面具男时空间忍术的弱点，使用起爆符伤到了面具男，并接着使用神之纸者之术，将伪装成海洋的起爆符显现出来，全部用来对面具男进行长达十分钟的轰炸（而时空间虚体化最多只能维持五分钟），小南因此消耗大量的查克拉而无法维持纸化，而面具男却使用了伊邪那岐改写了现实，从爆炸中生还并偷袭了小南，再用写轮眼问出了长门的所在地后将小南杀死，而面具男将轮回眼拿走，并将其中一只移植到自己的左眼位置，准备好十万白绝作为兵力准备开战。
而忍者联军方面由于龟岛位置暴露，兜与秽土转生的迪达拉来到龟岛准备捕捉人柱力，而大野木等人也赶来与之交战，一番短暂的战斗下，兜虽然没能抓住鸣人，但却将负责监护鸣人的木遁忍者大和抓获，回到了根据地，利用大和体内的柱间细胞，以进一步强化白绝。大野木则将龟岛的位置改变，避免再次暴露。
联军集结
五大国的忍者与铁之国的武士正式成立忍者联军，在雷之国与火之国交汇的地点集合。
队伍如下：
- 最高统帅：四代雷影·艾 总参谋：五代火影·纲手 联军总队长：五代风影·我爱罗 代理参谋：奈良鹿久、麻布伊
- 情报部队（负责接收、传达各处情报的部队） 队长：山中亥一、青 成员：天画、山城青叶等
- 木叶潜入侦察队（负责寻找兜的所在地） 队长：御手洗红豆 成员：油女牟田、日向德间、岚华等
- 奇袭部队（试探敌方） 队长：勘九郎 成员：佐井、奥摩伊、一反、日向火门、段吾（联络班）、佐治、桐等
- 大名护卫队（为保护大名而成立的特殊部队） 队长：五代水影·照美冥 成员：长十郎、飞雷神艮马小队（不知火玄间、并足雷同、榻榻米伊瓦西）等
- 第一部队：中距离联合军分队（主力为擅长暗器和武器的忍者） 队长：达鲁伊 成员：天天、秋道丁座、日向日足、萨姆伊、阿茨伊、钢子铁、神月出云等
- 第二部队：近战联合军分队（负责斩杀数量多的敌人， 在最前线战斗的队伍） 队长：黄土 成员：黑土、日向宁次、卡鲁伊、日向雏田等
- 第三部队：战斗近中距离联合军分队 队长：旗木卡卡西 代理队长：叠伊瓦希 成员：迈特·凯、春野樱（同时为医疗后勤部队成员）、李洛克、山中三田、奈良盐水、真树（封印班）、文牙（封印班队长）、田直等
- 第四部队：远距离战斗联合军分队（同时负责支援前线及后方的部队） 队长：五代风影·我爱罗 代理队长：奈良鹿丸 成员：已知成员：手鞠、秋道丁次、土台（联络班）、砂岩、泰萨等
- 第五部队：战斗特别部队（全为武士或使用特殊忍术、战斗方法的忍者们组成的部队） 队长：三船 成员：油女志乃、犬冢牙（携带忍犬赤丸）、山中井野、犬冢爪（携带忍犬黑丸）、犬冢花（携带忍犬灰丸）、冲介、里角等
- 医疗后勤部队（负责救助伤员） 队长：静音（携带忍猪豚豚） 成员：春野樱（同时为第三部队成员）、白医、户善、竹丸、日野、硫磺（封印班）等
- 感知部队（负责感知敌人方位） 代理队长：希
- 木叶阻拦小队（负责劝阻鸣人留在岛龟上，必要时使用武力） 队长：油女志微 成员：海野伊鲁卡、秋道丸天、秋道志登、奈良朱雀、迪姆伊等
- 岛龟结界小队（负责组成36重再生结界，阻止人柱力们离开岛龟） 队长：脆 成员：日向伊吕波等
而面具男和药师兜也派出了秽土转生的各种强者和十万白绝作为兵力。 人员如下：
- 统领：面具男、药师兜
- 杂兵：十万只白绝（具备吸收查克拉后变化为与对象查克拉性质相同的变化体的能力，主要负责用人海战术和变化能力干扰战局）
- 长门时期的晓组织成员：宇智波鼬、蝎、迪达拉、角都、长门
- 前代人柱力：二位由木人、三代水影·枸橘矢仓、老紫、汉、泡沫、芙（被改造为新的佩恩六道）
- 历代五影（除火影）：二代土影·无、二代水影·鬼灯幻月、三代雷影·艾、四代风影·罗砂
- 木叶隐村：猿飞阿斯玛、日向日差、加藤断、信、油女取根[10]
- 雾隐村：
- 前代忍刀七人众：西瓜山河豚鬼、栗霰串丸、通草野饵人、无梨甚八、林檎雨由利、鬼灯满月、桃地再不斩
- 其他：白、中吉
- 云隐村：特洛伊、金角银角
- 砂隐村：千代婆婆、叶仓
- 岩隐村：狩
- 音隐村：君麻吕
- 雨隐村：半藏
- 宇智波斑
大战始动
秽土转生和白绝大军纷纷赶往战场，而药师兜则与潜入侦察队的御手洗红豆交战，并将其擒获。原本因芥蒂不合的忍者们被我爱罗真诚的话语所打动，团结一心，战争一触即发。
迪达拉、蝎和信与侦察部队&奇袭部队率先开战，迪达拉和蝎利用油女牟田作为活人炸弹发起攻势，交锋中佐井无法容忍自己的“哥哥”信被迪达拉当作炸弹的举动，愤怒之下爆发成功偷袭迪达拉和蝎，使其落入勘九郎的傀儡中，迪达拉的身体被奥摩伊注入雷遁，无法使用自爆脱困，信在看到了佐井的画册后心愿了结，自行解除了秽土转生，而蝎也被勘九郎的话语所打动，将傀儡传承给勘九郎后，也解除了秽土转生。
紧接着第二部队的黄土使用土遁将隐藏在地下的大量白绝全部逼出，双方开始交战，而奇袭部队也与再不斩、白、狩、叶仓相遇，这时由卡卡西率领的第三部队及时赶到支援，而兜也开始抹杀了再不斩等人的人格准备全力应战，兜为了加强攻势，又召唤出了前代的忍刀七人众，敌方血继限界的能力和五把忍刀令奇袭部队和第三部队陷入苦战，在卡卡西的奋战下，成功击败了再不斩和白，两人被封印后，战斗仍然持续着。
而前代五影——二代土影·无、二代水影·鬼灯幻月、三代雷影·艾、四代风影·罗砂四人则与我爱罗率领的第四部队准备开战，金角银角、角都、日向日足、阿斯玛和加藤断则在海边与第一部队开战，奇袭部队负责留守的成员遭遇了君麻吕、千代、半藏和中吉。在达鲁伊的计策下，银角被收服，但金角因此愤怒的使用了九尾查克拉，连远在龟岛的鸣人都感知到了金角的力量，为了对抗金角，雷影送来琥珀净瓶，在赶来支援的猪鹿蝶的配合下得已封印了金角，猪鹿蝶三人组则与阿斯玛展开交战，而赶来支援奇袭部队的三船也与半藏开战，半藏在与三船的战斗中，回想起了曾经被自己舍弃的信念，自行限制了行动被忍者联军封印，而丁次在与阿斯玛的战斗中也不再迷茫，击败了阿斯玛，阿斯玛看着成长的猪鹿蝶三人组，心满意足的被封印。
察觉到战场异样的鸣人也按捺不住，试图离开，伊鲁卡等人阻拦无果，但伊鲁卡给鸣人留下一封信，希望他能平安归来，奇拉比也协助鸣人前往战场。由于两名人柱力赶往战场，以及金角九尾查克拉的出现，面具男来到了第一部队的战场，召唤出外道魔像令联军无法招架，并夺走了封印着金角的琥珀净瓶然后离去。
经过白天的战斗，忍者联军和晓各损失一半兵力。在夜晚，忍者联军整顿休息时，白绝利用伪装能力开始暗杀联军内部的忍者，其中一只变成日向宁次的白绝被小樱用计识破，令联军意识到敌人已经潜入。与此同时，兜也将派出了鼬和长门开始行动，但似乎由于两人都具备强大瞳力，不至于马上就被控制，两人漫无目的的行动着，对操纵者的真实目的产生怀疑。
第四次忍界大战中篇 夜晚的战场
再遇故人
鸣人和奇拉比赶往战场时，雷影和纲手也前来阻止，奇拉比和鸣人以行动证明了自己获得了雷影的认可和默许。到了早上，战争再次打响，面具男带着秽土转生的前代人柱力们出战，九尾查克拉模式的鸣人使用了影分身支援各个战场，我爱罗和大野木等人也与先代四影们开战，罗砂在与我爱罗的战斗中认可了我爱罗的价值，并告诉了我爱罗母亲对他的爱，在我爱罗的谅解下心满意足的被封印。
与此同时，鸣人与奇拉比遭遇了被兜派来捕捉他们的鼬和长门，在兜的控制下双方不得不展开战斗，而鸣人也向鼬确认了当年机密任务的事情，并告知了鼬关于佐助的现状，鼬惊讶佐助并没有回到木叶反而决定向木叶复仇，意识到自己的决定计划失败，了解到鸣人对佐助的友情后，鼬决定将佐助托付给鸣人。面对实力强大的鼬和长门，双方一时间打的难解难分，而就在鼬开启万花筒写轮眼时，鼬当初在鸣人体内设置的乌鸦出现，那只乌鸦身上移植了宇智波止水的写轮眼，只要看到“鼬的万花筒写轮眼”就会启动（这是鼬当初为了应对佐助可能与木叶为敌而做的保险，预料到佐助为了获得更强的力量会移植自己的眼睛，所以鼬在止水的写轮眼上设置了幻术“守护木叶”，并将发动条件设置为只要看到自己的万花筒写轮眼乌鸦就会出来，发动别天神“守护木叶”，以修改佐助的意志），用止水的万花筒对鼬施展了幻术“守护木叶”覆盖了秽土转生的支配权，鼬得已摆脱控制，眼看着不但没有抓住八尾和九尾，又出现了鼬这么一个新的强敌，兜完全操控了长门，吸收了奇拉比的部分查克拉使长门恢复到健康状态，展现了强大的实力差点就收服了鸣人和奇拉比，但在鼬的帮助下逃离险境，最后三人合力破解了长门的地爆天星，鼬用十拳剑使用封印了长门。鼬看到变强的鸣人和过去的自己一样想要独自解决一切，告诫他“不是成为火影就能被大家认可，而是被大家认可的人才能成为火影”，并销毁了止水的眼睛，同时接下了阻止秽土转生的任务和鸣人、奇拉比分别，并开始寻找秽土转生的施术者。
随后在鸣人的支援下，忍者联军方先后击败并封印了二代土影无（但无趁机使出分裂使一半的自己逃离出去）和三代雷影，我爱罗也利用罗砂留下的沙金战胜了二代水影鬼灯幻月，鸣人的影分身也及时赶到各个战场提供了有力援助，联军方形势一片大好。
「斑」降临战场
正当忍者联军形势大好之际，在第四部队的战场上出现了一个令所有人都意外的敌人——秽土转生的宇智波斑本人，所有人在震惊之余也开始对面具男的身份产生疑惑。以展现实力为由，斑与第四部队的忍者开战交战，即使有大量联军忍者，却也完全无法抗衡强大的斑，鸣人、我爱罗和大野木的配合也未能伤斑分毫，斑甚至展现了轮回眼的力量，斑随后施展忍术从天空降下一颗遮天蔽日的巨大陨石，这超越人类想象的忍术令联军感到绝望，在大野木和我爱罗的全力之下终于停住了一颗陨石，但马上第二颗陨石降下，导致第四部队死伤严重。但斑的攻势还没有结束，斑又使出了木遁·树界降临，这时九尾突然协助鸣人，以大玉螺旋带连丸抵挡住了木遁的攻击。
为了对抗强大的斑，雷影、纲手和照美冥也先后抵达战场，五影联手与斑展开战斗。
尾兽和解
而鸣人本体那边，也与带着秽土人柱力的面具男相遇，双方就此开战，然而即使是鸣人和奇拉比，面对6位人柱力加上面具男也有些寡不敌众，所幸卡卡西和阿凯及时赶来支援。在战斗中，鸣人意外的进入了尾兽的内心世界，并以真诚的话语和实际行动感化了众尾兽们，鸣人因此获得了部分其他尾兽的查克拉，九尾也终于解开心结，认可了鸣人，解放全部的力量与鸣人并肩作战，鸣人第一次使出了完整的尾兽化，总算是得以对抗面具男和众尾兽。
「鹰」再次行动
- 在木叶监狱里的香燐表面上装疯卖傻，实际上做好了越狱的准备。
- 水月和重吾来到大蛇丸以前的秘密基地想要找到佐助，却误打误撞的获得了大蛇丸留下的解除尸鬼封尽的卷轴。
- 移植鼬的眼睛后开启了永恒万花筒写轮眼的佐助杀死了白绝本体，逃离了面具男的根据地，决定前往战场与鸣人厮杀。
兄弟联手
佐助在前往战场的过程中遇到了独自行动准备去解除秽土转生的鼬，佐助随即也追了上去，质问鼬当年灭族事件的真相，两人来到蛇潜窟遇到了药师兜，佐助了解到鼬的目的是解除秽土转生，并答应战斗结束后告诉佐助想知道的一切，于是兄弟二人联手对抗作为敌人的药师兜，由于秽土转生之术在施术者死后就无法解除，所以鼬和佐助以活捉为前提与其战斗，而兜也事先针对写轮眼做足了准备，加上通过移植改造身体以及掌握了龙地洞的仙人模式，兜的实力早已今非昔比，这让兄弟二人陷入了苦战，但也在配合中找回了曾经的默契。
在战斗中，鼬了解到兜曾经与自己相似的悲惨命运，明白了兜如今已经迷失了自我，于是使用了禁术“伊邪那美”让药师兜陷入幻术的无尽轮回中，只有正视自己的选择才能从中挣脱，鼬希望通过这个幻术让兜能够正视自我，重新选择人生的道路。鼬用幻术控制着兜解除了秽土转生，临别之际，鼬用幻术将当年的真相全部告诉了佐助，并承认自己因为不相信佐助的力量与意志，而导致佐助离开木叶等行为。但这次，鼬选择相信佐助，认为他也许能改变一族。最终鼬对佐助说：“无论将来你选择什么样的道路，我都一直深爱着你。”
而随着秽土转生的解除，所有被通灵的亡者灵魂升天，但仅有宇智波斑是例外，他使用了“秽土转生·解”挣脱了秽土转生的束缚，成为了唯一没有升天的秽土转生者，一直以来留有余力的斑也失去了耐心，尽管五影的配合已经十分出色，但仍然被斑重创而惨败，纲手的身体甚至被从腰部斩断，凭借着千手一族的强大生命力，纲手没有死亡，召唤了蛞蝓为其他几位影进行救治。
而水月和重吾也带着大蛇丸的卷轴赶来找到佐助。原本准备毁灭木叶的佐助在与鼬的再次见面后，因为鼬的言行和人生，开始重新思索何为家族、何为村子、何为忍者，他想要了解一切的因果，再重新做出选择，为了找到“知晓一切的人”，他利用大蛇丸留在红豆体内的细胞复活了大蛇丸，并决定前往木叶。
面具之下
随着秽土转生的解除，人柱力们也灵魂升天，失去了尾兽化的人柱力作为助力的面具男继续操纵着外道魔像，与鸣人、奇拉比、卡卡西和凯对峙，在多次的交手中，卡卡西发现了面具男所使用的时空间忍术与自己的万花筒写轮眼瞳术“神威”的空间相连，开始对面具男的身份产生质疑，最后在鸣人和卡卡西的配合下，鸣人使用螺旋丸击碎了面具男的面具，而面具下的真容，正是在神无毗桥之战牺牲的写轮眼英雄，卡卡西的挚友宇智波带土。（有关宇智波带土的剧情部分详见火影忍者/剧情#神无毗桥之战_少年们的战场至火影忍者/剧情#身处于地狱的部分）
带土的身份暴露后不久，解决了五影的斑也赶到了带土身旁。面对卡卡西的疑问，带土无情的斥责使得卡卡西无言以对，但卡卡西马上振作，为了保护鸣人与带土继续抗争，战况僵持中，鸣人和奇拉比尾兽化联手发射尾兽玉想要破坏已经获得了7只尾兽和部分八、九尾查克拉的外道魔像，但仍然没能阻止十尾的提前诞生。
第四次忍界大战后篇 十尾降临
统一战场
带土和斑控制着不完整状态的十尾，使其逐渐向完全体迈进，面对十尾的攻击，鸣人舍身推开了卡卡西而受到攻击，看到这一幕的带土从鸣人身上找到了过去的自己的影子，但他认为鸣人也迟早会因为痛苦而改变，并想要见证鸣人的选择。这时忍者联军也赶来支援鸣人，但面对十尾过于强大的力量，忍者联军也死伤惨重，联军总部的鹿久、亥一等人被十尾的尾兽玉杀死，大规模的扦插之术杀死了包含日向宁次在内的大量忍者，目睹如此惨重的伤亡、以及宁次为了保护自己牺牲的身影，鸣人产生了动摇，面对带土的质问几乎就已经要改变时，被雏田安慰，并在九尾的训斥下振作，将九尾查克拉分给忍者联军的忍者们，继续与十尾战斗。
知晓一切之人
大蛇丸和鹰小队的成员此时抵达了夜深人静、大部分兵力都投入战争的木叶，大蛇丸找到了漩涡一族收纳的死神面具，来到宇智波一族的地下室，施术将被尸鬼封尽封印的灵魂解放出来，让重吾向佐助体内注入仙术查克拉使带土设置在佐助体内用于监视的5只白绝脱离出来，并利用其中1只作为转生的新容器，剩下的4只作为秽土转生的活祭品，召唤了前四代的火影们。
佐助想要了解一切的真相和因果，从猿飞日斩那里确认了鼬的真相，从千手扉间那里了解到宇智波一族的本质，扉间在知道佐助有毁灭木叶的想法后曾准备下杀手解决佐助，但是被千手柱间制止，柱间想要解开佐助的心结，认为尽管不知道佐助在知道真相后会如何选择，但如果忽视佐助，那他肯定会变成下一个斑，如此即使打赢了忍界大战也会失去意义。
千手柱间便告知了佐助关于忍者家族的历史，木叶的创立和柱间自己对这一切的感悟，柱间原本认为村子是各族之间连结的场所，在无序中建立起秩序，保护一切、实现和平的手段，然而却如当初斑对自己所说的那般，在日后产生了黑暗，深思熟虑的佐助决定守护木叶，他不想将鼬背负沉重罪孽所守护下来的村子化为乌有，而为了终结忍界至今为止的秩序下所滋生的黑暗，佐助也产生了一个新的想法…
在与逃狱的香燐会和后，佐助向香燐道歉，然后大蛇丸、鹰小队以及四位火影开始前往战场。
有关柱间讲述的相关内容详见火影忍者/剧情#家族战争至火影忍者/剧情#宿命之战的部分。
十尾人柱力
在与斑和带土的对抗中，鸣人等人陷入劣势，正当十尾对联军发射了超大型尾兽玉时（期间带土将卡卡西带进了神威的空间中），秽土转生的波风水门及时赶到，将尾兽玉转移到了战场附近的海上，随后其他火影以及佐助等人也接连赶来，四位火影使出了“四赤阳阵”以及柱间使出了“明神门”控制住十尾的行动。而佐助坦言自己要成为火影的言论令同期的伙伴们一时间无比震惊。由于千手柱间等人的支援，第七班三人再次集结，联军士气大涨，奋力对抗十尾从体内分化出的增殖体，在鸣人和佐助的联手下，使出了风遁和炎遁的结合重创了十尾，佐助企图用黑炎将十尾完全毁灭，但十尾很快就将被天照烧的部分从身体上分离了出去。
带土和卡卡西此时在神威空间中展开了一场对决，最后卡卡西的雷切贯穿了带土的心脏（带土利用了卡卡西的攻击，心脏上被斑施加的符咒因此被清除），带土笑道：“这场战斗就算你赢好了，但这场战争的胜利绝不相让！”，从时空间中逃回了战场，但因为濒死的重伤奄奄一息，斑利用自己移植给带土的初代细胞控制濒死的带土的身体，以便让带土对自己使用轮回天生，危机关头，波风水门利用当初在九尾之乱时在带土身上留下的飞雷神印记赶来带土身边斩向带土，却也在惊愕中发现当年面具男的身份是带土。斑的想法没能得逞，然而濒死的带土并不罢休，发动了“六道十尾柩印”将十尾吸入体内，成为了十尾人柱力。
变成十尾人柱力的带土虽然没有自我意识，却展现强大的力量轻易突破了四赤阳阵和明神门，并碾压了柱间的木遁影分身和秽土的扉间，轻松击败了秽土的日斩，在带土内心的挣扎中带土完全恢复了意识并掌控力量，成为了更完整的十尾人柱力形态。带土使用求道玉的锡杖打断了水门的一只手臂（被阴阳遁攻击后，即使是秽土转生的身体也无法恢复），在水门使用飞雷神之术转移位置后，仍有一枚求道玉跟着水门过来，眼看着即将爆炸之时，扉间的影分身使用了飞雷神之术转移了求道玉并将其转移到带土的位置上，但带土利用求道玉的防御毫发无伤。
紧接着在水门和扉间的配合下，鸣人和佐助再次使用风遁和炎遁的结合使出了灼遁击中带土，却仍旧被带土化解，正在众人一筹莫展之时，通灵时间快结束的蛤蟆吉在消失之前向带土吐出了带仙术查克拉的黏液，带土使用求道玉进行了防御，但鸣人和扉间却察觉到带土无法完全化解仙术攻击的弱点，加上十尾人柱力状态下的带土无法使用神威躲避攻击，在扉间的飞雷神之术的配合下，使用仙人模式状态下的螺旋丸成功对带土造成了伤害。由于形势有变，带土召唤了神树准备发动无限月读，并使用了“六赤阳阵”束缚住联军的行动，准备发射四发超大型尾兽玉清场，但在鸣人利用影分身的原理让水门使用飞雷神之术后（飞雷神之术可以将与施术者的查克拉构成间接接触的对象也一同进行转移，而九喇嘛模式下的鸣人此前将自己的查克拉分给了忍者联军的忍者们，因此水门可以通过与鸣人的查克拉连接，与被鸣人赋予了查克拉的忍者们进行查克拉的间接接触，从而发动飞雷神之术转移忍者联军），成功将联军全员救出。
而十尾变为神树后向战场生长出大规模的树枝开始吸收联军忍者的查克拉，所到之处的忍者几乎被吸到枯竭，差点枯竭的鸣人被日斩成功救出，忍者联军再次面临了大量伤亡，由于带土压倒性的强大，鸣人和联军等人产生动摇，但在佐助的实际行动下，鸣人重拾信心，佐助和重吾一同使出了带有仙术之力的须佐能乎，与鸣人一同向带土发起进攻。另一边，大蛇丸、水月和香燐救治了濒死的五影并赶往战场，随着五影的归来，联军们也再次振作，向神树发起攻击。
为了战胜带土，鸣人和佐助联手使出了威装·须佐能乎，与同期的伙伴们和忍者联军们合力对抗带土，带土使出了天沼之矛迎击，在对峙中，由于查克拉的连接鸣人看到了带土的回忆，而面对屡败屡战，无论面对什么绝望和打击也振作起来不断站起来的鸣人，带土的决心产生了动摇，天沼之矛伴随着带土信念的减弱而逐渐破碎，带土被威装·须佐能乎的攻击成功击中，体内的尾兽查克拉开始外泄，忍者联军开始和带土进行“查克拉拔河”。正在这时，鸣人也进入了带土的内心世界中，面对鸣人的质问，以及过去的自己，带土回想起自己真正的梦想和所追求的信念，尾兽的查克拉被从体内抽出，带土被解除了人柱力形态，战败后虚弱的带土倒在地上，向天空伸出手，缓缓的说道：“琳”。
斑的脉动
作为十尾人柱力的带土即使失去尾兽的力量也不会死去，佐助为了绝后患企图杀死带土，被从时空间中脱离的卡卡西抢先，卡卡西准备亲手结束带土的生命时被水门阻止，老师与两位学生互相袒露了各自的心声，带土战败后鸣人则与柱间一起对抗斑。
带土决定使用轮回天生之术复活大战中的死者作为赎罪，却被突然从地底钻出的黑绝所控制，而被明神门压制的斑也操纵带土的身体对自己使用了轮回天生之术，斑以活人的姿态回归现世，但秽土转生的轮回眼因此消失，同时逐渐取回生前的力量，他吸收了柱间的仙术查克拉，一人对抗鸣人、佐助、佐井并轻易摆脱，但没有双眼的斑对抗九只尾兽仍旧力不从心，正在这时白绝将带土藏匿起来的轮回眼交给了斑，获得了一只轮回眼的斑使用了轮回眼的特有瞳术“轮墓·边狱”瞬间打败九只尾兽，并使用外道魔像发动查克拉锁链捕捉九只尾兽，一番僵持下斑还是抽出了鸣人和奇拉比体内的八尾（奇拉比由于八尾断尾留下的查克拉得已保全性命）和九尾，拥有漩涡一族体质的鸣人虽然不会马上死亡但也失去意识，九尾再被抽出之前让我爱罗将鸣人带到水门身边，以获得另外一半九尾的查克拉，但却也遭到黑绝的阻挠，另一半九尾查克拉也被夺走，为了延长鸣人的性命，卡卡西将小樱和鸣人吸进神威空间中，让小樱为鸣人医治。
另一边，扉间趁着斑大意之时企图用飞雷神之术偷袭，但被斑反制，并用黑棒插在地上，佐助趁着斑和扉间对话时想要趁机偷袭，而扉间也配合佐助发起攻击分散了斑的注意力，但佐助却被斑的“轮墓”束缚住行动，并用草薙剑刺穿了佐助，一时间佐助也陷入濒死，斑成功吸收十尾，成为十尾人柱力，并前去寻找带土想要获得另外一只轮回眼，慎重的他企图再度通过言语劝诱带土，但已经找回信念的带土假装要握住斑的手然后突然反水，从斑的体内取回一部分六道之力并夺取了少量一尾和八尾的查克拉，希望将其注入到鸣人体内，面对斑快速的攻击，卡卡西和带土利用两只写轮眼同时发动神威速度倍增的特性，带土进入神威空间将查克拉输入给鸣人，而卡卡西也被及时赶来的凯救下。
药师兜因为鼬施加的伊邪那美找回了自我，来到战场，用自己所研究的柱间细胞的成果，为濒死的佐助进行医治。
赤红猛兽
由于只有体术和仙术才能对十尾人柱力奏效，凯开启了第七门全力与六道斑战斗，但却完全不敌斑并且被打伤，千钧一发之际被小李救下，意识到只有拼上性命才能与斑交战的凯，为了保护伙伴们和小李，毅然开启了八门遁甲之阵的第八道门“死门”，短时间内获得超越五影数十倍增幅的凯终于让斑感受到了威胁，在水门、小李、我爱罗、卡卡西的支援下，水门将斑用于反击的求道玉和自己一同转移到了木叶，卡卡西用神威打开了求道玉的防御，使得凯击中了斑的身体，尽管造成了伤害，却不足以致命。
而鸣人和佐助都在内心世界里见到了大筒木羽衣，了解了一切的起源，鸣人得知自己是六道仙人次子阿修罗的查克拉转世，佐助得知自己是六道仙人长子因陀罗的查克拉转世，在与六道仙人进行一番交流后，鸣人和佐助两人在选择了各自的道路后并接受了六道仙人的力量。而凯和斑在激战中，八门的时限将至，凯竭尽全力使出了自创的死门奥义“夜凯”，以足以扭曲空间的一击将斑重创，即将死去的凯也无力再战，这一击尽管差点让斑死亡但仍然不足以完全杀死斑，正当斑要补刀时被赶来的鸣人将求道玉一脚踢开，获得了六道阳之力的鸣人保住了阿凯的性命，并展现前所未有的强大力量向斑进攻，一击切断了神树，而斑感受到神树的呼应，吸收了神树获得不死之身。
无限月读
获得了阴之力的佐助拔出扉间身上的黑棒后，赶来鸣人身边，鸣人获得了“六道仙术”的力量，佐助则开启了“六勾玉轮回眼”，被赋予六道之力的二人联手令斑再次感到棘手，为了对抗两人而夺走了卡卡西的写轮眼发动神威进入神威空间，遇到了让小樱帮忙摧毁轮回眼的带土，带土在把小樱送出神威空间后被斑抓住，并了解到当年琳的死亡的真相和自己被利用的事实，愤怒却又无法抵抗，最后斑获得完整的轮回眼，带土也被安上了另一只写轮眼，卡卡西失去的眼睛被鸣人使用阴阳遁恢复。
从神威空间出来后，斑同时发动了“轮墓·边狱”和“天涯流星”攻击第七班，鸣人和佐助使出能力一一对抗，但这其实只是斑为了发动无限月读而采取的佯攻。趁鸣佐二人被拖住之际，斑飞向月面，额头开启了“轮回写轮眼”，无限月读正式发动。无限月读的光芒照耀着世界每一个角落，即使被物体遮挡也会被月光穿透，全世界几乎所有人、动物都陷入了幻术之中，斑又发动了“神·树界降诞”，将所有陷入幻术中的人们包裹了起来。
而鸣人、小樱和卡卡西在拥有轮回眼的佐助的须佐能乎的保护下，免收无限月读的控制，秽土的四位火影也因为是死人的缘故不受影响。
辉夜复苏
无限月读成功发动，斑准备回到地面继续与第七班战斗，却遭到了黑绝的背叛，被黑绝贯穿了身体，而震惊的斑也得知了自己其实被黑绝所利用的现实，并且黑绝其实是辉夜的意识而非斑的意识。黑绝利用斑的身体和自己融为一体，复活了查克拉之祖——大筒木辉夜，失去利用价值的带土也被黑绝排出。复活的辉夜要消灭众人，夺回所有的查克拉，将第七班和带土转移到了熔岩空间之中，鸣佐二人联手对抗辉夜，期间又从黑绝那里得知了辉夜的过去，以及关于因陀罗和阿修罗，还有篡改石碑以及孕育出来的忍者的历史，其实都是为了复活辉夜的计划。
在转战冰空间后，鸣佐二人的实力让辉夜感到麻烦，为了更效率的击败两人，辉夜将佐助拖进了沙漠空间，并和黑绝一同对抗剩下的人，鸣人使出多重影分身对抗辉夜拖延时间，并为奄奄一息的带土注入了阳之力以延长其生命，醒来的带土了解到战况后，发现了辉夜所使用的时空间忍术与自己的神威类似，可以通过神威来进入辉夜的空间，带土、小樱和鸣人的影分身为了给带土提供查克拉使用神威跟随着带土寻找佐助所在的空间，消耗了大量查克拉后，带土和小樱终于找到佐助，三人离开了神威空间来到战场。
封印辉夜
辉夜想要一口气消灭掉鸣佐二人，将战场转化为超重力空间，位于其中的人受重力影响一时间无法移动，辉夜对鸣佐二人使用了必杀之术“共杀灰骨”，眼看着两人即将殒命，带土和卡卡西都想要舍命救下二人，在他们的意识中，琳牵着他们的手，带动了他们的身体，赶来鸣佐二人的面前，但带土使用了神威转移了射向卡卡西的共杀灰骨，自己则没能幸免，带土的身体逐渐化为碎片，在即将消失前，带土自嘲的评价了自己的人生又称卡卡西是新时代的支柱而拒绝了鸣人的救助，最后含笑的对鸣人说道：“你一定要成为火影啊”。
面对嘲讽带土的黑绝，鸣人愤怒的发起攻击卸下了辉夜附着黑绝的手臂，并用求道玉制成的棒子将其定住。而在另一个世界里，带土遇到了一直都在净土等着自己的琳，在即将离开净土时，带土放心不下卡卡西，便利用留在尸体残骸中的查克拉附身在卡卡西身上，希望让卡卡西成为六代火影，卡卡西也因此获得了完整的万花筒写轮眼的力量，得已使出须佐能乎救下差点被攻击的小樱，第七班集结，与辉夜展开最终决战，在卡卡西的指挥和四人的完美配合下，终于成功对辉夜使用了“六道·地爆天星”将辉夜和黑绝彻底封印。
鸣人与佐助
离别之时
在辉夜被封印后，大筒木羽衣召来历代已故四影的灵魂合力施术，召回了位于始球空间的第七班、尾兽和濒死的斑，斑身上的尾兽们和外道魔像均被抽离，轮回眼与柱间细胞也因此消失，斑作为曾经的人柱力，失去了尾兽便必死无疑。此时，柱间来到奄奄一息的斑身边，时隔多年，斑与柱间互相敞开心扉，斑在认同了柱间的想法后离世，鸣人和佐助也在一旁见证了他们的前代转世者的结局。卡卡西也在内心世界中，以朋友的身份与带土的灵魂道别，写轮眼的力量也随之失去，从此世上再无“写轮眼卡卡西”。
羽衣解除秽土转生之际，鸣人连忙赶到水门的面前，这一天是鸣人的生日，水门微笑着向鸣人祝贺“生日快乐”，鸣人流泪着向水门说出了之前没能对父母说出的各种话语，并希望水门能将这些话语传达给母亲。水门说“我一定会传达给她的”，之后水门和其他已故五影的灵魂一同回归净土，作为祭品的白绝们的生命也消亡化作了树木。
最后之战
鸣人与佐助在羽衣面前，道出各自不同的选择，佐助提出革命，要处刑现任五影，由自己掌管九只尾兽（而鸣人体内拥有所有尾兽的查克拉，佐助也决定处理掉鸣人），废除现有的制度并创建新的制度，来统一忍者世界，以此创造一个不会再滋生黑暗的全新的忍者世界，鸣人表示不会让佐助如愿，他不愿意让和自己已经互相理解了的尾兽们再去失去自由，并表示自己也不会让佐助解决掉，两人来到了终结之谷。
开战前，佐助阐述了自己的想法，否认了鸣人对于火影概念的“不是成为火影就能被大家认同，而是被大家认同的人才能成为火影”的理解，决定凭借自己强大的力量改写忍者世界的制度，孤身一人背负所有的憎恨，成为全世界的公敌以达成世界的统一和和平，佐助对于火影的理解则是“用自己一个人的火焰，燃尽五村所有的黑暗，再吞下燃烧殆尽的灰尘活下去的人”，为了成为真正的孤身一人，就要舍弃过去，佐助决定斩断自己唯一的羁绊，杀死鸣人。
而鸣人在经历了与人们的合作、理解和互助一路走到了现在，在忍界大战的多场战斗以及封印辉夜，也是靠着所有人的共同努力，以及过去的人们那里学到的、感悟的东西，所以鸣人主张不能什么事都靠一个人解决，要相信团结的力量，并表示绝不会让佐助斩断这份羁绊。
怀揣着对立的想法，两人的战斗就此展开，激战中，两人的力量势均力敌，佐助甚至以须佐能乎作为容器固定了九只尾兽的查克拉与鸣人战斗，两人各自使出了最强的招式在空中引发了毁天灭地的大爆炸，即使力量耗尽两人也一直战斗至黄昏，最终以螺旋丸和千鸟进行了最后的交锋，两人没有分出胜负，各自的惯用手在爆炸中被摧毁。
和解之印
精疲力尽的佐助苏醒后不解的质问着鸣人为何要为自己做到这种地步，鸣人则告诉佐助自己早已将他视为朋友，所以无论如何都会分担他的痛苦，阻止他身陷黑暗。佐助回忆自己和鸣人邂逅的点点滴滴，最后笑着承认鸣人才是这场对决里真正的赢家，两人虽然失去了一只手臂，但血液却汇聚到一起如同“和解之印”，而大战中被摧毁的柱间与斑的雕像也成了和解之印状，阿修罗和因陀罗的恩怨也就此了结，从此之后不会再出现转世者。
第四次忍界大战结束
樱和卡卡西抵达终末之谷，为重伤倒地的二人疗伤。佐助首次坦然接受内心感情，为之前所犯下的错误向樱道歉，并与鸣人一同解开了无限月读，救出了深陷幻术中的人们，一到七尾回归自然，八尾和九尾分别回到奇拉比和鸣人体内。其余剩余的白绝风化而死。
返回村里休养直至康复后，佐助告知卡卡西和樱他即将再度启程，远行他方看一看曾经因为自己被仇恨蒙蔽了双眼而错过的人和事。佐助婉拒了樱希望与之同行的请求，并答应自己会再度归来。才离村没多久，鸣人出现在佐助的面前，把当初被自己用螺旋丸划过的木叶护额还给佐助。佐助收下护额，承诺履行忍者的职责，两人就此告别。
卡卡西如带土所愿，就任六代火影。
最后的物语
时间为第四次忍界大战的约2年后，鹿丸和小樱纷纷升为上忍，雏田也一直在想着何时向鸣人传达自己的心意。
在某个夜晚，大筒木舍人派来傀儡向日向一族发起了袭击，日向花火的白眼被夺取（目的是为了开启转生眼），鸣人为救雏田而与舍人的傀儡开战，舍人则表示自己会带走雏田，月亮会坠毁，地球即将被毁灭，五影随即召开，商讨如何应对地球毁灭的危机，鸣人、雏田、小樱、鹿丸和佐井组成调查队前往了一个异质地底空间，在执行任务时鸣人在与雏田相处的过程中，回想起自己与雏田的点点滴滴，意识到了雏田对自己的心意，以及自己对雏田的感情。
后来雏田被舍人抓走，舍人希望雏田成为自己的妻子，一方面是为了血脉的纯正性（日向一族与大筒木羽村的后裔血统相近），一方面是舍人对雏田也怀有感情，而雏田表面上顺从，实际上想独自破坏舍人的计划。后来鸣人在月球上与舍人展开激战，最终击败了舍人，夺回了花火的眼睛，舍人也理解了先祖的真意，独自驻守在月球上。
最后鸣人和雏田在月下拥吻，确认了彼此的感情。后来两人成婚，组建了家庭。
结局（原作完结）
- 鸣人就任七代火影，鹿丸和静音则继续担任历代火影辅佐的职位，在故事结尾在木叶召开新一届五影会谈。
- 由于鸣人在火影上任仪式当天不小心被女儿向日葵打晕，所以上任仪式是由木叶丸用变化术代替参与的。
- 佐助继续赎罪之旅，并暗中调查辉夜的遗迹。
- 佐井成为暗部统领，木叶丸、萌黄、乌冬成为上忍，油女志乃和御手洗红豆成为木叶隐忍者学校的教师，天天开设了一家忍具商店，伊鲁卡成为忍者学校的校长。
- 大蛇丸、药师兜因为在第四次忍界大战有功，不再被列入叛忍。
- 大蛇丸并且被允许在不涉及他人生命安全的情况下继续做实验，但仍需要被历代火影派人暗中监视，目前监视者为大和。而鹰小队除佐助以外的成员继续跟随大蛇丸从事研究。
- 药师兜重拾养母旧业，回到木叶与儿时伙伴乌鲁西一起在木叶开设了一家孤儿院。
- 阿斯玛和夕日红的女儿猿飞未来长大，并成为一名中忍。
- 长十郎就任六代水影、黑土就任四代土影、达鲁伊就任五代雷影。
- 鸣人同期多数忍者成家并育有后代，鸣人与雏田（儿：漩涡慕留人 女：漩涡向日葵）、佐助与小樱（宇智波佐良娜）、鹿丸与手鞠（奈良鹿台）、佐井与井野（山中井阵）、丁次与卡鲁伊（秋道蝶蝶）、李洛克（梅塔鲁·李），牙与小环交往但未婚。
- 大蛇丸以自己的基因制造出人造人巳杯和巳月，将其视作儿子般疼爱（巳月首次登场于外传《七代目火影与绯色的花月》）。
七代目火影与绯色的花月
写轮眼的少年
- 漩涡慕留人：鸣人与雏田的长子，向日葵的哥哥。与父亲鸣人的童年不同，过着衣食无忧的生活，个性调皮倔强。天资聪慧，在忍者学校成绩优异。但对很少回家的父亲抱有不满。
- 宇智波佐良娜：佐助与樱的女儿，继承了父母的性格，成熟懂事，表面刚强却又敏感渴望关怀。从出生起到现在都没有在记忆中见到过父亲佐助，也不知晓宇智波一族的过去。
- 巳月：大蛇丸用自己基因制造的“儿子”，与慕留人是好友。有些不懂人情世故，实力非常强，能够使用龙地洞的仙人模式。
- 秋道蝶蝶：丁次与卡鲁伊的女儿，继承了与丁次相似的丰满体型和吃货属性，但并不像父亲那般介意被说肥胖，性格天真烂漫。与佐良娜是好友。
此时距离第四次忍界大战已经15年之久，新生代的忍者们年纪也一如鸣人他们当年下忍时期一般大，忍者学校的毕业考试即将来临，慕留人和巳月跃跃欲试，但佐良娜却对于自己为何要成为忍者而感到迷茫。在听到慕留人和蝶蝶吐槽父亲后也开始对于自己的父亲感到好奇，并询问小樱，由于言语过激导致小樱发火，一不小心打坏了还没有还清贷款的房子，打击过大而昏迷暂时住到静音家休养。佐良娜回到被毁坏的房屋寻找父母的相框时，从当年佐助和鹰小队的合影中，发现了一个和自己一样戴着眼镜的女人（香燐），这使得佐良娜对自己的身世感到了质疑，查询了有关自己的出生也没有结果，询问静音时也得不到答案。与此同时，佐助在执行机密任务的途中，遇到了一名拥有写轮眼的白色少年的袭击并短暂交手，
某日，蝶蝶因为抱怨自己父母曾对佐良娜吐槽自己会不会不是自己父母亲生的，佐良娜虽然心照不宣，但两人还是灵机一动制定了出村旅行寻找亲生父母的计划。而鸣人也接到了佐助传回的讯息，通报了关于写轮眼少年的事情，卡卡西认为可能与大蛇丸有关，鸣人决定前往与佐助汇合调查此事，而这些对话正好被前往火影办公室寻找鸣人和静音的佐良娜听到，于是佐良娜和蝶蝶准备尾随鸣人前去赶往佐助的所在地（而鸣人早就发现了两人在跟着自己），由于鸣人动身太快，导致前来送便当的慕留人没能送到，而佐良娜则从慕留人手上接过便当，答应帮慕留人送到鸣人手上，赶路途中，自称宇智波信的那名写轮眼少年阻拦住两人的去路，并准备抓住佐良娜，短暂交战中两人陷入劣势，危机关头被赶来的鸣人救下，宇智波信由于不敌而逃离。
父女重逢
三人在休息时，佐良娜从鸣人身上感受到了温暖的关怀，并从鸣人那里了解一些关于佐助的事情，越发加深了对父亲的思念。途中一时心切佐良娜以上厕所为由，赶往佐助的去处，强烈的情感时佐良娜开启了一勾玉写轮眼，终于遇到佐助后，佐助由于先前的写轮眼少年的袭击加之十几年没有和女儿相见，将佐良娜视为敌人刀刃相向，在佐良娜呼喊“爸爸！”后佐助才终于意识到这是自己的女儿，不擅言辞的佐助面对此等情形一时间无言以对，冷静下来后，佐良娜对佐助问出了自己怀疑小樱不是自己亲生母亲的疑问，面对佐良娜的轮番质问，佐助却只是淡然到：“与你没有关系”。
实际上佐助常年不回村便是因为发现了辉夜的白绝军团早在忍者时代之前许久就已经诞生，推测出可能存在会有辉夜都感觉到威胁的存在，佐助独自开始调查这件事情并作为只有五影会谈的参与者和妻子小樱知道的机密任务而保密。佐良娜对态度冷淡的佐助感到失望，但鸣人仍对佐良娜说：“你的父亲，是世上最伟大的忍者”，并希望她能相信自己的父母。此时小樱为了解开佐良娜的误会也正在全力追向鸣人等人。
而宇智波信（本体）和他制造的写轮眼克隆人开始突袭鸣人和佐助，由于佐助调查时空间导致瞳力没有恢复加上鸣佐二人有些轻敌，均被信的万花筒写轮眼能力所伤，而赶来的小樱对宇智波信发起攻击将其打成重伤，在原第七班成员集结并交谈时，信趁机用自己制造的小克隆体发动时空间忍术，将自己、克隆人和小樱带回了自己的根据地，为了寻找小樱和信的下落，鸣人等人决定寻找大蛇丸。从大蛇丸口中，鸣人等人得知信曾是大蛇丸的实验体，并且相当崇拜宇智波鼬，但非宇智波一族的人，由于他不会对移植的器官产生排异反应的特殊体质，他的手臂也被用来为团藏移植写轮眼。
纽带的形式
在大蛇丸的根据地里，佐良娜认出了水月和重吾便是那张合影里与佐助一起的人，趁着大蛇丸带鸣人和佐助讨论关于信的事情时，佐良娜偷偷找到水月询问了关于香燐的情况，并误会佐助当年与香燐有什么不可告人的关系，水月答应帮佐良娜做基因鉴定，翻箱倒柜的找到了被香燐称为“和自己身体相连般重要”的东西，被水月误认为有香燐的基因（其实是佐良娜的脐带），和佐良娜的基因进行对比后，结果理所当然的一致，进一步加深了误会，这使得佐良娜觉得自己一直以来都在被欺骗，但在鸣人的安抚下，佐良娜回想起小樱一直以来对自己的母爱，决定前去信的根据地一起去救出小樱。
小樱在与信的交战中，瞳力恢复的佐助赶来，轻易就打败了宇智波信，虚弱的信原本准备让克隆人继续当挡箭牌，但逐渐有了自我人格的克隆人们背叛了信，大量的克隆人向鸣人等人袭来，鸣人为了不伤到他们，使用多重影分身将其一一制服，信准备趁机逃走并抓住佐良娜和蝶蝶，但用于释放时空间忍术的克隆体被佐良娜击杀，信也伤重死去，随后佐良娜展现了实力击败了许多克隆人，全部克隆人都被制服，鸣人认为他们都还只是孩子，不对其下杀手，决定将他们送往由药师兜开设的木叶的孤儿院进行管教，而佐良娜也终于消除了和父母的芥蒂和误会，从来没和家人合影过的佐助，也和家人一块合影留念，之后再次暂时离开村子调查。
经过此次事件中鸣人的教导，佐良娜心中对忍者的定义的疑惑亦一同消除，于是以鸣人为榜样，希望成为能够帮助村中所有人的火影，对父亲鸣人因为火影职务经常无法顾及家庭的慕留人听到了佐良娜的梦想后，暗自说道“火影什么的无聊透顶”。与此同时，香燐告诉水月，那块脐带不是她的，而其实是她帮樱为佐良娜接生时留下的。香燐怒斥水月，让水月去向佐良娜道歉，并顺带为佐良娜送一副更适合的眼镜。
新中忍考试
异空间的战斗
- 大筒木桃式：大筒木一族本家的人之一，称呼辉夜为“一族之耻”，能够将查克拉炼成丹药，服下丹药便能长生不老并增强力量。
- 大筒木金式：大筒木一族本家的人之一，桃式的部下。
佐助在调查辉夜的空间时遇到了为了惩戒辉夜而来到地球的大筒木桃式和大筒木金式主仆。桃式派金式与佐助对决，双方一时间难分胜负，桃式便带着金式离开了。
之后桃式和金式来到地球，找到了八尾人柱力奇拉比，并击败了尾兽化的奇拉比将八尾吸收转化为“丹”（但其实被吸收的是八尾的触手分身，奇拉比本人生命无碍堪称命最大的人柱力）。
新中忍考试
忍者学校的毕业考试后，新生代的忍者们纷纷晋升为下忍，慕留人、佐良娜和巳月由上忍猿飞木叶丸作为队长，组成了新生代第七班。
由于鸣人成为火影后工作繁忙，经常无暇顾及家庭，这导致慕留人无法认同身为火影的鸣人。后来遇到了回到木叶来鸣人家准备找鸣人通报任务的佐助，慕留人知晓佐助被称为鸣人“唯一的对手”，为了能够了解鸣人的弱点并超越鸣人，他决定拜佐助为师，佐助却以慕留人不会螺旋丸为由拒绝，为了得到佐助的认可，慕留人找到木叶丸开始了螺旋丸的修行，并练成了虽然小但能够隐形的特殊螺旋丸。
中忍考试即将开始，科学忍具班的班长远野方助找到鸣人，希望在中忍考试中推广科学忍具，但被鸣人驳回。慕留人表面上虽然很讨厌父亲鸣人，但实际上却非常希望得到父亲的认可和关心，为了得到鸣人的关注，慕留人和佐良娜、巳月一起报名了中忍考试，而方助利用了慕留人不惜一切也要通过考试的迫切，让慕留人戴上了特制的科学忍具在中忍考试中作弊。慕留人利用科学忍具顺利的使出了正常的螺旋丸，佐助看破了但没有拆穿，带着慕留人进行修行。
中忍考试正式开始后，慕留人等人通过了第一场智力测验考试，但第二场考试团队战中一时间陷入苦战，但靠着科学忍具的力量逆转了战局，在第三场考试一对一对决中，利用科学忍具的力量过关斩将，但在与鹿台的对决中被鸣人察觉到可疑之处，经由雏田的白眼确认后，鸣人当众揭发了作弊的慕留人，并取消了慕留人的忍者资格，而此时方助来到会场中央，趁机向木叶和各国推销自己的科学忍具。
桃式来袭
桃式和金式突然降临考试会场大肆破坏，面对能够吸收和加倍反弹忍术的桃式，鸣人全力保护村民后落败，被桃式和金式抓走吸收查克拉，慕留人了解了父亲身为火影的责任，却什么都无法做到，被佐助劝导后，慕留人决定抱着必死的觉悟，与佐助和其他五影来到异空间与桃式和金式对决。桃式为了增强力量，将金式炼作丹药服下，鸣人和佐助联手对抗桃式，从基础的体术到“威装·须佐能乎”，桃式被打得节节败退，但正当局势有利之时，之前趁着佐助打开时空间溜进来的方助和科学忍具班的人为了向所有人证明科学忍具的力量，对着虚弱的桃式发射了大量忍术，但全被桃式吸收并增强了桃式的力量。
这时佐助利用了慕留人的可以隐形的特殊螺旋丸找到了打败桃式的方法，在鸣人和佐助的帮助下，慕留人使出了“超漩涡螺旋丸”与桃式对拼，并成功消灭了桃式。事件结束后慕留人理解了鸣人身为火影所肩负的责任，父子和解，并决定成为像佐助那样暗中守护村子的英雄。佐良娜崇拜鸣人，慕留人崇拜佐助，真让人怀疑是不是抱错了（雾）
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- ↑ 根据水门外传漫画中纲手仍在木叶，以及静音的年龄（和卡卡西同届）来推测，纲手离开木叶的时间可能在第三次忍界大战前后。
- ↑ 大和的过去经历为动画原创，但在官方公式书《阵之书》中对这段经历进行了转正，因此在本条目引用。
- ↑ 在漫画474话，面具男见到团藏后说：“团藏，好久不见，自从宇智波一族的事之后，就没见过面了呢”，因此面具男在灭族事件上可能和团藏也有联系或者合作关系。
- ↑ 动画原创中君麻吕则参与了作战，并在之后遇到了大蛇丸
- ↑ 根据公式书《阵之书》39页表明，击退大蛇丸发生在第四次忍界大战的7年前，也就是鼬14-15岁的时候。
- ↑ 有个细节是，大蛇丸被斩断的这条戴有晓组织【空】戒指的手臂被大蛇丸带回去并收藏在自己的房间中
- ↑ 根据卡卡西在木叶毁灭计划篇中向鸣人等人下达A级任务时曾提到这是波之国任务过后就再也没有执行过的困难任务，可见波之国任务的实际任务难度达到了A级
- ↑ 六尾人柱力羽高在动画原创中是在疾风传里被佩恩所捕获。
- ↑ 出自公式书《者之书》第146页
- ↑ 作为兜演示秽土转生用而被召唤。原作中不确定在此之后是否有前往战场参战。