目录
主题曲（主线）
收录游戏主线故事关卡。
Act initium 觉醒
Act I 幻灭
完成主线作战3-8后开启第四章；此后的章节需顺次通关以解禁，直至第八章。
Act II 残阳
完成主线作战3-8后开启第九章；此后的章节需顺次通关以解禁。
注意，第一次进入第九章时将强制弹出前情提要剧情；如果完成第三章后直接进入第九章，会弹出“前情提要包含重大剧透”的提醒。
插曲与别传
收录SideStory结束后常驻的SideStory关卡。在该部分，玩家可直接进入曾经参与过的SideStory关卡，或使用事相结晶解锁未参与过的SideStory关卡。
部分SideStory已实装记录修复功能，可通过在插曲/别传单元通关SideStory关卡并积累评价星数（2星/3星，突袭/遭遇战记为4星），获取该期SideStory限定奖励（干员和潜能、家具、饰牌）和专属于记录修复的活动头像。
插曲
更新初期收录「生于黑夜」，此后同类活动首次开放结束后立刻收录至此处；复刻活动期间同名的插曲入口会变更为复刻活动入口，复刻结束后还原。
- 首次开放结束后，可通过相关关卡获得蚀刻章；复刻结束后，相关蚀刻章将不再可获得。
别传
更新初期收录「骑兵与猎人」、「火蓝之心」和「喧闹法则」，此后同类活动复刻结束后收录至此处。
- 不可通过相关关卡获得蚀刻章。
 「骑兵与猎人」（含记录修复） |
 「火蓝之心」（含记录修复） |
 「喧闹法则」（含记录修复） |
 「沃伦姆德的薄暮」（含记录修复） |
 「密林悍将归来」（含记录修复） |
 「玛莉娅·临光」（含记录修复） |
 「孤岛风云」（含记录修复） |
 「画中人」（含记录修复） |
 「多索雷斯假日」 |
 「长夜临光」 |
 「风雪过境」 |
 「将进酒」 |
 「吾导先路」 |
资源收集
原有的物资筹备关卡和芯片搜索关卡统一收录于此。
- 本单元内除战术演习（作战记录本）为常驻开放外，其他关卡均按下方所示的日程轮换开放。但在特殊活动期间（如危机合约活动开放期间、回归机制触发后两周等）会开放资源收集本全开。
- 三周年前，每组物资筹备关卡均为5关，每组芯片搜索关卡均为2关；三周年版本中战术演习和货物运送关卡新增第六关。
物资筹备
 战术演习 常驻开放 ■■■■■■■ |
 粉碎防御 周一四六日开放 ■□□■□■■ |
 资源保障 周一三五六开放 ■□■□■■□ |
 空中威胁 周二三五日开放 □■■□■□■ |
 货物运送 周二四六日开放 □■□■□■■ |
芯片搜索
 摧枯拉朽 周一二五六开放 ■■□□■■□ |
 身先士卒 周二三六日开放 □■■□□■■ |
 固若金汤 周一四五日开放 ■□□■■□■ |
 势不可挡 周三四六日开放 □□■■□■■ |
常态事务
原为每周部署（剿灭作战）单元，尘影余音活动版本后与新增的保全派驻模式合并为“常态事务”单元。
每周部署（剿灭作战）
剿灭委托系统上线后，剿灭作战在作战（终端）中更名为每周部署，并以“长期地图 + 轮换地图”的模式开放。
- 长期剿灭委托即原有的三个剿灭作战关卡。
- 剿灭委托系统中，每两个月左右推出一个新的剿灭委托地图作为当期剿灭委托开放；当期剿灭委托结束后，原剿灭委托关卡进入假定作战目标，并以一定的更新周期在剿灭战模拟中轮换开放。
- 从2周年起，在庆典系列活动（国服为整数或半周年期间，国际服为感谢祭系列活动）中会开放为期两周的剿灭模拟全开期。
- 自3周年起，可使用通过每日任务获得的道具“PRTS剿灭代理卡”直接扫荡无助战通关过的剿灭委托关卡（必须在三周年更新后至少通关过一次才可使用）。
长期剿灭委托
剿灭委托与剿灭战模拟
 大骑士领郊外 |
 北原冰封废城 |
 废弃矿区 |
180px 潮没海滨 |
180px 积水潮窟 |
| 180px 长泉镇郊野 |
180px 多索雷斯换水口 |
180px 南方监狱 |
180px 小丘郡郊野 |
180px 黑夜锦标秀 |
| 180px 盘桓蜀道 |
180px 巧克力大街 |
180px 昏黑造船厂（悠星服当期） |
180px 实验基地机库 |
180px 龙门商业街 |
| 180px 休止符街道（国服当期） |
保全派驻
尘影余音活动版本中新增的常驻游戏模式，可通过该模式获取升级干员模组所需要的素材。参见明日方舟/保全派驻。
集成战略
自「傀影与猩红孤钻」主题以来的每个肉鸽主题都将位于此，在主题结束后依旧可以游玩包括月度小队在内的所有内容，只是无法获得相应的任务奖励。
 傀影与猩红孤钻 |
 水月与深蓝之树 |
悖论模拟
部分干员等级达到一定条件后开启的专属关卡，需从特定干员的干员档案页面进入。
- 悖论模拟关卡一般都会结合干员的天赋和技能组来设计，集中展示干员在特定作战条件下的表现。一般来讲选择哪个技能通关悖论模拟都是官方设计好的，但在练度足够时，有的干员可以使用不止一种技能或解法通关悖论模拟，甚至有的干员可以从自己的悖论模拟中被优化掉。
- 如要开启悖论模拟，二星和三星干员需达到各自对应的最高培养等级，四星以上干员则需达到精二。
- 部分干员仅有干员秘录，而没有悖论模拟，包括一星干员、追加密录的当期新干员、部分特殊的活动/联动干员等。
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